Robert Hoehndorf

[Robert Hoehndorf @leechuck]

Work led by Fernando Zhapa-Camacho.

Paper: https://t.co/2QcDu7P7sk
Code: https://t.co/aWPq0d6sSJ
5/5

[Robert Hoehndorf @leechuck]

New in Bioinformatics: INDIGENA, an inductive method to predict disease-gene associations by ranking genes for a set of phenotypes. 🧵 1/5

[Robert Hoehndorf @leechuck]

A supervised signal from known gene-disease associations makes the embeddings and the similarity measure task-specific. On mouse models of human disease it beats inductive semantic-similarity baselines and matches transductive methods, while staying general. 4/5

[Robert Hoehndorf @leechuck]

#ESWC2026 paper 3/3 — Robust KG Embedding via Denoising: unified robustness framework treating KGE scoring as energy-based, exploiting the denoising / score-matching link. Adds certified robustness metrics via randomized smoothing. Code: https://t.co/g4KIldMA0v

[Robert Hoehndorf @leechuck]

#ESWC2026 paper 2/3 — GeometrE: fully geometric multi-hop reasoning on KGs. Every logical operator maps to a pure geometric transform in latent space. Plus a transitive loss preserving r(a,b) ∧ r(b,c) → r(a,c). https://t.co/ARICHeTxb6

[Robert Hoehndorf @leechuck]

3 papers from our group accepted at #ESWC2026 in Dubrovnik next week! Excited to present work on drug-safety knowledge graphs, geometric multi-hop reasoning over KGs, and robust KG embeddings via denoising. See you in Dubrovnik!

[Robert Hoehndorf @leechuck]

SIDEKICK: a knowledge graph of drug indications, contraindications & adverse reactions from 50K+ FDA labels via LLM + Graph-RAG, mapped to HPO/MONDO/RxNorm. Beats SIDER & OnSIDES on side-effect-based drug repurposing. At #ESWC2026, Dubrovnik. https://t.co/mxsg3e2AFI

[Robert Hoehndorf @leechuck]

@KAUST_News @CBRC_KAUST

[المحنّا- Faten Dhawi @F_D_Almutiri]

#الجينوم #السعودي
حققت جامعة الملك عبدالله للعلوم والتقنية (كاوست) إنجازًا علميًا وطنيًا مميزًا من خلال إنتاج أول جينوم سعودي مرجعي عالي الجودة باسم KSA001 و يتميز هذا الجينوم بكونه متاحًا وفق معايير FAIR العالمية التي تضمن سهولة البحث عنه، توفره، قابليته للتشغيل المتبادل، وإعادة استخدامه، مما يعزز التعاون العلمي على المستوى الدولي.
ويُضاف هذا الجينوم إلى قائمة المشاريع الجينومية الوطنية في المنطقة، حيث يمثل المملكة العربية السعودية بجانب مشروع الجينوم القطري الذي أُطلق عام 2013 ومشروع الجينوم الإماراتي الذي بدأ عام 2021، ما يجعل هذه الدول نموذجًا للريادة في تمثيل الجزيرة العربية والشرق الأوسط في الأبحاث الجينومية.
مشروع الجينوم السعودي، اعتمد على بيانات جينية لمتبرعة سعودية من أصول قبلية وافقت على مشاركة بياناتها لدعم البحث العلمي، يمثل نقلة نوعية في علم الجينوم. استخدم الباحثون ثلاث تقنيات متقدمة للتسلسل الجيني، جمعت بين قراءات طويلة وقصيرة، لإنتاج تسلسل دقيق وشامل. بدأ المشروع بإنشاء تسلسل de novo من البداية، ثم تم تحسينه باستخدام الجينوم المرجعي العالمي CHM13، ليصبح أكثر دقة.
يسهم مشروع الجينوم الوطني، في تمثيل التنوع الجيني لمنطقة الشرق الأوسط والجزيرة العربية، التي تتميز بتركيبة جينية فريدة نتيجة العوامل السكانية والتاريخية. و محليًا، يساهم الجينوم السعودي في دراسة الأمراض الوراثية الشائعة، وتطوير برامج صحية تركز على التشخيص المبكر والوقاية. كما أنه يدعم المملكة في أن تصبح مركزًا بحثيًا عالميًا من خلال سد الفجوة في تمثيل البيانات الجينية للمنطقة، مما يعزز التعاون البحثي الدولي.
كما يمكن للجينوم المحلي أن يقدم رؤى حول تاريخ وهجرات السكان ، حيث تتمتع شبه الجزيرة العربية بأهمية تاريخية، ويساعد تسلسل جينومها في تتبع التطور البشري والهجرات في منطقة الشرق الأوسط.
علاوة على ذلك، يفتح هذا الإنجاز الباب أمام دراسات ارتباط الجينوم (GWAS) لتحديد الجينات المسؤولة عن الأمراض المنتشرة بين السكان السعوديين، مما يُحدث تحولًا كبيرًا في قطاع الرعاية الصحية من خلال التركيز على الوقاية والتنبؤ المبكر بالأمراض. كما يعزز المشروع من قدرات العلماء المحليين، ويوفر فرصًا لتدريبهم على أحدث تقنيات الجينوميات، ويضع الأساس لبنية تحتية علمية مستدامة تدعم الأبحاث المستقبلية.
هذا الإنجاز من الفريق البحثي بقيادة الدكتورة ملاك عابد الثقفي والبروفيسور روبرت هوهندورف ، يمثل علامة فارقة في إثراء الفهم العالمي للتنوع البشري، مما يجعل منطقة الجزيرة العربية لاعبًا رئيسيًا في تطور علم الجينوم عالميًا.
https://t.co/V2HbaWJZVE

