Karin Mittelman

Research associate @BursteinLab @TelAvivUni 🧫🧪
Microbial functional genomics; Antibiotic resistance; Bacterial immunity 🧬
Former PhD student @BarkaiLab

[Burstein lab @BursteinLab]

It annoyed us that annotation tools aren't great at saying "I just don't know". That's a real problem for metagenomes and non-model organisms, where it usually means picking some threshold and hoping for the best. We built FAMUS to try and fix this. https://t.co/s5Pusfy4G1 1/8

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@TzipiFisher @megaor אני גם מזכירה לילדים שלי שבחצי שנייה הראשונה זה נשמע כמו אזעקה, וזה יכול להבהיל, אבל זו לא אזעקה

[Burstein lab @BursteinLab]

🧬 New preprint alert!
Protein language models have transformed bioinformatics, but what about the tokens they read?
In our new preprint, 👑@EllaRannon👑 studies how tokenization choices shape pLM performance and efficiency. 🧵(1/5) https://t.co/VTmP0tcDPL

[Burstein lab @BursteinLab]

1/4 Ever wanted to predict bacterial protein-protein interactions (PPI) on a large scale?
We wanted to, but realized there’s no such algorithm that is both rapid and optimized for bacterial protein analysis.
This led our ⭐️Chen Agassy⭐️ to develop B-PPI: https://t.co/YCAzYBiY2y

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@esapir Oberjoch Familux Resort. מלון בגרמניה קרוב לגבול עם אוסטריה, מותאם לילדים בפרטים הכי קטנים ופשוט מעולה. יקר מאוד, אבל שווה כל יורו.

[Bruria Samuel @BruriaSamuel]

How do plasmids kickstart gene expression in new hosts?

Our new review in Plasmid: “Strategies for zygotic gene expression during plasmid establishment” with Nathan Fraikin (@tacc_c lab).

Part of the #ISPB2024 special issue (Hamamatsu, Japan)🧵1/6
https://t.co/srs0gLnHmU

[Burstein lab @BursteinLab]

1/6 🧬📊 Curious about the buzz around NLP in biology? Feeling overwhelmed by the rapid developments? We've got you covered! Our review on NLP applications in genomics, by the wonderful @EllaRannon, is now out as a pre-print! #NLP #Bioinformatics https://t.co/RlNC5iq1wR

[Burstein lab @BursteinLab]

🚨New paper alert! The amazing @EllaRannon developed DRAMMA, a machine learning model that enhances antimicrobial resistance gene detection using diverse biological data🧬. Superbugs, beware! https://t.co/q7gf9vwMda
#Bioinformatics #MachineLearning #AMR 1/6

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

It's not very often in science that you raise a hypothesis, design an experiment and (after ups and downs, obviously) - the results actually concur! ✨

It was a pleasure and a privilege to work with the amazing @BruriaSamuel on this exciting project, now out in @Nature! 🧬

[Bruria Samuel @BruriaSamuel]

Meet The Shielded Plasmid🛡️🧬

Our new @Nature paper reveals how plasmids outsmart bacterial defenses during conjugation.

It's all about being in the right place at the right time! The positioning of anti-defense genes boosts transfer efficiency🧵(1/7) https://t.co/6n8brUx1PU

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@LiorShapira2 ממליצה לך גם להמנע ממהדורות חדשות ברדיו ביום-יומיים הקרובים אם את שומעת. הייתי בנסיעה, וזה פתח את המהדורה של גלצ, ולא רק ברמת הכותרת 💔

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@ArbleMatan המנחה שלי לדוקטורט לא ענתה לי למייל הראשון. בעלי שכנע אותי לשלוח לה עוד אחד, והיא ענתה. בדיעבד - אני לגמרי יכולה לראות איך מייל כזה מתפספס. טוב שלא ויתרת והמון בהצלחה!

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@MatanAlcalay רוגלה היה שם הבטן של הבכור. אחלה שם :)

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@esapir @thedosit @orslimy אנחנו הכנו פלייליסט כזה לקראת נסיעה ארוכה בחו"ל, כל אחד הוסיף שיר בתורו, ועכשיו זה פשוט ללחוץ על הפלייליסט. מפעם לפעם מוסיפים עוד שירים.
וגם כוורת, ובגזרת שירי ילדים - הכבש השישה עשר וענן על מקל.

[Volcani Institute @Volcaninstitute]

🚀Genetic testing in #space? CRISPR-based genetic diagnostics was successfully tested in microgravity on the @Space_Station 🛰️Read Dr. @GurPines , @BursteinLab , Dr. @KarinMittelman and the Ph.D. student @danalon6 's new paper https://t.co/M4h876irDc

[Gur Pines @GurPines]

New preprint about genome editing in ladybugs!
https://t.co/JuIaaxUSgt
CRISPR/Cas9 is an excellent tool for genome editing. It makes things much more straightforward than previous technologies.

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@BuffyASummers1 זה קשה לכולן! זוכרת את התחושה שזה קשה ממש ואיכשהו כולן מצליחות לג'נגל חוץ ממני. זה בפירוש לא המצב, זה קשה לכולן.

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@ArbleMatan בהחלט 🥵

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

@ArbleMatan זה הגיע, אבל רק לPIs. כי למה לעשות לסטודנטים ועובדים את החיים קלים יותר...

[Karin Mittelman @KarinMittelman]

Our CRISPR journey to the @Space_Station is now out in print! 🚀
Next time you take a trip to infinity and beyond, pack up some Cas12a for genetic diagnostics, we show that it might come in handy 😉.
Thanks @danalon6 and everyone involved for an amazing experience!

[Gur Pines @GurPines]

Why send CRISPR to space?? 🚀
For diagnosis, of course!!!

Being so portable, versatile, and easy to use, CRISPR-based diagnostics is a natural candidate for genetic diagnostics during space missions!

More below, and in our recent paper:
https://t.co/byoN4SdE4f
🧵 1/5