Masahiro Nakajima

Exploring novel carbohydrate-active enzymes and structures.

Founder of GH144, 162, 186, 189, 192, 193, 194, clan GH-S

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

My families in CAZypedia
https://t.co/38IAjoHeAO
GH144 https://t.co/MrnqR01o93
GH162 https://t.co/VIGM74ALAz
GH186 https://t.co/kvkwfB0i3D
GH189 https://t.co/zzqAgJB8bl
GH192 https://t.co/Rs0mQOH4eo
GH193 https://t.co/2MaEj3wxDz
GH194 https://t.co/aCilgg4SPf

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

carbohydrate-binding module(CBM) の新規ファミリーは最近たくさん報告されてますね。今年度になってCBM108-111がまとめて、と最近CBM112と113が個別のグルーブで。

[Akimasa Miyanaga @miyaaki1978]

第26回日本蛋白質科学会年会のプログラムが公開されていました。
https://t.co/RuBgl0fNkd

6/17(水)のワークショップにて、千菅先生が講演します。
WS7-4 [16:30]
「祖先タンパク質を活用したマルチドメインタンパク質の構造解析法」
◯千菅太一、中野祥吾、伊藤創平、宮永顕正

[日本応用糖質科学会 @JSocApplGlyco]

糖質面白話
「サツマイモ澱粉のお話」
https://t.co/Belq7kZ4M9

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

これのように20近い重合度の環状糖の構造が丸々観察できている例はなかなか無いんじゃないかな。
https://t.co/fHaFkhAMVS

[日本の研究.comニュース @rjp_news]

【注目プレスリリース】環状糖と結合する新たな輸送タンパク質を発見 ～環状β-1,2-グルカンに適したユニークな基質認識の解明～ / 東京理科大学 https://t.co/Tdi2poZdxz

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

@rjp_news すでに論文は公開されているので少し遅れてですが。

[日本の研究.comニュース @rjp_news]

【注目プレスリリース】環状糖と結合する新たな輸送タンパク質を発見 ～環状β-1,2-グルカンに適したユニークな基質認識の解明～ / 東京理科大学 https://t.co/Tdi2poZdxz

[Benetton @benenen12345]

クライオ電子顕微鏡による小さいタンパク質の構造解析

構造決定可能な分子量の下限近く、またはそれを下回ると考えられてきた40.8kDaのMBPと31.6kDaのPLK1を、通常の解析フロー通りに進めて構造を決定できた
特にMBPの構造では水分子やリガンドの位置まで決定できた #BNTNJC
https://t.co/WJz2mOvFHv

[皇室ラベンダー＠皇室情報 @laveder_deeply]

秋篠宮ご夫妻は24日、東京都葛飾区の東京理科大葛飾キャンパスで開かれた第37回全国「みどりの愛護」のつどいに出席された。
式典で秋篠宮さまは「緑の手入れを行うことが交流の場となり、人と人をつないでいく一面も持ち合わせています」とおことばを述べた。
https://t.co/JJptBSiiRm

[日本の研究.comニュース @rjp_news]

【注目プレスリリース】DNA－ペプチド複合型ナノポアの創出と一分子センシングの実証に成功 / 東京農工大学,京都大学,東京科学大学,科学技術振興機構 https://t.co/ohCnPS4yjL

[AB @iga_2012]

De Novoでケトリダクターゼを創出。しかも残基数はたったの130。日本もこういう分野で強みを発揮したいが、相当出遅れている印象
https://t.co/AT5T6aCBGT

[russianblue @russianblue2009]

金は錆びない。これは常識ですが、その「なぜ」が原子レベルで初めて解明されました。

チューレーン大学の研究チームが今月、Physical Review Lettersに発表した論文によると、金の表面は自然に「六方形の超緻密な配列」へと自己変換します。この配列が、酸素分子が金に触れた際に分解・結合することを物理的に妨げています。配列が崩れると、酸素の解離が数十億〜数兆倍も起きやすくなることも確認されました。

