Kadir Koç

[Kadir Koç @dnathings]

@Giresunlee2834 Batch 1747 mi ?

[Kadir Koç @dnathings]

@oghurian @seckincsahin @kokenim Hayır. Gönderdiğiniz dal Yfull'de R-FGC40202 olarak geçiyor, bu tamamen farklı bir dal. Ben belirleyici mutasyona göre arama yaptım. FTDNA'da BigY seviyesinde test yaptırmış kimsede henüz yok bu dal.

[Kadir Koç @dnathings]

@nassqw2 @kokenim It's around 20 GB.

[Kadir Koç @dnathings]

@kokenim 4x tüm genom dizilime y-dna okuma kapsamı.

0x %9.09
1x %15.85
2x %21.73
3x %18.79
4x %14.41
5x %8.90
6x %4.52
7x %2.78
8x %1.63
9x %0.84
10x %0.87

NOT: Sadece FTDNA'nın BigY kapsamında analiz ettiği bölgeler dikkate alınmıştır. Y kromozomunun rekombine olan kısımları vs dahil değildir.

[Kadir Koç @dnathings]

@nassqw2 @kokenim BAM

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim mtDNA verisi sunmaları da başka bir artı. mtDNA'nın kendine has yapısı itibariyle 4x derinlikte bile her hücrede yüzlerce hatta binlerce mitokondri kopyası bulunduğu için derinlik oranı 3500-4000x'e çıkıyor.

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim Derinlik arttıkça elde edilen verinin kalitesi de artıyor. 2x'e kıyasla 4x derinlik tabi ki de avantajlı. MyHeritage'e kıyasla zaten açık ara önde şuan @kokenim.

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim Kısaca özetlicek olursam sadece y-dna açısından şuan için BigY > Kökenim 15x > Kökenim 4x > MyHeritage > FamilyFinder > 23andme > Ancestry

[Kadir Koç @dnathings]

1x ve 2x derinlikteki okumalarda evet güvenirliği sorgulanabilir ama şöyle de bi avantaj var. Diyelim ki analiz sonucunda, 5X veya 6X derinlikte çok güvenilir okunmuş J2a haplogrubuna ait 15 farklı mutasyonunuz var. Aynı analizde, sadece 1X derinlikte okunmuş başka bir mutasyonunuz (örneğin L24) daha çıktı. Haritaya baktığınızda L24 mutasyonunun zaten J2a'nın alt dallarından biri olduğunu görüyorsunuz.Bu 1X okuma büyük ihtimalle doğrudur. Makine o bölgeyi tesadüfen 1 kez okuyabilmiş olsa da, o SNP'nin zaten orada olması gerektiğini diğer 5X'lik J2a mutasyonlarının varlığından anlarız.

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim Y kromozomunda güvenilir bir SNP atamas�� (allele calling) yapabilmek için kabul edilen minimum okuma derinliği (coverage) 3X ile 5X arasındadır. Tabloya göre ne kadarı 3x, 5x vs siz hesaplayabilirsiniz.

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim Aynı bölge 3 ila 5 kez okunduğunda (3X-5X) ve okumaların tamamında aynı alel (örneğin "T") görüldüğünde, bunun bir makine hatası olma ihtimali matematiksel olarak milyonda birlere düşer ve alel güvenilir kabul edilir.

[Kadir Koç @dnathings]

@Zaferturizmx @kokenim BigY'nin test ettiği bölgelerin yaklaşık %9'u cihaz tarafından hiç okunmamış yani test edilmemiş, %15 civarı sadece 1 kez okunmuş. %21 civarı sadece 2 kez okunmuş vs.

[Kadir Koç @dnathings]

@MyHeritage ve @kokenim karşılaştırma tablosu. Açık yeşil ton avantajlı, yumuşak mercan tonu dezavantajlı alanları gösteriyor.