LEANDRO CARDONA

Tecnólogo químico
Químico industrial UTP
Integrante del grupo de investigación GIFES UTP
Fabricante de cerveza artesanal

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

Analizando la interacción del sitio activo de una enzima con una fenilmaleimida por medio del potencial electrostático. ONIOM lo permitió.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@lcoitino Laura hablas español ?

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@lcoitino I would love to receive support. We don't know many people Who work with these computational methods.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@lcoitino I am becoming familiar with the implementatión of the ONIOM methodology, which for me has been complex. I did not take into account wáter moléculas or implícita solvents for this análisis. I don't know the inclusión schemes.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@reynier_s @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus In optimization with ONIOM, the entire system looks for the minimum energy value, the protein together with the active site and the ligando "move" towards that minimum. If you want, when I have the final file ready I Will send it to you for you to analize.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

Hello community @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus
I share with you our investigative work, where the ONIOM method is applied to determine interactions between ligands and proteins.#LatinXChem23 #LatinXChemComp #Comp048

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@lcoitino For docking web use ligands previously optimized by DFT. We Focus on energy values, not position population because we do not have the command to determine It. The position determined in coupling served as a starting point to optimize with ONIOM.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@lcoitino Hi Laura!
https://t.co/XQCE8zlL2N
https://t.co/VcEtThA00A
Yo find them un the database RCSB PDB.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@GustavMondragon @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus Por el momento utilizamos el que tiene disponible GaussView 6.0.16

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@GustavMondragon @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus Gracias por tu recomendación. Tuvimos algunas variaciones importantes en los resultados cuando trabajamos con diferentes campos de fuerza. El campo de fuerza Ámber funcionó mejor pero es necesario determinar parámetros con Parmchk2 y los que no calcula tomarlos de bibliografía.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@florbrivar @LatinXChem @PCCP Thank you.
The upper layer is formed by ligand and residues or active site.
Defining the boundaries is a crucial step, it must be delimited by covalent bonds, preferably C--C. One amino acid unit and two more atoms was enough to define the upper layer at the boundary.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

Hola comunidad @LatinXChem @PCCP
Les comparto nuestro trabajo investigativo, en donde se aplica el método ONIOM para la determinación de interacciones entre ligandos y proteínas 👀 #LatinXChem23 #LatinXChemComp #Comp048

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@villarroelmme @Compchemcimav @LatinXChem @PCCP Saludos Estefanía! No podemos conocer aún que átomos están involucrados, la intención inicial era ver las diferencias energéticas determinas por ONIOM y acoplamiento molecular. Luego podremos utilizar optimización con TS (Berny)-ONIOM y plantear posibles rutas de reacción.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@reynier_s @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus In the optimization of the system, around 50 "positions" were gererated looking for the lowest energy configuration. The energy values were similar, with a variation of 3 a 4kcal/mol between them. This path can be seen as "dynamic movement" generating subtle energy changes.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@duyquang_dao @LatinXChem @PCCP @digital_rsc @ChemRxiv @LufacIDT @beyondbenign @green_rsc @RSC_Sus Saludos!! El interés en ONIOM va más allá de conocer interacciones energéticas iniciales. El propósito mayor es plantear mecanismos de reacción.
La capa alta se analizó con DFT, funcional híbrido APDF. La capa baja se analizo con Ámber, campo diseñado para macromoléculas.

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@HectorFabioCo19

[LEANDRO CARDONA @LEANDROCC1990]

@andy_grod @LatinXChem Hola...has probado aplicar el método ONIOM para tener un mayor entendimiento de las interacciones que se generan en el sitio activo con tu molécula de interés?

[Sara ✨ @Sdlc3009]

@CarLobatot @LatinXChem @BuapLesqo