Yuichi Wakamoto

若本祐一　わかもとゆういち　東京大学教授　
Cellular Dynamics, Adaptation, Evolution, Professor Univ of Tokyo
投稿内容は個人の見解に基づくもので、所属団体を代表するものではありません。

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

ラマン-プロテオーム論文の最終確定版を公開しました。細胞のラマンスペクトルからプロテオームを推定できるだけでなく、その関係を深掘りすることで、オミクスのシステム的特徴が明らかになったことが重要だと考えています。
https://t.co/tw1qfe5mBi
https://t.co/vMMglAzuwA

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

4月18日に実施される広域科学専攻の全体説明会の後、生物物理系の３ラボ（澤井、若本、柳澤）で合同見学会をします。興味がある方は、場所などの詳細情報をお送りしますので、以下のフォームからぜひ登録してください。当日参加も、もちろんＯＫです。https://t.co/sqVjyBaEiM

[Ken-ichiro F. Kamei / 亀井健一郎 @kenichirokamei]

Kobayashi-Kirschvink Lab at UChicago has begun!
https://t.co/mSx9f7ZVke

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

This study demonstrates how perturbations in a single gene affect genome-wide gene expression from the perspective of the conservation of expression level ratios between genes.
https://t.co/m1xOdE4xkR

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

一遺伝子に対する摂動がゲノムワイドの遺伝子発現にどう影響するかについて、遺伝子間の量比保存性という切り口から深掘りした研究です。大腸菌から、線虫、ヒト細胞にまで共通するシステムレベルの共通性を確認しています。
https://t.co/m1xOdE55ap

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

@yhimeoka ありがとうございます!

[姫岡 優介 @yhimeoka]

大腸菌のpersistence (遺伝子的には薬剤で死ぬはずなのに生き残る奴ら) は"triggered"と"spontaneous"の2つに分けられることになっているのだけど、そんな綺麗な分け方では全然捉えられないような生き残り方を捉えた、めっちゃ好きな研究です！（動画はVideo 10）

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

My favorite is Video 10. I was overwhelmed when I first saw it a few years ago. How robust life is!

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

We have published a paper on single-cell analysis of antibiotic persistence in E. coli. The movies show amazing survival dynamics of single cells.
https://t.co/yhApI5UipH

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

ちなみに私のお気に入りはVideo 10です。初めて見た時は本当に驚いた。「生」の頑健さよ。

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

大腸菌のパーシスタンス現象を1細胞レベルで詳細に解析した論文を出しました。大腸菌の生き様をぜひご覧あれ。
https://t.co/yhApI5UipH
https://t.co/Hk449Tg4tN

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

Our new preprint on Raman spectroscopy for identifying antibiotic resistance and phenotypic heterogeneity of pathogenic bacteria (MRSA):
https://t.co/fBqcKGnzTr

[Takema Fukatsu @fkttkm]

Super-amazing work by Takanori Nishino, Hiromi Mukai, Minoru Moriyama and other colleagues on a novel insect-microbe symbiosis is now available as preprint
Defensive fungal symbiosis on insect hindlegs https://t.co/VSmvB8OFa1

[Yusuke Himeoka @ UTokyo @yusuke_himeoka]

We had a 2-day meeting on basic (micro)biology organized by Yuichi @WakamotoYuichi at UTokyo. It was a fantastic time to discuss microbial growth, death, tolerance, evolution, VBNC state, L-form, and minimal cell.
Thanks for all and looking forward to the next meeting!

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

参加していただいた皆様、ありがとうございました！会を企画した際には挑戦的すぎるタイトルかなぁと思っていましたが、私の予想をはるかに超える突っ込んだ話題提供をしてくださり、議論も素晴らしく、私自身めちゃくちゃ楽しく学びました。またやりましょう！

[姫岡 優介 @yhimeoka]

若本 @WakamotoYuichi さん主催の「生物の基礎探求会」、とんでもなく楽しかったです！！
微生物の生理学、培養、死、進化…多様なトピックを、小規模ワークショップならではの時間を気にしない自由な議論で深められて、本当にエキサイティングな会でした〜！
来年はぜひとも合宿でやりましょう！

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

こちらの論文のVersion2を公開しました。この論文では細胞のラマンスペクトルからプロテオームを推定できること、さらにラマンとオミクスの対応の詳細解析から見えてきたオミクスの量比保存拘束について議論しています。Ver1以降多くの方からコメント、助言をいただきました。ありがとうございました。

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

Revealing global stoichiometry conservation architecture in cells from Raman spectral patterns https://t.co/2YWjycv98r

[Yuichi Wakamoto @WakamotoYuichi]

Ver. 2 is online. Here we show that proteome profiles can be inferred from Raman spectra of cells and describe the stoichiometry conservation constraint in omics, revealed by analyzing the Raman-omics correspondence in detail. We thank many comments & advice received since Ver1.

[Wei-Hsiang Lin @WeiHsiangLin3]

Genome concentration limits cell growth and modulates proteome composition in Escherichia coli https://t.co/5JoUUPbkHJ

[Takema Fukatsu @fkttkm]

A new YouTube video on co-evolution of bat flies, their endosymbiotic bacteria, and their host bats is out! #bat #fly #symbiont #bacteria #genome #evolution #blood
https://t.co/KM2hoEvg3O