くろたんくLab

博士（工学） 環状ペプチドデザイン、アカデミックコーチング・ケモインフォマティクス/バイオインフォマティクスコンサルティング・各種データ情報解析 お仕事のお問い合わせはHPからお願いします。mond:

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

実はこの、Isomorphic LabsによるAlphaFoldの創薬応用レビュー論文に学生時代に書いた論文が引用されてて、細かいところまで見てくれてるんだなぁと思っていました
（ちょっと内容ズレてたけど😋）

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Isomorphic LabsによるAlphaFoldの創薬応用レビュー論文
構造予測の仕組み、バーチャルスクリーニング、SBDD、タンパク質間相互作用、分子グルー、抗体設計が網羅的にまとめられているだけでなく、限界や課題も率直に議論されています
The rise of AlphaFold in drug design https://t.co/r30IgX1plJ

[Martin Pacesa @MartinPacesa]

Great work on the Genie3 model! BindCraft performance here is probably overinflated, as it designs with AF2m and benchmark is validated with AF2m, so bit unfair. I expect it would perform on par with the other models instead.

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@tbsng_ktkm0923 サッと調べるには良さげですね
試してみよっと✨

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@shizuku50312776 起業おめでとうございます！
お互い同業になりますが、今後ともよろしくお願いします!

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@shizuku50312776 Cyclic offsetによってモデルから出力されるPDBの「N末端とC末端の距離が近い」のでPymolがその他のC-Cの共有結合と同じように結合してくれます

なので、どのツールでもcyclic offsetがきちんと効いていて適切に予測・デザインされればビューワーが勝手に結合しているように見せてくれますね

[Ohue M/大上雅史 @tonets]

科研費通ったので @ohuelab でポスドク公募します。週一からの兼業も可です。気軽にリプライ/DMお声がけください。

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

推奨H100
使える人、限られますね😵‍💫

[叢雲くすり (創薬ちゃん) @souyakuchan]

> In order to run the model, we recommend running with at least an NVIDIA H100 GPU.

お、応！

#創薬力強化💻

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@akg_entrance Claude Code CLIの方が自由度高く、いろいろできるのでオススメです

[Shingo Honda (本田 信吾) @akg_entrance]

Plasmidsaurusのプラスミド全長シーケンシング、サンプル回収から3時間くらいで結果送られてきて衝撃を受けている

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

少し遅れましたが、あけましておめでとうございます

くろたんくLabを立ち上げて2年を迎えました

幸いにもいろいろな方と出会い、研究支援等を行うことができております。

これからも、くろたんくLabにお気軽にお声がけください

よろしくお願い致します

https://t.co/7Hc8b0mYZA

[Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu]

【拡散🙇】

年末ですが、"実環境"での研究自動化に興味のある方へ🤖

JST CREST「実環境知能」研究課題「AIが創薬研究をするための『生きている研究室』の開発」に係り、公募情報が公開されました！

・フルリモート可
・カジュアル面談や質問いつでもOK

公募情報（給与額記載）はスレッド↓

[N283T @tbsng_ktkm0923]

Rainbow mmCIFアップデート (v0.0.5->v0.0.6)しました
model_cifにも対応してbfactor列をplddtカラーリングするようにしました。

https://t.co/5AaPfb1ku2

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@tbsng_ktkm0923 素晴らしい👏👏👏
ありがとうございます

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

ポストAlphaFoldとして、AlphaFoldは便利ではあるが、万能ではない前提で、どう使うと良さそうか、他のツールとの組み合わせなども含め、AlphaFoldと創薬の関連がとてもわかりやすく、参考論文も示されている良質な記事でした。とても参考になりました。

[Ohue M/大上雅史 @tonets]

https://t.co/0qLLb3YsMu

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

内容が楽しみ😋

[Dr. しずく | Wet & Dry創薬研究者 @shizuku50312776]

In silicoペプチド創薬の技術書の編集作業中。
年末年始に公開できそう!
ペプチド愛に溢れた技術書になりそうなので、反響あると嬉しい笑

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

チャット機能バグっているのか、気づいてもらえてない説

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@shizuku50312776 正直そこがネックで、手をつけていません🤔

[くろたんくLab @blacktanktoplab]

@shizuku50312776 もしかするとちょっと気をつけたほうが良いかもと思いました

AlphaGenomeはOSSのライセンス以外に、API利用規約で利用やアウトプット結果を制約しているので

API利用してると思われる内容を商用に絡めて書いてしまうとAPI利用規約違反になる可能性がありそうと思っています

https://t.co/MqrPdv0FJD

[Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith]

NVIDIAがジョブスケジューラー「Slurm」の開発企業を買収、AIやHPCのエコシステム強化へ https://t.co/9S1RiIeljA

でたわね

[Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith]

AlphaFold3ってなんで一部C++で書かれてるんやって思ったけど、処理内容追ってみたらMSAやmmcif構造処理のあたりとかで三重ループ以上がモリモリ出まくるからかなと思った　んでpybindでPythonから触れるようにしてる
他にも随所に速さを極める工夫が散らばっている