バイオインフォマティクス実践ラボ

NGS解析・バイオインフォマティクスの「その悩み」を解決するヒントを発信。RNA-seq・シングルセルRNA-seq解析の実践Tips、受託解析の現場知見、勉強会・セミナー情報まで。研究・解析の効率化に役立つ情報を毎日更新。
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[バイオインフォマティクス実践ラボ @BioinfoLab]

Xeniumデータを LoadXenium() で読み込んだあと、「このオブジェクト、本当に正しく作れているんだろうか」と不安になったことはありませんか。
dim() や slotNames() で構造を確認するだけで、遺伝子数・細胞数・座標データの有無まで一目で分かります。
#Xenium #Seurat

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大規模なNGS解析をコンテナ環境で繰り返すと、不要な中間イメージやボリューム、コンテナのキャ���シュが蓄積し、PCのパフォーマンス低下を招きます。本記事では、Dockerのシステムクリーンアップ（system prune）コマンドの適切な実行に加え、Windows側からWSL2の仮想ハードディスク（ext4.vhdx）を安全に縮小・最適化する具体的なコマンド操作手順を解説します。 https://t.co/hqgHTar8ao
※2026年1月〜6月の弊社サイトPV数に基づくランキング（自社調べ）

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＼2026年上半期人気記事ランキング1位！🏆／
WSL2やDockerを使用中、「Cドライブの容量が突然不足する」問題に直面していませんか？データ蓄積による仮想ディスク（VHDX）の自動肥大化を防ぎ、ストレージを劇的に解放する実践的アプローチをご紹介。
#WSL2 #Docker #ディスク解放 #環境構築 #技術ブログ

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公開データ（ヒト皮膚組織）を例に、読み込みからオブジェクト構造確認までの手順を解説しています
→https://t.co/ZcnOZ9ZJw8

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Xeniumデータを LoadXenium() で読み込んだあと、「このオブジェクト、本当に正しく作れているんだろうか」と不安になったことはありませんか。
dim() や slotNames() で構造を確認するだけで、遺伝子数・細胞数・座標データの有無まで一目で分かります。
#Xenium #Seurat

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長時間のデータ処理において接続の安定��は不可欠です。クライアント側の設定ファイル（~/.ssh/config）に「ServerAliveInterval 60」等の数行を追記するだけで、一定間隔でパケットを自動送信して無操作切断を確実に防ぐことができます。ドライ解析作業の中断リスクを低減する快適な環境を構築しましょう。 https://t.co/zmqiwIxlTZ
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＼2026年上半期人気記事ランキング2位！✨／
「解析ジョブの実行中、無操作状態が続いたことでSSHセッションが突然切断されてしまった…」そんなトラブルを根本解決。サーバー側の設定に依存せず、ローカルPC側の簡単な設定変更のみで接続を安定維持する手法。
#SSH接続 #リモートワーク

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サーバー管理やデータ解析では、作業履歴の確実な保存が再現性の要となります。標準出力とファイルへの出力を並行して行う「tee」コマンドや、ターミナルセッション全体を丸ごと記録する「script」コマンドなど、実務ですぐに使える基本的なロギング手法の実装手順を実例を交えて詳述します。 https://t.co/Us6939oKBv
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＼2026年上半期人気記事ランキング3位！📊／
「あの時、どのようなパラメータでコマンドを実行したか」を正確に記録できていますか？解析プロセスの追跡や再現性の担保において重要な、ターミナルの入力履歴や実行結果を簡単かつ確実にファイル保存する必須スキル。
#Linux #コマンドライン

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GRCh37/hg19とGRCh38/hg38の選び方、配布元ごとの表記の見分け方と変換の要点はこちら→ https://t.co/LCzjhPUv2u

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「GRCh37でマッピングしたのにリード数が極端に少ない」
「変異のアノテーションが実際と違う」
——それ、リファレンスゲノムのバージョンや、配布元ごとの染色体表記（Ensemblの「1」とUCSCの「chr1」など）が食い違っているサインかもしれません。
この表記の違いに気づかないまま解析を進めると、深刻なエラーの原因になります。
#ゲノム解析 #リファレンスゲノム

