Eli Kaminuma

神沼英里 博士(工学)
ライフサイエンスAIが専門のエンジニアです。大学院生・社会人向けのAI教育担当の大学教員、国の研究所でも研究員をしています。10代子育て中の母親。

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Google App Script（GAS）のスクリプトエディタが新しくなっていました。実行ログがSpreadsheetのLINE毎に表示されて、実行完了も確認出来て便利です（画像右下）。#GoogleAppScript #GAS #scripteditor

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客員研究員で週1回勤務している理研CSRSで「実験研究者のための深層学習入門」と題して実習付きセミナーを行いました。1回目はR言語でのCNN、2回目はAutoMLとGANでした。図はスライドの一部です。AutoML実習は、ColabのGPU環境＋CIFAR-10データセットの数回トライでも1時間以上かかるので要注意です。

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昨日はアグリゲノム産業研究会で「Edge AIとディープラーニング最新動向」の発表をZOOMで行いました。約100名の方々に御参加頂きまして、ありがとうございます。最新動向部分では、近未来の社会や研究現場に影響するAIの技術進歩をまとめました。https://t.co/easku9Kywl

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#LADEC2020 とても楽しく視聴しました。授業支援後に丁度聞けた、藤田さんの植物画像計測装置の開発パワーは凄かったです。それにしてもオンライン配信のおかげで、参加がし易くなり助かりました。配信作業が大変でしたでしょうが、スタッフの皆様、貴重な機会をありがとうございました。

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配列からの注釈文生成T5モデルのスライドを公開しました。テキスト生成文の評価尺度BLEUスコアは0.28(主旨は理解できるが重要な文法間違いがあるレベル)でした。#T5 https://t.co/jdc3fNUWmp

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学部データサイエンス(DS)教育の取組を聴講しました。https://t.co/UqYRnPMolG　筑波大では全1年生約2000名にDSを教えるも、2/3がDSに興味がないとか。興味を持たせる為の大学側の試行錯誤が素晴らしいです。他に角川の塚本氏から企業現場でAnalytics Translatorが重要になって来たと話がありました。

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今日はIIBMP2020のポスター発表でした。深層学習モデルを使うとアミノ酸配列のN末端とC末端の各10文字だけで配列注釈テキストを自動生成できる事に、ある参加者の方が驚いていました。私も最初は驚きました(笑)。ご参加頂きました皆様ありがとうございました。#IIBMP2020 #テキスト生成 #深層学習

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9/19(土)午後に、Zoom利用のオンライン形式で全国合同インタラクティブマッチング(D-DRIVE主催)が開催されます。企業就職に御興味のある学生・ポスドクの皆様、どうぞお早めにご登録をお願い致します。https://t.co/lmugyaqO9V

[バイオウェブ @bioweb_japan]

D-DRIVE 全国合同インタラクティブマッチングのご案内 - 東京大学 https://t.co/3zZp9DXwyV

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基礎編Python実習(下川先生)は後半に入り、引数多でコード入力量が増加。今日はRidge,LassoでZOOMチャットにリアルタイムでコピペ用コードを貼る支援を試みました(※対面の10倍と多い遠隔参加者向けです)。終了後、受講生アンケートに「コピペできなかった」と悲しい報告が。遠隔教育は道半ば。#MDDSC

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@takakoron よくある事です、気にしないで次行きましょう！

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「T5 (Text-to-Text Transfer Transformer)深層学習モデルによるHLA遺伝子配列からのテキスト注釈生成」が、IIBMP2020のポスター発表に採択されました。抗原情報とCDS配列被覆情報を解説するテキスト注釈生成が、配列入力のみから出来るのか？に着目しています。9月発表をお楽しみに！#IIBMP2020 #T5

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今日はLinux入門の補講で、ZoomからGoogle Colabでデモをしました。共有画面の切替不備や、チャット質問が複数アカウントに分散した事を、講義後に事務局と確認しました。QA専用の「チャット表示用の別アカウント」が必要、というのが今日の教訓です。図はZoomでのアンケ―ト結果です。#MDDSC #Linux

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①対面希望調査(対面 or e-Learning)、②入退室管理(PC座席番号と入退室時間)、③受講後講義評価票のオンライン化。6月講義がZoom配信と決まったのが5/31。6/6から講義が始まります。今週超特急で上述3件のGoogle Form(オンライン投稿ツール)を作りました。参考までに画像は②です。#MDDSC #GoogleForm

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毎年作成するMDDSCのGoogleカレンダー(https://t.co/2UxMyJDXCr)ですが、Google App Script(GAS)でGoogle Spreadsheetから講義コマを自動生成しています。カレンダー生成時にSpreadsheet列へ「追加済み」も自動記入する設計です。6月講義はZoom配信になりました。#MDDSC #Googleカレンダー #GAS

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Google Formでアンケートを作成しているのですが、「御名前」と項目名に入れたら、機能の部分がルーレットの様に回り自動的に「記述式」に変わりました。機能のデフォルト設定は「ラジオボタン」です。AIで自動選択したのでしょう。便利ですが、予想外のパーツが勝手に動くのは正直怖い。#GoogleForm

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Google Colab等のGoogleサービスの「共有URLの取得」が最近(?)変わり、非公開⇒制限公開への手続きが前のワンクリックに比べて複雑化しました。右上の共有ボタンを押してポップアップ画面（図）の左下「リンクを知っている全員に変更」を押し、出てきた画面で「リンクをコピー」して完了ボタンを押す。

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子供が学校課題でマスクを作ると言うので、適当な布が無く手拭い(かなり昔の頂き物で統計数理研究所のロゴ入り)を渡しました。紺無地部分がマスクになると考えていたのですが、いつの間にか「統数研マスク」に仕上がっていました(笑) #ISM #手作りマスク

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MDDSCの応用編修了課題の1つは、自由テーマでの機械学習モデル作成です。今回参考モデルを付けました。①医療系: 検査値からの糖尿病判別モデル ②創薬系: 化学構造からの毒性関連活性予測モデル。DeepChem Tutorialを基に、Graph Convolutional Network(GCN)を学習。図は化合物の構造可視化部。#MDDSC

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朝から子供は宿題で私は在宅仕事。ふと子供が「鳴き声がするけど、何の鳥？」と訊いてきます。天気が良いので、窓を開けていました。調べたらキジバトの鳴き声の様です。サントリー社「日本の鳥百科」鳴き声で探そう！サイトにお世話になりました。キジバトのeBird目撃地図を貼っておきます。#eBird

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ROIS-DS-JOINT公募共同研究の2019, 2018年度成果をgithubで公開しました。成果プログラム①糖尿病属性分類機械学習モデル、②DatasetAutoScan:オープンデータWeb Scraping、のGoogle Colabリンクを掲載しています。https://t.co/9yaheFxGIR #ROISDSJOINT #機械学習 #オープンデータ #Python