Miguel Carmena

[Jochem Nelen @NelenJochem]

Excited to share my first-authored publication in
@jcheminf!

We investigated whether matched compound data can help reduce noise in chemical datasets.

Dive into the details here: https://t.co/knBuPJTVOg

#Cheminformatics #ChEMBL #DataCuration #OpenAccess

[Vicerrectorado de Investigación UCAM @UCAM_Investiga]

🎓🔬 Felicitamos a Miguel Carmena Bargueño por la defensa de su tesis doctoral, que aplica técnicas informáticas de dinámica molecular y machine learning al descubrimiento de fármacos. Su trabajo explora nuevas estrategias para identificar compuestos terapéuticos de forma más eficiente.

[Biology+AI Daily @BiologyAIDaily]

TOLEDO: enhancing Maestro GUI for non-expert users to perform massive MD simulations

1. This study introduces TOLEDO, a protocol that enables simultaneous, high-throughput MD simulations for ligand-protein interactions using Desmond on HPC clusters, overcoming the traditional GUI-based limitations in Maestro.

2. TOLEDO allows users to run multiple MD simulations in parallel, bypassing the usual constraints of individual MD setups, which are typically restricted to a single short simulation (<1000 ns) at a time via GUI.

3. The tool is designed for scalability, with the only real limitation being storage space, making it ideal for extensive exploration of large ligand libraries against specific protein targets.

4. TOLEDO workflow starts with the preparation of protein-ligand complexes in Maestro, followed by automated, simultaneous MD simulations across an HPC cluster, offering significant efficiency gains in MD throughput.

5. By leveraging TOLEDO, researchers can easily interpret dynamic interaction data from multiple ligand-protein systems, facilitating quicker insights in drug discovery and protein-target analysis.

6. This protocol extends MD capabilities to non-experts and experts alike, providing detailed reports and visualizations automatically, thus supporting decision-making in pharmaceutical research.

💻Code: https://t.co/QGiQJo3hJq
📜Paper: https://t.co/ALTcny3lnm

#MolecularDynamics #DrugDiscovery #HPC #Desmond #ProteinLigand

[Esther Berrocoso Lab @Berrocoso_Lab]

Estamos de ANIVERSARIO 🥳🎂@Berrocoso_lab @CIBER_SAM se une a la celebración de 🔟 años de ciencia y colaboración con @CIBER_ISCIII 🎉 Gracias por impulsar una ciencia de calidad y lograr tantos éxitos juntos, ¡a por muchos más! 💙 #10añosCIBER
@univcadiz @INiBICA_IIS @CIBER_SAM

[Pedro @pedro_garridor]

Our latest paper is out! “Analysis of AlphaFold and molecular dynamics structure predictions of mutations in serpins” https://t.co/nTybHDAraU

[Vicerrectorado de Investigación UCAM @UCAM_Investiga]

🗣️⏲️Hoy @HitechUCAM acoge la semifinal del concurso divulgador 'Mi Tesis en 3 minutos'. Los 12 doctorandos semifinalista exponen, en 180 segundos, la temática de sus tesis para llegar a la final que tendrá lugar el 21 de junio durante las X Jornadas de Investigación y Doctorado @UCAM

[Vicerrectorado de Investigación UCAM @UCAM_Investiga]

🏆Ya conocemos los finalistas del concurso 'Mi Tesis en 3 minutos' @UCAM

🔹Marta Gandía Sabater
🔸Gonzalo Balsalobre Muñoz
🔹Yasmina Carrascal Orozco
🔸Miguel Carmena Barguñeño

➡️Muchas gracias a todos los participantes y enhorabuena a los finalistas.

[Jochem Nelen @NelenJochem]

Excited to share my first-authored publication in JCIM! Discover how our ESSENCE-Dock method can boost hit rates in virtual screening. Dive into the details here:: https://t.co/60N7EpVakN
#FirstPublication #JCIM #ESSENCEDock #UCAM #BIOHPC

[Miguel Carmena @miguel_cb96]

nerdlegame 19 3/6

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[Hobby Consolas @hobby_consolas]

¿Volverá Futurama? Una estrella de la serie afirma que hay bastante consenso para que la Planet Express vuelva a despegar. https://t.co/VTJbotcHoN

[- Maeva 🌟 @maeva__greg]

Me estoy planteando muy fuerte hacerme palomitas mientras hago el TFG para amenizar un poco la cosa

[Miguel Carmena @miguel_cb96]

@maeva__greg Sabes que de esa serie puedo hablar horas y necesito que os pongáis al dia para comentar momentos y sobre todo teorías locas sobre lo que va a pasar

[- Maeva 🌟 @maeva__greg]

@miguel_cb96 tiene el cielo ganado por escuchar mis audios eternos hablando de Sobrenatural

[medio-felina @roci_p_m]

Y más cuando la comunicación (de forma global) se basa en decir que "tenemos muchas PCR" o "hay PCR suficientes"

[- Maeva 🌟 @maeva__greg]

La gente antes me decía "ay qué bien, que ya no te queda nada para acabar la carrera, solo unos meses"
Pues toma pandemia

[Miguel Carmena @miguel_cb96]

@Alex_torrillas @mariapinedamo @ire_tf @CheyenneBM_ @SrLobo23 @VictorMV97 @Carlos97Perez @Alex_GarciaCNH9 @irelolen @elhijo_lanamari @sergiohll99 @Alvaro_Drummer @JaimeLoga97 @Santi_Mezcua @Mayorga7777 @PatriMtnezSoria @RRayamana @HCeretto @martalt96 @DiegoMartinAlbo @laugomez9_ @Carlos_suitup @WhoKnowsVR @Squirrels_day @Patri20796 @HinojosaEme @IVPAY @15_phoenix @chavi1996 @roci_p_m Nomino a @SonsolesDvila, @carmenrs99 ,@Meilwe ,@diegobm94

[- Maeva 🌟 @maeva__greg]

Qué bonitas fueron la noche del viernes y la mañana del sábado 💜

[Iván 🧬 @IVPAY]

Últimamente han aparecido varias noticias acerca de la terapia CAR-T en España y de cómo está revolucionando el mundo de la lucha contra el cáncer, pero ¿en qué consiste esta terapia?
Abro #hilo gráfico

[Miguel Carmena @miguel_cb96]

@roci_p_m Además las autoescuelas no pueden (o antes al menos no podían) subir al casco.... Ergo sacarte el carnet es bastante más fácil que en Madrid...

[Alex 👨🏼‍💻🔬 @TargaryenAGR]

Hoy es el día mundial de las enfermedades inflamatorias intestinales como la enfermedad de Crohn. Tienen poca visibilidad debido a su baja prevalencia, siendo uno de los motivos por los que no se financia su investigación. Se agradece difusión. @ACCU_Espana @geteccu Abro hilo: