@lilithobrien_ He yarram panelden 2dkda ulaşılan bilgilerini de yazayım da 6698 ile uğraşayım dimi :D ben sözümü verdim tutarım kalanı babanla halledersin
The seventh session of BIOINFOCONGRESS VIII is now available.
Asst. Prof. H. Atakan Ekiz’s talk titled “Examining Cancer Gene Expression with Visual Data Analysis Tools” along with the Q&A session is now on the Bioinforange YouTube channel.
Bring your scientific curiosity and your headphones.
YouTube: Bioinforange
#bioinforange #bioinfocongressviii #cancergenomics #geneexpression #visualdataanalysis
🦠 Yapay zekâ, bakterilerin bilinmeyen savunma sistemlerini ortaya çıkarabilir mi?
Bakteriler, kendilerini enfekte eden bakteriyofajlara karşı oldukça gelişmiş savunma mekanizmalarına sahiptir. CRISPR-Cas gibi devrim niteliğindeki biyoteknolojik araçlar da bu doğal bağışıklık sistemlerinden doğmuştur. Araştırmacılar, henüz keşfedilmemiş antifaj savunma sistemlerini tespit edebilmek için yapay zekâ destekli yeni bir yaklaşım geliştirdi.
🔬 Araştırma Yaklaşımı:
• Protein dil modelleri kullanılarak DefensePredictor adlı bir makine öğrenmesi modeli geliştirildi.
• Yaklaşık 17.000 prokaryotik genom analiz edildi.
• Protein dizileri ve genomik özellikler birlikte değerlendirilerek olası savunma sistemleri tahmin edildi.
📊 Bulgular:
• Model, yeni savunma sistemlerini yüksek doğrulukla tespit etti.
• Deneysel doğrulama sonucunda çok sayıda antifaj sisteminin işlevsel olduğu gösterildi.
• Daha önce savunma mekanizmalarıyla ilişkilendirilmemiş yeni protein alanları keşfedildi.
• Sonuçlar, bakteriyel bağışıklık sistemlerinin düşünüldüğünden çok daha geniş bir çeşitliliğe sahip olduğunu ortaya koydu.
📖 Bakteriyel Bağışıklılığın Haritalanması: DefensePredictor ile Yeni Antifaj Proteinlerinin Tanımlanması ve diğer bilimsel haber yazılarımıza ulaşmak için web sitemizi ziyaret edebilirsiniz!
🔗:https://t.co/KcBe7gvveC
Yazar & Görsel Tasarım: Asmin Petekbaşı
Editör: Damla Özdemir
#microbiology #artificialintelligence #bacteriophage #bioinforange #biotechnology
🧬 @bioinfocomics, bilimsel araştırma kültürünü, akademik yaşamı ve yaşam bilimlerine ilişkin kavramları karikatürler aracılığıyla daha anlaşılır, erişilebilir ve ilgi çekici hale getirmeyi amaçlayan Bioinforange platform hesaplarından biridir.
Hesabımızda;
🔬 Yaşam bilimleri ve biyoteknoloji temalı karikatürler
🧪 Laboratuvar yaşamından kesitler
📚 Bilimsel süreçleri ve kavramları anlatan çizimler
🎓 Akademik dünyaya dair mizahi içerikler
yer almaktadır.
Bilimi görsel hikâye anlatımıyla deneyimlemek, bilimsel iletişimin yaratıcı yönünü keşfetmek ve yeni içeriklerimizden haberdar olmak için @bioinfocomics hesabını takip edebilirsiniz.
Her gönderide biraz bilim, biraz mizah. 🚀
#bioinfocomics #bioinforange #sciencecomics #sciencecommunication
Yazar sıralaması teknik bir detay değil, akademik adaletin ta kendisidir. Katkı vermeyenin ismini eklemek ya da gerçek emek sahiplerini gizlemek bilimsel güveni zedeler. Akademik yayın, yalnızca sonuçların değil, emeğin de adilce temsil edildiği yerdir.
#authorshipethics #academicintegrity #researchpublishing #science #bioinfoquotes
🦠 Diyetiniz, bağırsaklarınızdaki trilyonlarca mikrobu gerçekten şekillendiriyor mu?
