Lavi Bigman

Computational Structural Biologist at DenovAI. PhD in molecular biophysics from the Weizmann Institute.

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@ebetica @modal @ebetica . Amazing work for both fold and binder design.
Did you try to use smaller version of ESMC for binder design? I saw in the paper and the code you use the 6B version. I was wondering if you tested tradeoff between model size and design performance.

[Alex Rives @alexrives]

Today we're announcing ESMFold2, an open scientific engine to power prediction, design, and discovery across protein biology.

The new model delivers state of the art performance on protein interactions, especially antibodies, a critical modality for therapeutics.

We have designed and validated miniprotein binders and single chain antibodies across five therapeutic targets that are important in cancer and immunology. We are seeing very high success rates, and affinities at levels consistent with therapeutic activity.

We’re also releasing an atlas of 6.8 billion proteins, and 1.1 billion predicted structures.

ESMFold2 is built on a state of the art language model that has been trained on billions of protein sequences.

A world model of protein biology emerges through language modeling.

We’ve used the techniques of mechanistic interpretability developed to understand large language models to understand the concepts ESM uses to represent proteins.

The model’s representation space has a compositional organization of features across scales, levels of complexity, and abstraction, that reflects and mirrors the understanding of protein biology developed through a century of empirical science.

This understanding emerges without prior knowledge, just from language modeling of protein sequences.

Language models are becoming a powerful substrate to understand and program biology.

The design of protein interactions is one of the most fundamental problems in biophysics, and has critical implications for the discovery of new medicines. A simple gradient based search with the model was able to discover high-affinity protein binders.

I'm excited by the potential this has to accelerate basic science and the understanding of proteins. And especially for the new avenues it opens up for therapeutic design and medicine.

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@mattshumer_ I tried this idea recently in Cursor. Used Opus 4.6 for the orchestrator, and explicitly ask to spin up light-weight subagents for well defined tasks. Cursor assigns the "easy" tasks to Composer 2, which is 10x cheaper then Opus4.6. works well. Good price-performance balance

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@naftalibennett אילו פתרונות קונקרטיים כבודו מציע?
מה היית עושה לו היית ראש ממשלה ומתחיל את התיקון ?

[Garry Kasparov @Kasparov63]

@Stef1ski Lol, imagine thinking that a democracy with 10 million people is the obstacle to "world peace" and not the Arab dictatorships with 450 million trying to destroy it for nearly 80 years.

[Naftali Bennett נפתלי בנט @naftalibennett]

צפו ושתפו: הרב יוסי גמליאל, ראש ישיבה ומ"פ שריון שעשה יותר מ400 ימי מילואים בעזה מאז השבעה באוקטובר, מדבר מדם ליבו נגד חוק ההשתמטות שמבזה את עולם התורה הציוני >>

[Ella Ke @EllaTravelsLove]

Hamas fired an anti-tank missile at an IDF vehicle, thereby violating the ceasefire.

As can be seen since the ceasefire began in Gaza, Hamas been killing Gazans, killing animals, and apparently they missed killing Jews.

Can’t wait to see how the mainstream media will report this one.

No one will talk about the Jihadi way of thinking, no one will talk about the culture.

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@DanielBachmat @LittleMoiz @KalmanLiebskind אנשי מודיעין וטכנולוגיה לא תסולא בפז.

ועדיין, צריך לוחמים. והרבה. אז מי שיכול לשרת שירות קרבי, שיבא. כי אין לנו ארץ אחרת, ואין אנשים אחרים. אנחנו ביחד בזה, מתל אביב, ירושלים, מהעיר ומהכפר. בואו.
הפלוגה שלי מתחילה בקרוב סבב מילואים 4 בעזה. מוזמנים

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@DanielBachmat @LittleMoiz @KalmanLiebskind דיו�� מרתק, ברובו רציני וענייני יחסית לטוויטר. תודה @KalmanLiebskind ותודה @DanielBachmat .
אני לא רוצה להיכנס לדיון הענף ביחס לתל אביב כדוגמא, כי בעיני זו לא הנקודה העיקרית.
הנקודה העיקרית פה היא שחסרים לצהל לוחמים . ברור שתרומתם של טייסים, אנשי פיקוד העורף וההגנה האווירית,

[nature @Nature]

Scientific research is at the heart of Israel’s success and has worldwide benefits. Our work will continue despite adversity, says Alon Chen

https://t.co/Qvcq1MbEnI

[Weizmann Institute @WeizmannScience]