[Robert Hoehndorf @leechuck]

🧬 Proud to share our new paper! A complete genome assembly from Saudi Arabia (KSA001), freely available to all. Special shoutout to @coolmaksat for leading the bioinformatics. Also hard work to get this IRB-approved https://t.co/zlIIiTBp9n

[Robert Hoehndorf @leechuck]

2nd day of #NeSy2024 is about to start, with a session on neurosymbolic languages. Will be great to see how this work can contribute to reproducibility of NeSy research and experiments.

[Robert Hoehndorf @leechuck]

@CPesquita How do you determine whether a prediction is (scientifically) interesting? Is it just novelty, or is there a role for causality? #NeSy2024

[Robert Hoehndorf @leechuck]

Ontologies model a consensus, not reality. (@CPesquita at #NeSy2024)

[Robert Hoehndorf @leechuck]

Billions of statements in biological knowledge graphs! Millions of nodes, billions of triples.
Neurosymbolic methods are not yet ready to handle this data. (From @CPesquita's keynote at #NeSy2024)

[Robert Hoehndorf @leechuck]

"Size matters" --- knowledge graphs and ontologies in life sciences are possibly larger than in any other field; they are a formidable challenge for any AI method, symbolic or neural #nesy2024

[Robert Hoehndorf @leechuck]

At the #nesy2024 keynote today, @CPesquita highlights how medical and biological research was one main driver in the developments in logic and AI throughout history - in the words of Galen, "That the best doctor is also a philosopher" #nesy2024

[Robert Hoehndorf @leechuck]

What can life sciences do for neuro-symbolic AI? Excited for the #bioinformatics-related keynote by @CPesquita at #NeSy2024 - starting soon!

[Robert Hoehndorf @leechuck]

Happy to be at #NeSy2024 in Barcelona, just opened by @ejimenez_ruiz. First session on #XAI just starting.

[Jiaoyan Chen @ChenJiaoyan1]

We recently wrote a survey on #ontology #embedding. Great contributions from @leechuck Olga and Fernando from @CBRC_KAUST , @lawhy_AI and Ian Horrocks. #knowledgegraphs #survey #KnowledgeRepresentation. With methods, applications and system (mOWL).

https://t.co/yNrKJXrAeN