Bağırsak mikrobiyomu; metabolizma, bağışıklık ve genel sağlığı etkiliyor. Peki beslenme alışkanlıklarımız mikrobiyomu nasıl değiştiriyor?
🔬 Araştırma Yaklaşımı: İnsan Fenotip Projesi’nden elde edilen verilerle 10.068 kişinin shotgun metagenomik mikrobiyom analizi ve detaylı diyet kayıtları incelendi.
Segev ve arkadaşları, diyet kalıplarının mikrobiyom üzerindeki etkisini modelledi ve bulgular bağımsız kohortlarda doğrulandı.
📊 Bulgular:
Ultra işlenmiş gıdalar mikrobiyal çeşitliliği azaltıyor.
Minimal işlenmiş gıdalar ve özellikle meyve tüketimi mikrobiyal zenginliği artırıyor.
Kahve ve yoğurt tüketimi belirli yararlı bakterilerle güçlü ilişki gösterdi.
Diyet değişiklikleri mikrobiyomda uzun süreli etkiler yaratabiliyor.
Küçük beslenme değişiklikleriyle mikrobiyom daha sağlıklı profile kaydırılabiliyor.
Bu çalışma, mikrobiyom temelli kişiselleştirilmiş beslenmenin kardiyometabolik sağlık için güçlü bir araç olabileceğini gösteriyor.
📙 Diyet–Mikrobiyom Etkileşiminin Haritalanması: Beslenme Kalıplarının Mikrobiyal Çeşitlilik ve Kardiyometabolik Sağlık Üzerindeki Etkileri ve diğer bilimsel içerikli yazılarımız için web sitemizi ziyaret edebilirsiniz!
🔗:https://t.co/bCkOdaU0ZI
Yazar: Damla Özdemir
Editör: Zeynep Naz Darbazoğlu
Görsel Tasarım: Zeynep Gülenç
#bioinforange #microbiome #personalizednutrition #nutrigenomics #guthealth
🧬 Bulk RNA-seq, bir dokudaki milyonlarca hücreden izole edilen RNA sinyallerini tek bir “havuz” içinde birleştirerek analiz eder. Bu yöntem, gen ekspresyon düzeylerini genel hatlarıyla anlamak ve sistemik değişimleri takip etmek için oldukça güçlüdür. 📊
🔍 Ancak burada kritik bir teknik sınır vardır: Ortalama alma etkisi. Bir doku aslında heterojen bir yapıya sahiptir; yani birbirinden farklı hücre tiplerinden oluşur ve her hücre kendi gen setini farklı düzeylerde eksprese eder. Fakat bulk analizde bu hücresel çeşitlilik görünmez hale gelir ve tüm sinyal tek bir aritmetik ortalamaya indirgenir.
⚖️ Bu durumda genellikle baskın hücre tipleri veriyi domine ederken; sayıca az ancak biyolojik açıdan kritik role sahip nadir hücre popülasyonları "maskelenebilir" ve sinyalleri gölgede kalabilir.
⚡ Üstelik hücreler statik yapılar değildir; hücre döngüsü fazları, çevresel uyaranlar ve stokastik (rastlantısal) süreçler nedeniyle gen ekspresyonu sürekli bir devinim içindedir. Bulk RNA-seq, bu dinamik yapıyı ve hücreler arası varyasyonu yakalayamaz. Sonuçta elimizde, dinamik bir sürecin yalnızca belirli bir zaman dilimine ait "statik ve ortalama bir görüntüsü" kalır.
🧠 Özetle bulk RNA-seq; dokular arası karşılaştırmalar, biyobelirteç keşfi ve genel biyolojik eğilimleri anlamak için altın standarttır; ancak hücresel heterojenliği ve ince moleküler dinamikleri maskeleme riski taşır.
📝 “Bulk RNA-seq: Dokunun Transkripsiyonel Özeti” hakkında bir #bioinfonotes paylaşılmıştır.
✍️ Hazırlayan: Fati Candan Serin
🔍 Editör: İlke Ekin Akçalık
#rnaseq #bulkrnaseq #genetics #bioinformatics