1980年代、金のナノ粒子が優れた酸化触媒になることが発見され、研究者たちは長年「なぜ小さくなると活性化するのか」を問い続けてきました。今回の研究はその逆側から答えています。バルク状の金が不活性なのは、表面が自ら「守りの形」に変形しているからです。ナノ粒子ではその変形が起きにくく、酸素が入り込める隙が生まれます。

貴金属の「不活性」は固有の性質ではなく、表面形状が生み出す動的な状態だということです。この原理を応用すれば、燃料電池・医療用触媒・環境浄化技術において、金の「活性と不活性を意図的に切り替える」設計が視野に入ります。

素材の本質は、組成より形状にある。そういう知見です。

Gold doesn't rust. We've known that forever. What we didn't know was exactly why — until now.

A team at Tulane University published findings this month in Physical Review Letters showing that gold surfaces spontaneously reorganize into a tightly packed hexagonal structure. That atomic arrangement physically blocks oxygen molecules from splitting apart and bonding with the surface. When the structure breaks down, oxygen dissociation becomes billions to trillions of times more likely.

This fills in a gap that's been open since the 1980s. Back then, researchers discovered that gold nanoparticles — unlike bulk gold — are surprisingly effective catalysts for oxidation reactions. The standing question was why. This research answers it from the opposite direction: bulk gold is inert because its surface actively defends itself. Nanoparticles don't reconstruct the same way, so oxygen finds a way in.

The implication is more than academic. If the activity of a gold surface is governed by atomic geometry rather than chemical composition, then engineering that geometry — turning reactivity on or off — becomes a concrete design target. Fuel cells, medical diagnostics, and environmental catalysts all stand to benefit.

Inertness, it turns out, isn't a fixed property. It's a posture.

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

Our study on finding of a novel Cyclic β-1,2-glucan Binding Protein of ABC transporter is now available.
https://t.co/9QQxy63FLo
#glycotime #cazymes

[iPS細胞研究所 @CiRA_KU_J]

山中伸弥教授らによる最新成果📢
翻訳因子NAT1（別名eIF4G2）が、腸管幹細胞のアイデンティティ維持に不可欠であることを解明しました。この因子を失うと腸の細胞が胎児のような状態へ逆戻り。翻訳制御とエピゲノムの意外な連携が見られました。
https://t.co/XrSsgjDVW6
#iPS細胞 #再生医療 #幹細胞

[Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1]

一昨年ノーベル化学賞を受賞した、RosettaFoldなどで新規機能タンパク質の設計を頑張っているDavid Bakerによる「de novoタンパク質設計の過去、現在、未来」というタイトルの総説。Nature。
https://t.co/Xg1BOhJpYb

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

European Glycoscience Communityでの私の発表の動画がアップロードされました。特に後半では最近のGH186ファミリーの発見とアノマー反転型糖転移酵素の構造的証明について紹介しています。

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

My presentation at the European Glycoscience Community has been uploaded. Particularly in the latter half, I introduce the recent discovery of the GH186 family and the structural evidence of anomeric-inverting transglycosylase.

https://t.co/g1bR8c4Md9

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

JBC 大沼先生
MoChia1 is a GH18 Reducing-End GlcNAc–Releasing Chitin Oligosaccharide Hydrolase from the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae

GH18のexo型は通常non-reducing endからだが、これはreducing endから切断する珍しいタイプ

https://t.co/S3e2UNVauh

[Masahiro Nakajima @zlatflute]

@sugargroove 半年は会員のみになりますが、お知らせさせていただきました。

[Shinya Fushinobu @sugargroove]

β-1,2-グルカン関連酵素の探索からみえてきた糖質関連酵素の新たな多様性
中島 将博，元内 省
生化学 98(2): 296-301 (2026)
https://t.co/PNVNwdbN5i

[日本応用糖質科学会 @JSocApplGlyco]

糖質面白話
「糖転移酵素と花の色」
https://t.co/JyfJz9W2Rl