Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD

Rüyanur'un Babası Moleküler Biyoloji ve Genetik Dr. Öğretim Üyesi @istunedu
BS @ MBG @METU_ODTU
PhD @ Materials Science & Nanotechnology @BilkentUniv @SekerLab

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

Our work "Genetic Logic Gates Enable Patterning of Amyloid Nanofibers" is published on Advanced Materials - Wiley Online Library- @EbuZerrK-@Ahanre-C. ElifÖzçelik-@uosseker-@SekerLab- https://t.co/LuoUabyF04

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

@Tubitak Başvurumuzu yaptık. 1. Aşama'nın sonuçlanmasını bekliyoruz.

[Jonathan Eisen @phylogenomics]

Common whitetail - seen at #ucdavis today

[good papers @paperperday]

Iterative Assembly of Leaderless Polycistronic Amplifiers for Context-Independent Expression in Corynebacterium glutamicum

"tandem start codons linked by translational coupling (taATG) drive iterative ribosome reinitiation, amplifying translation of GOI"
https://t.co/rQzty8Al1V

[İSTÜN @istunedu]

Üniversite deneyimini şimdiden yaşamaya hazır mısın? 🚀

Sen de bu deneyimin bir parçası ol!

📍 Sütlüce Kampüsü
📅 27-28 Haziran 2026
🔗 https://t.co/hRzeTyuzOt

İST��N’de #GeleceğinVar #istün #İSTÜN #LiseYazOkulu

[Alex Rives @alexrives]

Today we're announcing ESMFold2, an open scientific engine to power prediction, design, and discovery across protein biology.

The new model delivers state of the art performance on protein interactions, especially antibodies, a critical modality for therapeutics.

We have designed and validated miniprotein binders and single chain antibodies across five therapeutic targets that are important in cancer and immunology. We are seeing very high success rates, and affinities at levels consistent with therapeutic activity.

We’re also releasing an atlas of 6.8 billion proteins, and 1.1 billion predicted structures.

ESMFold2 is built on a state of the art language model that has been trained on billions of protein sequences.

A world model of protein biology emerges through language modeling.

We’ve used the techniques of mechanistic interpretability developed to understand large language models to understand the concepts ESM uses to represent proteins.

The model’s representation space has a compositional organization of features across scales, levels of complexity, and abstraction, that reflects and mirrors the understanding of protein biology developed through a century of empirical science.

This understanding emerges without prior knowledge, just from language modeling of protein sequences.

Language models are becoming a powerful substrate to understand and program biology.

The design of protein interactions is one of the most fundamental problems in biophysics, and has critical implications for the discovery of new medicines. A simple gradient based search with the model was able to discover high-affinity protein binders.

I'm excited by the potential this has to accelerate basic science and the understanding of proteins. And especially for the new avenues it opens up for therapeutic design and medicine.

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

@uosseker @METU_ODTU Tebrikler hocam. Doğru tercih ☺

[Bilkent Üniversitesi @BilkentUniv]

Geleceğin emanet edildiği nesli yetiştiren Bilkentli öğretmenlerimizin ve tüm öğretmenlerin Öğretmenler Günü kutlu olsun. 💐

[Víctor de Lorenzo @vdlorenzo_CNB]

Interesting https://t.co/OLYZ7KBvem Yet the underlaying assumption that one can go from DNA all the way to a (micro)organism deserves some critical discussion in view of @AMartinezArias' motto #NotIntheGenes https://t.co/3GS1R0UFaf & @philipcball disgressions on causal emergence

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

🔬🧬Süper çözünürlük, süper pahalı mı? Artık değil! Konfokal mikroskopla nano yapıları görmek artık kolay ve eğlenceli. Sen de hücrelerin gizli dünyasını keşfetmek ister misin? 👀✨#Mikroskopi #Bilim #NANO

https://t.co/Z9EE762kgO

[Urartu Şeker @uosseker]

Türkiye yine yurtdışındaki araştırmacılara , yabancı üniversitelere bedavadan insan kaynağı sağlama töreni yapmış, hem de yurtdışındaki okullara üste para vererek, İngiltere zaten bu işi ticarete çevirmiş durumda, her halde en büyük müşterileri Türkiye. Bu arada, Türkiyenin bilimsel üretimine yegane katkıyı sağlayan ülkemizdeki doktora öğrenciler ise açlık sınırında araştırma yapmaya devam ediyorlar!

