バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト

バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！

[バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト @Bio_stations]

ポッドキャスト新エピソードです！

理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました
https://t.co/izzDBBU8Vt

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爆発的細胞死「ラプトーシス」

プラナリアで、細胞が爆発する細胞死を起こし、周囲の細胞を死滅させる免疫系として働くことを発見。分泌細胞由来の細胞によって担われ、進化の初期から存在する生体防御機構である可能性。ホルモンによって制御されるらしい
https://t.co/Ul07YnjfEM

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超並列の生化学解析を可能する新手法(APB-Display)

ハイドロゲルビーズに目的のタンパク質を発現させ、FACSとNGSと組み合わせることで、数万以上のタンパク質親和性を一気に解析することを可能に。タンパク質の配列と機能の相関を予測するための機械学習モデルの構築へ
https://t.co/JaT09OnJdz

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即時型老化細胞による傷の修復

組織損傷後に、転写に依存せず翻訳ですばやく制御される即時型の老化細胞が存在することを発見。この細胞は炎症性因子や細胞移動を促す因子を放出し、組織の再上皮化と再生を促進するらしい

翻訳での制御というのも面白いです
https://t.co/pSUzGA3KgQ

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髄膜は意外に多機能

髄膜の発生過程をシングルセル解析で明らかに。髄膜と脳の神経系は相互作用しながら発達し、例えば軟膜の線維芽細胞が免疫細胞の配置に貢献したり、TREM2陽性のマクロファージが神経細胞の発生を制御したりするらしい
https://t.co/Yj5mDE3oPC

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オルガネラ相互作用と老化

これまでリソソームの酸性化は細胞質のプロトンの取り込みによると思われていたが、今回ミトコンの電子伝達系が供給源になることを発見。細胞老化によりリソ-ミト相互作用が減少し、リソソーム酸性度が低下、機能不全に

おもしろいです、
https://t.co/7gBkaf1oZ6

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IRESの改良による翻訳制御へ

キャップ非依存で翻訳を開始するIRESはEMCVというウイルスのものがスタンダードだが、今回マルチプレックス解析などにより、より高い活性や組織特異性をもつIRESを同定。さらにAIモデルを組み合わせ、二次構造などの特性を解明
https://t.co/jHmNZxKyz8

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肝臓マクロファージによる磁気の感知

ハトが肝臓にあるマクロファージによって磁気を感知することを発見。代謝過程で鉄分を蓄積しており磁気受容可能とか。これがないと曇天時に方位を見失ってしまうらしい。視覚や嘴の器官に依存しない新規ナビゲーション機構

驚きです、
https://t.co/oHM1zHlM5S

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細胞内凝集体による水ポテンシャルの感知

植物細胞が水不足を感知して適応する仕組みとして、SAM8というタンパク質が水ポテンシャルを感知して凝集状態を変化させることを発見。凝集したSAM8は特定の因子を核内に留めることで、ストレス環境での生存に貢献するらしい
https://t.co/Z6IUzqlDBZ

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生体内での単一細胞翻訳解析

技術的工夫を行うことで、生体組織から単一細胞リボソームプロファイリングを行う手法を確立。老化した表皮幹細胞ではRNA量と翻訳量にデカップリングがみられたり、非標準の翻訳がおきたりするらしい
https://t.co/CBr7xyQEQx

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組織の硬さによる発生の制御

初期胚発生において、組織の硬さとモルフォゲン勾配にフィードバック機構があることを発見。モルフォゲンであるNodalは組織の合成を高め、これによりNodal自体の拡散を抑制、さらに拮抗因子の発現を促進

面白いフィードバックです
https://t.co/nT6hpEMHlX

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天然変性領域の機能に迫る

(配列自身ではなく)アミノ酸配列の物理化学的特性やモチーフに基づいて分類することで、天然変性領域の機能予測を実現。相分離への関与等だけでなく、がんや自閉症といった疾患への関連も

まだまだ謎が多いですね
https://t.co/X1FzQDs2Bw

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微小タンパク質の遺伝暗号バイアス

従来翻訳されないと思われていた領域から翻訳される微小タンパク質は、GC含量が多く、天然変性になりやすいことを発見。これによりタンパク質分解を受けやすく、結果として抗原として提示されやすいらしい

そんな特徴があるんですね
https://t.co/RMVRRsF3Ax

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ユニークな防御システムDRT4

細菌の防御システムであるDRT4という酵素が、DNA合成、DNA分解、RNA切断という3つの機能を持つマルチな因子であることを発見。ファージ感染でDNA合成と分解の均衡が崩れると、RNA切断により感染の拡大を防ぐらしい

すごい機構です、、
https://t.co/gpOrgKMcQn

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ストレスホルモンによる神経可塑性の制御

発達過程で目が開くタイミングで視覚刺激によりコルチコステロンが全身で上昇。脳内ではアストロサイトが受け取ることで、細胞内外の環境を変化させ臨界期の終了を促進。細胞外マトリックスの制御が大事らしい
https://t.co/Bvc2yT2fDL

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ヒト細胞での細胞間DNA移動

ゲノムの不安定性によって細胞質に漏れ出したDNA断片が、ナノチューブを介して隣接する細胞に受け渡される現象を発見。輸送されたDNAは受容された細胞で保持され、薬剤耐性などの形質を付与する可能性も

そんなことが、！
https://t.co/XCTjj2zrv7

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CRISPRの起源：VIPRシステム

構造情報を基にしたマイニングにより、"ファージに存在する"シンプルなRNAガイド型DNA認識システム「VIPR」 を発見。CRISPRはもともとファージ間の競合のために生まれた可能性。非連続な認識配列かつ小型で応用にも期待

これはすごいです、、
https://t.co/ovGC1g2ESF

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凝集体の性質を変えるペプチドのデザイン

AIと数理最適化を融合させることで、凝縮体の界面に局在するペプチドを設計。凝集体内部の特性を維持したまま、凝集体サイズや融合を制御。界面活性剤のような二面的な構造が重要らしい
https://t.co/Zd9tT5Bs9g

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繊毛の物理的動きが幹細胞運命を制御

磁性ビーズを用いて繊毛運動を一時的に停止させる手法を開発し、上衣細胞の繊毛運動が成体神経幹細胞の静止状態維持に貢献することを発見。幹細胞がチャネルを介して繊毛の動きを感知してタンパク質合成を制御する

意外な機構
https://t.co/81ZPDEGYdQ

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生体分子凝縮体の形成を制御するタンパク質断片の設計

AlphaFold2をベースとした構造予測技術FragFoldにより、凝縮体の形成を抑制/促進するタンパク質断片を同定。がんや神経変性疾患の治療標的となるタンパク質の制御を可能に。また新たな凝集体形成機構の発見も
https://t.co/1WweqGUgKK

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休眠リボソームからの翻訳再開メカニズム

飢餓状態の細胞をCryo-ETで観察し、未知の電子密度から新因子のSNORを同定。SNORはリボソームに結合し、飢餓からの回復時にタンパク質合成を再開するライセンス因子として機能。欠損で休眠からの回復に異常

手法も因子も面白いです
https://t.co/ObQHffwUEo