Brandon Meza

Quizás me ves,
tal vez, acaso un día,
en una lámpara apagada,
en un rincón del cuarto donde duermes,
soy la mancha, un punto en la pared.

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

Hello, @LatinXChem!
This is my work "Hydrolysis of Ester Phosphates Mediated by a Copper Complex: A Free Energy Perspective".

I am eager to discuss it with you! :)

#LatinXChem22 #LXChemComp #Comp035
#AIMD #DFT #Metadynamics #Catalyst #Copper #Phosphate

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@AlasSalomon @LatinXChem No es para nada raro el uso de MTD en proteínas, mira, te comparto un ejemplo. https://t.co/eaUFrM19CN
El principal detalle es la elección de las variables colectivas, usualmente en proteínas funciona bien el RMSD o el radio de giro.

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@fjduarteg @LatinXChem 3) These structural discrepancied can be seen in Fig 5 where intermediate for di and triesters last from the start to ~6000 fs (2/2)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

Hello, @LatinXChem!
This is my work "Hydrolysis of Ester Phosphates Mediated by a Copper Complex: A Free Energy Perspective".

I am eager to discuss it with you! :)

#LatinXChem22 #LXChemComp #Comp035
#AIMD #DFT #Metadynamics #Catalyst #Copper #Phosphate

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@fjduarteg @LatinXChem 3) In di and triesters the pentacoordinare intermediate is formed almost instantly after the simulation starts. In fact, the minima observed in F3 represent the systems with the intermediate formed, in contrast to the monoester minima. (1/2)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@fjduarteg @LatinXChem 2) Then, we selected our solvation sphere looking at the system equilibration, considering the water molecules with the most important interactions in the complex. (2/2)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@fjduarteg @LatinXChem 2) There are multiple works where the importance of solvation has been studied, including yours :). It is is crucial to add explicit solvent to have a good free energy prediction and a better look of the process. (1/2)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@fjduarteg @LatinXChem 1) To finish my work, I am currently doing some simulations to compare the results. We don't have this comparison yet, but I expect a higher barrier for the uncatalysed process.

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@FrankBarrera91 @LatinXChem Muchas gracias! :)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@MarisolIbaRdz @LatinXChem @Compchemcimav Thank you!

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@MarisolIbaRdz @LatinXChem @Compchemcimav Thank you!
Can I have another one? :)
What descriptors do you use and how do you correlate them with that release capacity?

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@AlasSalomon @LatinXChem Mi experiencia está dirigida en dinámicas ab initio y ahí he usado metadinámica y well-tempered metadinámica, como métodos de muestreo. Si les resulta interesante con gusto podemos platicar, también tengo póster por si quieren echarle un vistazo. :)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@AlasSalomon @LatinXChem Entiendo también que los métodos de muestreo pueden ayudar a una exploración mucho más eficiente. ¿Hay alguna razón para no aplicarlos a sus sistemas?

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@AlasSalomon @LatinXChem Muchas gracias por la respuesta :)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@FrankBarrera91 @LatinXChem Hola, Francisco ¿Cómo aseguran la convergencia de las superficies de energía reconstruidas?
Bonito trabajo!

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@HugoSamayoa8 @LatinXChem Y qué gusto el saludarte!
El abrazo de vuelta. ;)

[Brandon Meza @BrandonCIP1]

@HugoSamayoa8 @LatinXChem Hola, Hugo! Los di y trifosfatos logran estabilizar un estado pentacoord. (fosforano), el cual logra una redistribución de densidad sobre los sustituyentes. Esto genera un déficit parcial de densidad en el metal, lo que beneficia la estabilización de la quinta molécula de agua.

[Emma Crawford @EmmLouCrawford]

Excellent #RSCPosterPitch again from @alanqf22

[Micah G. Allen @micahgallen]

Stop glorifying legacy journals and impact factor. Just stop. The quality of science is fully independent from where it is published. To act otherwise is intellectual dishonesty. If you are established you have a duty to convey this message to stakeholders, grant agencies, etc.