[Yeşim AYDIN SON @yaydinson]

Yürütûcü olarak görev aldığım TÜBİTAK 1003 kapsamında tamamlanan projede, tükürükten alınan örnek üzerinden yapılan genotiplendirmeye dayalı erken evre Alzheimer riskini tespit eden yapay öğrenmek modelleri üzerine çalışmalarımız devam ediyor.

[Urartu Şeker @uosseker]

İngilitere, dünyadaki ilk CRISPR tabanlı gen terapisini, orak hücre anemiai ve beta talesemi hastalıkları için onayladı. Eğer Türkiye Sağlık Bakanlığı biran önce bu işlere, planlı, ürüne dönüştürme hedefli yapmak için başlamazsa,
https://t.co/0Pxa5Sogi7

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

@uosseker @SekerLab @Ahanre Tebrikler Recep 👏

[Urartu Şeker @uosseker]

Benim için ve araştırma grubumuz @sekerlab için bir gurur anı, doktora öğrencilerimizden Recep Erdem Ahan @Ahanre sentetik biyoloji alanında evrensel düzeyde yaptığı çalışmalarla doktorasını tamamladı. Evrenselden kastım, makaleler yayınlamış olması değil (sayısını, niteliğini merak eden kendisinin Scholar profiline bakabilir) - canlıların sahip olmadığı sistemler tasarlamış ve bunları çalıştırmış olması.

Recep, doktoraya başka ülkelerden kabul almış olmasına rağmen bizimle doktoraya devam etti. Burada da, neler yapabildiğimiz göstermesi bakımıdan -evet zorluklar var- önemli bir örnek olduğunu düşünüyorum kendisinin. Zira önemli olan, meraklı yaratıcı ve çalışkan insanlara alan açmak.

Geliştirdiği ve yer aldığı çalışmalar, yayın-patent ve ürünleşme aşamasında sonuçlar verdi-veriyor.

Kendisine, laboratuvarımıza verdiği katkılardan dolayı teşekkür ediyorum. Böyle iyi bir bilim insanının kariyerine ufakta olsa katkı vermiş olmaktan onur duyuyorum.

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

@tolgatarkanlme2 Congratz 👏

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

Thrilled that the European Commission has officially acknowledged synthetic biology as a game-changing technology, standing along with #AI, #Quantum, and #Semiconductors. 🧬🚀 This recognition fuels our passion for exploring new frontiers in science and technology! #SynBio

[Ryan Morhard @RyanMorhard]

Today, the European Commission identified synthetic biology as a top technology shaping economic security and geopolitical competition.

Syn bio joins AI, Quantum, and Semiconductors.

https://t.co/O5w1m02mZv

[Dr. Ebuzer Kalyoncu, PhD @EbuZerrK]

Doktora sırasında katkıda bulunduğum araştırmalar 100 alıntı aldı. Yakın zamanda kabul edilen TÜBİTAK 2218 Yurt İçi Doktora Sonrası Araştırma Projesi ile yeni yayınlara ve araştırma çalışmalarına katkıda bulunmayı sabırsızlıkla bekliyorum.

https://t.co/BtNiXZLHYG

[Urartu Şeker @uosseker]

mRNA aşılarında ve terapötiklerinde daha etkin ve az yan etkili sistemler sentetik biyoloji ile nasıl geliştirilir? "Making the Next Generation of Therapeutics: mRNA Meets Synthetic Biology" başlıklı makalemiz @ACSSynBio dergisinde yayında. @SekerLab
https://t.co/qAohdymyyI