Kosuke Hamazaki

I mainly study the quantitative genetics. My interest is how to apply statistics & machine leaning to breeding. 主に量的遺伝学を専門として、統計や機械学習の手法をどう育種に活かすかに興味を持っています。

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]
本日付で、JSPS特別研究員-PDの制度を利用し、千葉大学の特任助教として国際高等研究基幹（兼任: 園芸学研究院/遺伝育種学研究室）に所属することとなりました。
昨年度までの機械学習中心の研究から、ゲノム育種の研究に少し戻っていく形になると思います！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

【In Japanese】

こちら以前早期公開についてご報告した論文が、@Breed_Sci Vol. 76にて出版されました！
かっこよく紹介していただきありがたいです！

[Breeding Science @Breed_Sci]

【シミュレーション】「最強の子供の残し方」を最適化
どういう交配すれば最高の品種が生まれるか？次の交配数を最適化する最強のフレームワークを開発。コンピューターの力で品種改良の効率を限界突破させます。🤖🌾
#BS76_3
https://t.co/xXyzAg3e8V

[Breeding Science @Breed_Sci]

【シミュレーション】「最強の子供の残し方」を最適化
どういう交配すれば最高の品種が生まれるか？次の交配数を最適化する最強のフレームワークを開発。コンピューターの力で品種改良の効率を限界突破させます。🤖🌾
#BS76_3
https://t.co/xXyzAg3e8V

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]
LLM+ベイズ最適化 (BO) に関する論文がbioRxivから公開されました！遺伝資源評価におけるBOの利用において、初期に栽培すべき遺伝子型の選択や未試験の遺伝子型の表現型予測にLLMを導入することで、BOを効率化しました！
LLMの農学における可能性について気になる方はぜひご一読を…！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

🎉 Our paper is now available at bioRxiv! https://t.co/IRT9JiNtCX
We developed an LLM-guided Bayesian optimization framework for germplasm evaluation. Our results revealed that LLM can help speed up the identification of superior genotype by improving zero-shot warmstarting.

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

🎉 Our paper is now available at bioRxiv! https://t.co/IRT9JiNtCX
We developed an LLM-guided Bayesian optimization framework for germplasm evaluation. Our results revealed that LLM can help speed up the identification of superior genotype by improving zero-shot warmstarting.

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

🎉 Our new paper has just been published in Breeding Science! @Breed_Sci
Please check it if you are interested in the optimization of breeding schemes.
https://t.co/Y2LBWVBOoH

#gp #optimization #breeding

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

Our paper is now available at bioRxiv! https://t.co/ytmih4UoVJ We optimized progeny allocation strategies using marker effects estimated by genomic prediction (GP) models. Our results revealed that updating GP models helps the continuous improvement for the optimized strategy.

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]

こちらの論文がBreeding Scienceにて早期公開されました！
育種戦略の最適化に興味がある方はぜひご一読ください！

https://t.co/gL3QeWpaMG

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

bioRxivにて育種戦略最適化に関する論文を公開しました！
現実ではマーカー効果は未知なため、ゲノミック予測モデルで推定しながら交配戦略の最適化を行おう、という内容です。特に、育種計画の途中で予測モデルの更新と交配戦略の再最適化を行うことで、最終世代まで継続した改良を実現しました。

[bioRxiv Genetics @biorxiv_genetic]

Dissecting oligogenic and polygenic indirect genetic effects through the lens of neighbor genotypic identity https://t.co/gVqe1NGPso #biorxiv_genetic

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

@yassatojpn 別研究機関の方と2人で共同研究を行うのは初めての経験でしたが、ほぼ佐藤さんのおかげで、スムーズに論文の公開につなげていただきました。佐藤さんに感謝です！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]

北大の佐藤さん @yassatojpn とのNeighbor GWASモデルに関する新しい論文が公開されました！元の近隣個体からの間接効果を考慮したモデルに加え、直接効果と間接効果の共分散構造まで考慮する形になっており、モデルの核となる部分に、RAINBOWR の新機能を利用させてもらっています。

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

We have posted our new preprint on a Neighbor GWAS model that accounts for indirect effects from neighbors! The new model with RAINBOWR includes the covariance structure between direct and indirect genetic effects.

The work is a collaboration with Dr. Yasuhiro Sato @yassatojpn.

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]
また、今年度から明治大学農学部にて兼任講師として、「基礎生物統計学」「応用生物統計学」の講義を担当します。
前任の先生から受け継いだ内容を大切にしつつ、農学におけるAI活用などの話題も盛り込めればと思います。

明治大学で見かけた際にはよろしくお願いします！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

As of today, I have become an Specially Appointed Assistant Professor (JSPS Research Fellowship-PD) in the Laboratory of Genetics & Plant Breeding at Chiba University.

I will be shifting my focus back to research on genome-assisted breeding!

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

9時半からです！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

【In Japanese】

本日から茨城大学で開かれる第149回育種学会に参加します！
久々の口頭発表でこの後1時間後くらいから第一会場での発表です。
LLMの話をするので興味のある方はぜひ！

また懇親会も参加予定ですので気軽にお声がけいただければと思います！！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

【In Japanese】

本日から茨城大学で開かれる第149回育種学会に参加します！
久々の口頭発表でこの後1時間後くらいから第一会場での発表です。
LLMの話をするので興味のある方はぜひ！

また懇親会も参加予定ですので気軽にお声がけいただければと思います！！

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]
育種戦略の最適化に自動微分とよばれる技術を応用した論文がBioinformaticsより出版されました！！
今後、深層学習などと組み合わせることができれば、より柔軟な育種戦略の最適化が可能になると期待できます。
https://t.co/nsFbyZ89BL

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

Our new paper has just been published in Bioinformatics ! We developed a novel breeding optimization framework that utilizes automatic differentiation to enable gradient-based optimization.

#Bioinformatics
#breeding

https://t.co/nsFbyZ89BL

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

Our new paper has just been published in Bioinformatics ! We developed a novel breeding optimization framework that utilizes automatic differentiation to enable gradient-based optimization.

#Bioinformatics
#breeding

https://t.co/nsFbyZ89BL

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]

本日から育種学会第148回講演会@札幌に参加しております。もし会場でお会いしましたら気軽にお声がけください！
なお、15:25より第6会場にてワークショップ「データ解析の落とし穴〜あなたのその解析、大丈夫ですか〜」も開催予定です！ぜひご参加ください。
https://t.co/OhPfg1ZbhV

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

育種にまつわる様々なデータ解析について、各専門家にご講演いただきます。
なお詳細についてのHPはこちらです：https://t.co/gS4emQyY1X

[Kosuke Hamazaki @HamazakiKosuke]

[In Japanese]
来週開催の日本育種学会第148回講演会にて、「データ解析の「落とし穴」」というタイトルでワークショップを主催します！！
育種学会に参加される方は是非ご参加ください！

また、ぜひ育種周りのデータ解析に関するアンケートに答えてもらえると助かります：https://t.co/b2Y0sVryXT