Durdagi Lab

A computational biology laboratory, working areas are drug design/discovery, protein-drug and protein-protein interactions #durdagilab @TIPBAU @serdar_durdagi

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Our research paper with @HasanDeMirciLab at Structure is just published. Congratulations to all who contributed to this great work. https://t.co/njnzNUOBbQ @DurdagiLab @Structure_CP @TIPBAU #DrugDesign #DrugRepurposing #COVID19

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Yeni makalemiz "Synthesis, molecular docking and molecular dynamics studies of novel tacrine-carbamate derivatives as potent cholinesterase inhibitors" medisinal kimyada prestijli dergilerden olan "Bioorganic Chemistry" de kabul edildi.

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Hasan Demirci Hoca ile ortak çalışmamız: "Near-Physiological-Temperature Serial Femtosecond X-ray Crystallography Reveals Novel Conformations of SARS-CoV-2 Main Protease Active Site for Improved Drug Repurposing" Structure dergisinde kabul edildi.

[JCIM & JCTC Journals @JCIM_JCTC]

Elucidation of Cryptic and #Allosteric Pockets within the SARS-CoV-2 Main #Protease
https://t.co/R4dCJiQfpJ
@Terrasztain @RommieAmaro
#ASAP

[Marco De Vivo @devivo_marco]

Can Computational Models Predict Key Functional Elements in Large Macromolecular Complexes?

YES!

Our viewpoint with
@Marcia_lincRlab & @JacopoManig

Our models of 2018, today confirmed by cryo-EM structures!
@JCIM_ACS @IITalk @embl @RNA_iit

https://t.co/9UkmuMD9DK

[JCIM & JCTC Journals @JCIM_JCTC]

Identifying Conformational #Isomers of Organic Molecules in Solution via Unsupervised #Clustering
https://t.co/EbhuHE4Kxe
@matteoslvlgl
#current_issue #compchem

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

28 Mayıs (Cuma), 17:00'de İstanbul Bilgi Üniversitesi'nin ev sahipliğini yapacağı webinar'da COVID-19'a karşı laboratuvarımızda gerçekleştirilen ilaç geliştirme çalışmalarını sunacağım. Seminer kaydı: https://t.co/R85W976ywv

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Bazen gerçekler göz önündedir, ancak görmek için iyi bakmak gerekir. Buna çok güzel bir örnek, protein katlanma ve stabilite çalışmalarına yön verebilecek önemli bir çalışma: https://t.co/sj75w12FId

[JCIM & JCTC Journals @JCIM_JCTC]

Improved Protein–Ligand #Binding Affinity Prediction with Structure-Based Deep #Fusion Inference
https://t.co/lR3Te7HBfA
#current_issue #MachineLearning #DeepLearning

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Orkide Coşkuner hoca ile ortak yayınımız "Structures of MERS-CoV Macro Domain in Aqueous Solution with Dynamics: Impacts of Parallel Tempering Simulation Techniques and CHARMM36m and AMBER99SB Force Field Parameters" PROTEINS'den az önce kabul aldı.

[BAU TIP @TIPBAU]

Fakültemiz Biyofizik ABD Başkanı Prof. Dr. Serdar Durdağı'nın yürütücülüğünü üstlendiği COVID-19 tedavisine yönelik proje kapsamında ilaç yeniden konumlandırma yaklaşımı ile belirlenen ilacın Faz-2 klinik çalışmaları için TİTCK'dan onay alındı.

Hocamızı tebrik ediyoruz👏👏👏

[EnverYucel @EnverYucel]

Başta BAU Tıp Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Serdar Durdağı olmak üzere emeği geçenleri insanlık adına kutluyorum.

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Toplantı linki: https://t.co/um38jSOyEb

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

Bugun 14:00'de Gebze Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü Online Seminerleri kapsamında COVID-19'a karşı sanal molekül kütüphanelerinin in siliko ve in vitro taranması konusunda bir seminer vereceğim.

[JCIM & JCTC Journals @JCIM_JCTC]

Look at this!
#comphem

[Canan Atilgan 🌈🧘‍♀️👩‍💻 @cananatlgn]

İlaç tasarımında hesaplamalı yöntemlerin yerini anlatıp tartışacağız iki gün. Bekleriz...

https://t.co/M7h5PSn1Nk

@serdar_durdagi @ozkirimli_elif @tuncadogan @midstlab @Ezgi_Karaca_ @TrubaUlakbim

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

"İlaç Tasarımında Yüksek Başarımlı Hesaplama Teknolojileri Çalıştayı" 5-6 Mayıs 2021. Çalıştay'da "Molekülden İlaca: İlaç Yeniden Konumlandırma Süreçlerinde Sanal Molekül Tarama Algoritmalarının Geliştirilmesi" isimli bir sunum yapacağım. https://t.co/qKE7DIKNj8

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

https://t.co/6BpsiHFi1D

[Prof. Dr. Serdar Durdağı @serdar_durdagi]

yeni makalemiz https://t.co/mIgSreAnET #durdagilab #drugdesign #cancerresearch #BreastCancer

[JCIM & JCTC Journals @JCIM_JCTC]

Structural and Functional Characterization of #Allatostatin Receptor Type-C of #Thaumetopoea_pityocampa, a Potential Target for Next-Generation Pest Control Agents
https://t.co/mkIwBSj0J7
@AidaShahraki @serdar_durdagi
#current_issue #Chemical_Information