אנחנו נמצאים בנקודת זמן קריטית לשיקום מכון ויצמן למדע, וזקוקים לתמיכה שלך.
בעזרתך נוכל לבנות מחדש מעבדות, לבסס מחדש מחקרים פורצי דרך ולהוביל את המדע לגבהים חדשים. התרומה שלך היום תניע את התגליות של מחר. עכשיו זה הזמן. לתמיכה >&gtאנחנו נמצאים בנקודת זמן קריטית לשיקום מכון ויצמן למדע, וזקוקים לתמיכה שלך.
בעזרתך נוכל לבנות מחדש מעבדות, לבסס מחדש מחקרים פורצי דרך ולהוביל את המדע לגבהים חדשים. התרומה שלך היום תניע את התגליות של מחר. עכשיו זה הזמן. לתמיכה >&gtאנחנו נמצאים בנקודת זמן קריטית לשיקום מכון ויצמן למדע, וזקוקים לתמיכה שלך.
בעזרתך נוכל לבנות מחדש מעבדות, לבסס מחדש מחקרים פורצי דרך ולהוביל את המדע לגבהים חדשים. התרומה שלך היום תניע את התגליות של מחר. עכשיו זה הזמן. לתמיכה >&gtאנחנו נמצאים בנקודת זמן קריטית לשיקום מכון ויצמן למדע, וזקוקים לתמיכה שלך.
בעזרתך נוכל לבנות מחדש מעבדות, לבסס מחדש מחקרים פורצי דרך ולהוביל את המדע לגבהים חדשים. התרומה שלך היום תניע את התגליות של מחר. עכשיו זה הזמן. לתמיכה >>

[Kyle Tretina, Ph.D. @AllThingsApx]

🏭AlphaDesign just turned AlphaFold into a programmable protein‑design factory:

Hallucinate a backbone, diffuse the sequence, and ship it; no model retrain is needed.

Monomers, oligomers, bispecifics, shape‑shifters, 17 / 88 hits active in vivo 👀

[Lavi Bigman @LaviBigman]

@ArielSchnabel חסר לי רק אריק שרון מכתר ארמיה איראנית בתבריז

[Barak Herscowitz @BarakHer]

1. לראשונה בהיסטוריה - יש רוב בציבור האמריקאי נגד ישראל.
בקרב דמוקרטים אנחנו בקריסה מוחלטת, אבל גם בקרב רפובליקנים צעירים - 50% נגדנו.

2. זאת אמורה היתה להיות נורת חירום אדומה בוהקת עבור הממשלה.

3. נכון, סביר להניח שא��רי שתיגמר המלחמה המספרים ישתפרו. נכון, חלק גדול מהקריסה הזו נובעת מתהליכים פנימיים אמריקאים (הקצנה פרוגרסיבית בשמאל האמריקאי ובדלנות מקצינה בימין). אבל חלק גדול מזה גם בגלל הזנחה פושעת שלנו את הנושא.

4. כבר כתבתי בעבר שוב ושוב - כאן ובכל במה שניתנה לי - שבזמן שאנחנו נלחמים עם טנקים ומטוסים וטילים, חמאס הינדס עבורנו מלחמה אחרת לחלוטין: מלחמה על הנראטיב, על עצם הלגיטימציה שלנו להתקיים בין העמים. הם הינדסו את כל מכונת המלחמה שלהם כדי לייצר הרג והרס בעזה כדי לשרת את מכונות הפרופוגנדה שנבנו באיראן, קטאר, סין ורוסיה. והמכונות עובדות, עובדות חזק.

5. במלחמה הזאת - המלח��ה על התודעה - ישראל לא מפסידה. היא בכלל לא נלחמת.

6. הממשלה מתנהלת בצורה מחפירה ופושעת למרות שהאיום הזה ידוע לנו שנים רבות. כל מערכי ההסברה הרשמיים של המדינה פורקו כדי לתת ג׳וב לגלית דיסטל תחת ״משרד הסברה״ שמעולם לא נבנה באמת. מערך ההסברה הלאומי במשרד ראה״מ שאמור היה להוביל את המערכה בחירום הפך לזרוע דוברות פוליטית של ראה״מ. משרד החוץ, שבאמת יש בו הרבה בעיות, לא שוקם מעולם אלא להיפך - יובש. הסמכויות והתקציבים עברו למשרדים קיקיוניים שנסגרו ונפתחו לאורך השנים. גם האנשים המעולים שעובדים במשרדים הללו לא קיבלו ולא מקבלים כלים להילחם. כשכבר הגיעו דוברים רהוטים שנלחמו על זמן מסך בכל רשת תקשורת, כמו אילון לוי, הם סולקו, לכאורה, בגלל שפעם צולמו בהפגנה.

6. אבל זה ה-״פינאטס״. בסוף משרד הסברה/ קמפיין משפיענים במשרד התפוצות/ דיפלומטים בנציגויות - אלה רק טקטיקות. מד��נת ישראל היתה צריכה מזמן (ואם לא מזמן, אז בוודאי אחרי השבעה באוקטובר) לייצר מכונת השפעה על נראטיבים, שלכל הפחות תעלה למגרש ותתן פייט. לא הכל המדינה יכולה לעשות בעצמה, אבל היא בהחלט יכולה להיות הגנרל שמייצר עבודה מתואמת, מאגם משאבים, מייצר מחקרים ומוביל חלק גדול מבניית הכח.

