バイオインフォマティクス実践ラボ

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[バイオインフォマティクス実践ラボ @BioinfoLab]

【シングルセル解析部門人気記事第1位】
scRNA-seq解析において、複数データセットの統合は重要なステップです。Seuratの「merge」と「IntegrateData」の違いと、適切な使い分けについて解説します。

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シングルセル解析の定番ツールであるSeuratを用いた、複数データセットの統合手順を紹介します。単純な結合であるmergeと、バッチ効果を補正するIntegrateDataの機能的な違いを理解し、解析の精度向上にご活用ください。
※2023年1月〜2025年12月の弊社サイトPV数に基づくランキング（自社調べ）
#シングルセル解析 #Seurat #データ解析 #バイオインフォマティクス #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第2位】
シングルセル解析における細胞クラスター間の発現変動遺伝子の可視化に不可欠な「Volcano plot」。Seuratの出力結果を利用した、美しいグラフの描画手法を解説します。

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論文や学会発表の図表作成に有用なVolcano plot。本記事では、SeuratのFindMarkers関数で同定されたデータを用いて、直感的に発現変動を表現するためのRスクリプトの実装方法を解説します。
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#シングルセル解析 #Seurat #データ可視化 #R言語 #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第3位】
Seuratオブジェクト内に格納された多様なデータから、必要な情報だけを的確に抽出する方法をご存知ですか。raw countや正規化データを選んで呼び出す実践的なコマンド操作を解説します。

https://t.co/zTSwLZJWlR

シングルセル解析において、目的に応じて元データ（raw count）や正規化済みのデータを使い分けることは重要です。本記事では、Seuratオブジェクトの複雑な構造から、目的のデータを柔軟に抽出する手法を紹介します。
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#シングルセル解析 #Seurat #データ抽出 #バイオインフォマティクス #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第4位】
急速に発展するSingle Cell RNA-seq解析。本記事では、サンプル調製からデータ取得に至るまで、現在広く使用されている主要なプロトコルの概要と特徴をご紹介します。

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目的に応じた最適な実験プロトコルの選択は、良質なデータ取得の鍵となります。本記事では、scRNA-seq解析における代表的なプロトコルを比較し、それぞれの技術的背景や適した研究用途について解説します。
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#scRNAseq #シングルセル解析 #実験プロトコル #バイオインフォマティクス #技術ブログ

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専門用語や解析手法の概要
理解に迷いがでやすい箇所を解説します

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【シングルセル解析部門人気記事第5位】
解析結果の可視化において、プロットの配色は解釈のしやすさに直結します。SeuratやMonocleで使用されるデフォルトの配色を調べ、自在にカスタマイズするための手法を解説します。

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論文掲載用の図表において、細胞クラスターや擬似時間（Pseudotime）の色分けを統一することは重要です。本記事では、主要パッケージのカラーパレット情報を取得し、視覚的に優れたプロットを作成するためのノウハウを提供します。
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#シングルセル解析 #Seurat #Monocle #データ可視化 #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第6位】
トランスクリプトームと細胞表面タンパク質を同時に定量する技術「CITE-seq」。本記事では、マルチオミクス解析のCITE-seqの概要と関連ツールをご紹介します。

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New York Genome CenterとSatija labの共同研究により開発されたCITE-seq（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing）。遺伝子発現と表面抗原情報を統合して解析する強力な手法について解説します。
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#CITEseq #シングルセル解析 #マルチオミクス #Seurat #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第7位】
がん研究などにおいて、単一細胞レベルでのゲノム異常の把握が求められています。scRNA-Seqの発現プロファイルから、細胞ごとのコピー数変異（CNV）を予測する手法をご紹介します。

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通常はDNAから解析するコピー数変異を、シングルセルRNA-Seqデータから推測する「inferCNV」などの解析アプローチを解説します。
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#scRNAseq #CNV解析 #がんゲノム #シングルセル解析 #技術ブログ

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BI実践ラボ｜アメリエフ技術ブログに新規記事を投稿しました。

【BI入門⑨】RNA-seqデータ解析：発現変動遺伝子とエンリッチメント解析

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RNA-seqデータ解析の最終回として、これまでの解析結果から生物学的な意味合いを深く掘り下げる「応用解析」に焦点を当てます。
論文の公開データを使って、
・二群間比較解析：発現変動遺伝子（DEG）を同定、可視化
・Gene Ontology (GO) 解析：発現変動の生物学的意義を明らかに
・Reactome Pathway解析：発現変動遺伝子が関与するパスウェイを特定し、より詳細な生物学的機能を解釈
するまでの実践的な解析手法を解説します。

#RNAseq #バイオインフォマティクス入門 #新規記事 #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第8位】
特定の細胞集団における複数遺伝子の共発現を確認したいことはありませんか。Seuratを用いて、2つのマーカー遺伝子の発現を重ねて美しくプロットする描画テクニックを解説します。

