Eu já dei a volta ao mundo de navio.
Esses mares agitados como esse geralmente são perto dos polos. Esses video aí, no mar do norte.
No equador o mar é um espelho, nem onda tem, mesmo no meio do oceano.
A maior latitude que os portugueses iam era no Cabo das Tormentas, na África do Sul (que hoje é conhecido como Cabo da Boa Esperança — deram esse nome depois que foi cruzado).
Já atraquei já. Ondas fortes, mas ainda não como essas do vídeo.
Como essas do vídeo, você vai encontrar ao sul do Chile/Argentina, no Cabo Horn.
Poucos navegam por lá, porque é muito perigoso. O Canal do Panamá é importante não só porque corta caminho (e custo), mas também porque evita a passagem por uma latitude tão alta.
Enfim, a resposta simples é que as caravelas não enfrentavam esses mares na maior parte do tempo, e que a viagem era mais perto do equador do que longe, então o risco era mais de faltar vento do que sobrar onda.