Bogna Smug

Somewhere between being a microbiologist and mathematician. I model microbial interaction and look into big datasets of phage genomes

[Joanna Gąska @joanna_gaska]

Wzrasta liczba zgonów, wynikajaca z zakażenia bakteriami opornymi na antybiotyki. Jeżeli trend się utrzyma, za 30 lat śmiertelność może wynieść nawet 10mln. Dlatego naukowcy @JagiellonskiUni badają #bakteriofagi @RadioKrakow #Naturecommunications https://t.co/EAXZ9RGfja

[Bogna Smug @BognaSmug]

Big thanks to the co-authors (@monikaopalek, @DoWlochSalamon and Maks Nęcki) and multiple sponsors (NAWA, NCN, EMBO, UJ)

[Bogna Smug @BognaSmug]

Our new paper about how to calculate microbial lag phase duration is out.

https://t.co/G8aXQXle6M

Here we publish an R package and a web application that will help microbiologists to estimate the lag phase duration using multiple methods and data pre-processing techniques.

[Bogna Smug @BognaSmug]

As a result there was ni consensus on how to estimate the lag phase duration and the methods related to that procedure tend to be underreported in the literature.
Hope our new tools will help with that

[Bogna Smug @BognaSmug]

Big thanks to the co-authors (@monikaopalek @DoWlochSalamon and Maks Nęcki) and multiple sponsors (NAWA, NCN, EMBO, UJ)

[Bogna Smug @BognaSmug]

Although some mathematical approaches have been introduced in the last century, they often fail or cause technical problems when applied to experimental growth curve data which may be noisy or deviate from the theoretical shape.

[Uniwersytet Jagielloński @JagiellonskiUni]

[#JUmedia] W @RadioKrakow o intymnym życiu mikrobów oraz o wymianie materiału genetycznego, który przyczynia się do rozwoju oporności na antybiotyki. Gościem red. @PawelSoltysik była dr @BognaSmug z @MCB_UJ ⤵️

[Uniwersytet Jagielloński @JagiellonskiUni]

[#JUscientists] ❗️ Przełomowe badania zespołu pod kierunkiem dr. hab. @RafalMostowy z @MCB_UJ dot. wykorzystania bakteriofagów do walki z lekoopoornością ⤵️

🔗 https://t.co/g6b54CcDdV

📸 Bogna Smug

[Rafal Mostowy @RafalMostowy]

Our work on protein modularity in phages, led by @BognaSmug, is now out in @NatureComms! Huge thanks to Krzysztof Szczepaniak, @SDuninHorkawicz & @epcrocha for a great collaboration. Thank you @NAWAPoland, @EMBO and @NCN_PL for funding it!

https://t.co/lvHjyZdbXE

[Bogna Smug @BognaSmug]

Hey scientific community, does anyone know how to download a citation network between selected artciles (based on a list of doi) ? Are they any clever tools that can do that for me?

[Krzysztof Pyrc @k_pyrc]

Zawsze wspieram @NCN_PL jako instytucję, która zmieniła oblicze polskiej nauki i została stworzona na silnych i sensownych fundamentach. Ostatnie wypowiedzi dotyczące konieczności utrzymania współczynnika sukcesu są jednak kontrowersyjne. Ograniczenie maksymalnej kwoty projektów czy wynagrodzeń młodych naukowców co najwyżej sprawi, że spadnie jakość badań i kolejna grupa świetnie wykształconych osób po studiach wyjdzie z kraju.

Warto również zauważyć, że brak zwiększenia budżetu na naukę w obliczu galopującej inflacji przez @MEIN_GOV_PL prowadzi do kuriozalnych sytuacji, w których finansowanie narodowe staje się jałmużną, a po prawdziwe środki naukowcy muszą się udać do Komisji Europejskiej.

Jakość, nie ilość. Żeby nie okazało się za chwilę, że Państwo udaje że finansuje naukę, a naukowcy udają że ją robią.
https://t.co/jlL7vKLLNF

[Rafal Mostowy @RafalMostowy]

What are the main drivers of the observed diversity/ modularity? For RBPs and endolysins it's clearly the need to match their hosts (tropism), but for core replication proteins it's less clear. We argue that the likely candidate are phage defence systems (see our Discussion).

[Rafal Mostowy @RafalMostowy]

This work was done via hard work of @BognaSmug and @KrzysiekSzczep1, and possible thanks to our amazing collaborators @SDuninHorkawicz and @epcrocha and funding from @NAWAPoland, @NCN_PL and @EMBO. Thank you!

[Rafal Mostowy @RafalMostowy]

Which protein functions in phages are diversity, evolution (and modularity) hotspots? Our group has attempted to provide some answers to this question in our first preprint (finally!), led by the amazing @BognaSmug. See a 🧵.

[Bogna Smug @BognaSmug]

How to determine microbial lag phase duration? | bioRxiv Our New preprint plus an online lag calculator. Looking forward to hear your Feedback https://t.co/W43nhNnxK6

[Dominika @DoWlochSalamon]

How to determine microbial lag phase duration?
Our new paper is on bioRxiv + online lag calculator
https://t.co/Zl6IYNDsj1

[Oded Rechavi @OdedRechavi]

“Conference travel reimbursement”, by M. C. Escher (Lithograph, 1957).

[Bogna Smug @BognaSmug]

@tcoenye I am about to release a preprint on that! The most traditional approach is to calcate the intersection of the initial density line and the line tangent to exp. growth phase (in log scale) but fitting a model, for example a Monod model is better. Happy to share my new web tool

[Bogna Smug @BognaSmug]

#VoM_2022 please come and see my poster (room 2. Poster 1) if you are interested in functional annotation, structural proteins, RBPs and their diversity