7. יש טענה שאני דוחה על הסף ש-״זאת מלחמה שאי אפשר לנצח בה״. זה כמובן קשקוש. אם דיקטטורות אסלאמיסטיות כמו קטאר גרמו, במהלך של שנים רבות עם אסטרטגיה סדורה, לקנות מעמד ומוניטין בקרב ליברלים במערב - הכל אפשרי. דווקא יש לנו ראש ממשלה שמבין מצויין בתקשורת, נראטיבים, דיגיטל ויצירת שיח ציבורי. זאת מלחמה שיכולנו להוביל. יש לנו אמנם חסרונות מובנים (יש מיליארדי מוסלמים ושונאי ישראל, יש להם כסף אדיר, בעולם נוטים לרחם על החלש-כביכול ולפלסטינאים קל להיראות הצד החלש), אבל יש לנו גם יתרונות מובנים: המון אוהדים בעולם, נוצרים ויהודים, טכנולוגיות שיכולות לפצות על פערי כמויות והכי חשוב, יש לצידנו את האמת. פשוט איש לא נלחם עבור האמת.

8. עדיין לא מאוחר.
כתבתי תכנית מקצועית איך לבנות מכונה ישראלית שתילחם עבור האמת - ותנצח. הראיתי אותה ללא מעט מקבלי החלטות. הם לא מסוגלים כנראה ליישם כלום. אבל אחשוף אותה השבוע ברשת, אולי ייצא מזה משהו. אולי, רק אולי, מישהו יראה ויחליט ליישם.

[Michael Eisenberg @mikeeisenberg]

אסור להשלים עם חובבנות. אנחנו חייבים לנצח. הווידיאו של הנאום המלא.

היום, בינה מלאכותית ונכסיות טכנולוגית ככלל, הם כמו מפעל הטקסטיל בדימונה בשנות החמישים.

[Shifra Lansky @ShifraLansky]

I have just opened my lab at the Weizmann Institute of Science, Department of Chemical and Structural Biology, and am looking for students!

Please share! :)

For more details, check out my website: https://t.co/4byF7MsHfy

[Fania Oz-Salzberger 🇮🇱🕊️🟣 פניה עוז-זלצברגר @faniaoz]

Academics, if you don’t believe in the boycotting and ‘canceling’ of Israeli scholars and research, please read and sign this statement. Link included ⤵️

[Fania Oz-Salzberger 🇮🇱🕊️🟣 פניה עוז-זלצברגר @faniaoz]

Statement against the Boycott of Israeli Academics.
Launched by a doctoral student at the Hebrew University, the list of signatories is very distinguished, and growing by the day. https://t.co/hV1U2Wrt9y

[Ella Ke @EllaTravelsLove]

היי, כבר כמה זמן מחכה להפיץ את השרשור הזה, על ההצלחות שלנו, עם ישראל, ברשתות ב-7 חודשים האח��ונים. בחרתי דוגמאות מעטות ומהטוויטר (רוב הפעילות שלנו לא בטוויטר).

בחודשים האחרונים אנחנו בנינו ובונים מערכים ארוכי טווח שנותנים מענה לניסיון ההשמדה התודעתי שמנסים לעשות לישראל ולעם היהודי (כן, כן) ברשתות. ולא זו לא קונספירציה, אנחנו מכירים את פעילות רשתות הבוטים הזרות, תכנית 100 השנים של האחים המוסלמים (ליטרלי מפורסמת ברשת), עבודת ה-BDS ועוד. זה אמי��י וזה קורה, נרדמנו בשמירה אבל אפשר להציל את זה.

אני מביאה כאן עיקרים, יש לנו עוד כל כך הרבה קייס סטאדיז ואני מעדיפה לא לחשוף את שיטות העבודה לכל אויבינו שמתרגמים אותי:) אז תודה על ההבנה.

בתמונה כאן ⬇️ מנהיג שהבין בדיוק איפה מלחמות מוכרעות ב-2024:

[Lavi Bigman @LaviBigman]

שפיות אישית, שפיות הדעת,
וגם שפיות של עם,
זו חובתנו המכרעת,
נמשיך בראש מורם!

לביא ביגמן
מחלקת פינוי
גדוד 360
אור ליא חשוון תשפ"ד
26.10.2023

[Lavi Bigman @LaviBigman]

איזה מחזה זוועים, איזה דרום אדום,
לא לגרר הגענו ככה, פגשנו כאן את סדום.
אנשי חטא חמס ופשע, ללא קמצוץ מוסר,
שחטו, טבחו ללא שום פסע,
רוע טהור אכזר.

*********************

לא פולניה או גרמניה,
וגם לא באבי יאר,
בין בארי לבין רעים,
בואכה נחל גרר.

מקום ישבו שם אבותינו,
אברהם, יצחק.

[Lavi Bigman @LaviBigman]

איני יודע מה בסוף, איני מדינאי,
דבר אחר לי יש לומר : ראי רחל ראי.

��ברנו תופת, מלחמות ואינספור התקפות,
תמיד יצאנו, השתקמנו לתקופות יפות.
כי זה הכח של עמנו, כח החיות,
למרות הכל נמשיך לפרוח,
נשמור על השפיות.