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細胞種を特定する際、複数のマーカーが同時に発現している細胞を視覚的に捉えることは非常に有効です。本記事では、SeuratのFeaturePlot関数に「blend=TRUE」オプションを追加し、2つの遺伝子発現を重ねて可視化する手法を紹介します。
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#Seurat #シングルセル解析 #データ可視化 #R言語 #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第9位】
「シングルセルの公開データを使って解析したいが、読み込み方が分からない」という悩みを解決！よく見られるデータ形式と、Seuratへの読み込み方法を3パターンご紹介します。

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GEO等で公開されている貴重なシングルセルRNA-seqデータセット。本記事では、10x Genomicsの出力形式（Matrix Market形式）やHDF5形式など、多様なフォーマットのデータをSeuratオブジェクトとしてR環境に適切にインポートする実践的な手順を解説しています。
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#Seurat #シングルセル解析 #データ解析 #バイオインフォマティクス #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気記事第10位】
サンプル間の細胞構成の違いを比較する際、積み上げ棒グラフは直感的で強力なツールです。各クラスターやサンプルの細胞割合を計算し、美しく可視化する手法を解説します。

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疾患群と健常群での細胞割合の変化などを明確に示すためのRスクリプト。本記事では、Seuratオブジェクトからメタデータを抽出し、Seuratが出力するグラフに似た洗練されたデザインの積み上げ棒グラフを描画する具体的な手順を紹介します。
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【シングルセル解析部門人気記事第11位】
複数のサンプルや条件間で、共通して細胞集団を特徴づけるマーカー遺伝子を同定したい場合に有用な解析アプローチをご紹介。再現性の高いマーカー探索をサポートします。

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FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について解説します。
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【シングルセル解析部門人気記事第12位】
最適なクラスタリング解像度（Resolution）の決定に悩んでいませんか。Rパッケージ「clustree」を用いて、細胞クラスターの分岐過程を樹形図として可視化する手法を解説します。

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解像度パラメータを変更した際、細胞がどのクラスターに分かれていくのかを視覚的に追跡できるclustree。シングルセルデータの特徴の理解にお役立てください。
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#シングルセル解析 #clustree #データ可視化 #クラスタリング #技術ブログ

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【シングルセル解析部門人気動画第1位】
次元削減から擬似系譜解析まで、シングルセルRNA-seq解析の全体像を学べるデータ解析講座です。各クラスターの高発現遺伝子の同定や可視化など、実践的スキルの習得に最適です。

https://t.co/SPgT49QB6Z

本動画では、次元削減やクラスタリングの基礎から始まり、マーカー遺伝子の発現可視化、Seuratによるデータ統合、さらには擬似系譜解析やRNA Velocity解析を用いたサンプル間比較に至るまで、高度な解析手法を網羅的に解説しています。
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#シングルセル解析 #RNAseq #データ統合 #バイオインフォマティクス #解説動画

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【シングルセル解析部門人気動画第2位】
シングルセルRNA-seqデータを用いたサンプル間の統合解析と、細胞の分化過程を追跡する擬似系譜解析の具体的なアプローチを解説する動画講座です。

https://t.co/KYyVtTDHfm

細胞集団の多様性や分化の軌跡を明らかにするための実践的な解析手法を紹介します。バッチエフェクトの補正を含む複数サンプルの統合から、擬似系譜解析の解釈まで、複雑なデータを読み解くためのノウハウをご提供します。（※詳細な講義内容はリンク先より動画をご視聴ください。）
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【シングルセル解析部門人気動画第3位】
Jupyter Notebookを活用し、シングルセルRNA-seq解析環境の整備からSeuratを用いた解析の自動化までを実践的に学べる講義動画です。

https://t.co/AyxmcTwRwJ

解析の再現性向上と効率化に不可欠なJupyterの基本操作をはじめ、RパッケージSeuratを用いた具体的なシングルセルRNA-seq解析のワークフロー構築手法を解説します。データ解析の自動化・効率化を目指す研究者におすすめです。
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#Jupyter #シングルセル解析 #Seurat #自動化 #解説動画

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【シングルセル解析部門人気動画第4位】
免疫細胞の多様性を解明するシングルセルレベルでのレパトア解析について、実験の注意点からバイオインフォマティクス解析の手順までを専門家が解説します。

https://t.co/iNVBSGfwyy

シングルセルレパトア解析におけるバイオインフォマティクス解析の具体的な手順や、精度を高めるための注意点について、実例を交えて詳しく解説しています。
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#シングルセル解析 #レパトア解析 #免疫学 #バイオインフォマティクス #解説動画

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【シングルセル解析部門人気動画第5位】
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織などから高感度に遺伝子発現を捉える「シングルセル遺伝子発現Flex」の活用法と、多サンプル解析事例を紹介します。

https://t.co/lCDTXvOeNi

多サンプルのシングルセル解析データを用いた解析事例のご紹介や、データ解析のアプローチについて解説した実践的なセミナー動画です。最新のFlex技術を研究に取り入れたい方必見です。
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本セミナーでは空間的遺伝子発現解析技術Trekkerを中心に、同一サンプルでの複数の空間解析プラットフォームによる解析結果を比較することで、その特性を明らかにし、創薬マーカーの探索につながる解析アプローチの一端をご提案します。

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