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セキュリティと運用の両立はサーバー管理の重要課題です。一時的な特権コマンドの実行（sudo）と、ユーザーアカウントの完全な切り替え（su）の違いを、実務上のトラブル例とともに対比解説し、システムの安全性を損なわずに、日々のドライ解析環境を円滑に管理するベストプラクティスを提示します。 https://t.co/BRfxu0cGpM
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＼2026年上半期人気記事ランキング4位！🛡️／
「共有サーバーに共通ライブラリをインストールしたいが、管理者権限がない…」複数人でのサーバー共有時に頻発するrootパスワード問題を解決！【sudo】と【su】の機能的な差異を正しく理解し、安全な権限運用を���う。
#Linuxコマンド #sudo

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RのEnhancedVolcanoパッケージやggplot2を駆使。p値やFold Changeの閾値設定に応じた3色（Up/Down/Not significant）の的確な塗り分け、ggrepelパッケージを用いた遺伝子名ラベルの重なり回避、特定の重要ターゲット遺伝子のみをピンポイントで表示するデザイン設定の勘所を紹介します。 https://t.co/ZGCVfA3bL7
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＼2026年上半期人気記事ランキング5位！🎨／
ただ描画しただけでは論文や学会発表でデータが持ちつ真意が伝わりません。RNA-seq等の発現変動解析結果（DEG）を、伝えたいターゲット情報を際立たせつつ、論文レベルの美しい図表に仕上げるカスタマイズ手法を解説。
#VolcanoPlot #R言語

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enrichGOやgseGO関数を用いた実践ワークフローを詳述。得られたRunning Enrichment Scoreのグラフの正しい読み方から、結果の表現力を最大化するUpset plot、Ridge plot、GSEA plotの描画手順まで、結果を生物学的な示唆へ落とし込むためのプロフェッショナルな知見を丁寧に説明します。 https://t.co/aWjwAS6tyK
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＼2026年上半期人気記事ランキング6位！📈／
遺伝子発現変動に生物学的な意味を与える「エンリッチメント解析」。RのclusterProfilerを用いて、GSEAおよびORAを実際に実行し、得られた結果を正確に解釈するためのデータの読み解き方と可視化手法を解説。
#GSEA #clusterProfiler

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ワークスペース全体を保存する.RData形式、個別のオブジェクトを元のデータ構造のまま安全に保存・復元し再利用性が極めて高いsaveRDS()関数、そしてExcel等での検証や他ツールとの互換性に優れたCSV形式。それぞれの実務におけるメリット・デメリットを整理し、安全なデータハンドリングを支援します。 https://t.co/zy531qy8Yf
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＼2026年上半期人気記事ランキング7位！💾／
「何時間もかけて実行したRの計算結果、どうやって保存していますか？」データロスを防ぎ、共同研究での共有や下流解析へシームレスにつなぐために、Rでのオブジェクト保存における主要な3手法を徹底比較します。
#R言語 #データ管理

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[山口昌雄｜科学技術と経営をつなぐ｜アメリエフ代表 @chemi384]

https://t.co/FUkIOlTMVE

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染色体名、開始・終了位置の必須3カラムから、ストランド、スコア、ゲノムブラウザでの表示色（itemRgb）を定義する詳細なカラム仕様まで実例とともに整理。フォーマットの理解不足による下流ツールでの予期せぬパースエラーを未然に防ぎ、IGV等のゲノムブラウザを用いた効率的な可視化を実現します。 https://t.co/UMdAltceqM
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＼2026年上半期人気記事ランキング8位！ゲノム解析の基本🧬／
ChIP-seq、ATAC-seq、変異解析などで幅広く用い���れる、ゲノム領域情報を記述する標準形式「BED」。その基本カラムの構造から、IGVでの可視化を高度にカスタマイズするためのオプション設定までを網羅。
#ゲノム解析 #BEDフォーマット

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