Sergio Civera

Biologist | Bioinformatician

[Carmen Michan @CarmenMichan]

Biotec 2027 se celebrará del 2 al 5 de febrero en la Universidad de Córdoba https://t.co/Iz1w5sZoCH vía @SSebiot

[Ming "Tommy" Tang @tangming2005]

10 courses to get you started with bioinformatics 🧵 Bookmark!

[Sergio Civera @scivera]

Ayer tuve la oportunidad de presentar el trabajo que he estado desarrollando durante los últimos meses en el grupo de investigación AGR-114, titulado "Anotación y análisis de elementos repetitivos: aplicación al genoma del castaño europeo (Castanea sativa)".
#Bioinformatics

[Jose V. Die @jdieramon]

Last day of this year's #Bioinformatics Seminar Series, wonderfully organized by @mvapontes. Today, we enjoyed an excellent talk by @scivera on the characterization of transposable elements in the European chestnut genome. Thx to all speakers/attendees for making this a success.

[Sergio Civera @scivera]

@jdieramon @mvapontes Thank you, @jdieramon. It was a pleasure to share our work and exchange ideas with fellow researchers. Many thanks to the organizers and attendees for such an enjoyable seminar series!

[Ah-Ram Kim @ahramkim1128]

🚀 New tool out! LIVIA (Local Interaction Visualization and Analysis) — a browser-based tool for assessing and visualizing predicted protein-protein interactions.

Drop in a prediction from AlphaFold-Multimer, AF3, ColabFold, Boltz-1/2, Chai-1, or OpenFold3 (ZIP or folder, auto-detected) and LIVIA answers the two questions you actually care about:

▸ Do these proteins interact?
▸ Which residues form the interface?

What you get:
▸ Interface confidence scores — iLIS (our local metric), ipSAE, actifpTM, ipTM
▸ Interaction interface heatmaps (PAE, LIS, cLIS)
▸ Sequence viewer + linear & circular contact maps highlighting Local Interaction Residues (LIR) and contact LIR (cLIR)
▸ Embedded Mol* 3D viewer
▸ Downloadable ChimeraX & PyMOL scripts

Also fetches dimers directly from the AlphaFold Database — adding the interface annotations AFDB doesn't provide.

Everything runs locally in your browser. No install, no upload.

LIVIA started as a personal tool — I built it with Claude Code and used it to make every structure figure in our FlyPredictome preprint (Kim et al., 2026). (Claude Code is truly insane...) Along the way I realized it could be useful for others, too.

If you have a favorite color palette for structure visualization, please let me know — happy to add it as a preset 🎨

🔗 LIVIA tool: https://t.co/qSaedW3yka
🐍 iLIS / batch CLI: https://t.co/jYN3yg3l6a
📄 LIVIA preprint: https://t.co/uHwEbAMBGH
📄 FlyPredictome preprint: https://t.co/O3mAOzF2GD

[CSIC @CSIC]

🧪 Una molécula inspirada en una planta carnívora degrada el gluten y evita los síntomas de la celiaquía

👨‍🔬Su desarrollo experimental. liderado por el @IBMB_CSIC y la @UniBarcelona podría ser la base de futuros tratamientos para la #celiaquía

➡️ https://t.co/H9CJGANTy1

[Sergio Civera @scivera]

Las Jornadas Andaluzas de Bioinformática. Una experiencia muy enriquecedora para conocer el panorama actual del sector y conectar con la comunidad, intercambiando ideas y aprendiendo de distintos enfoques.

¡Nos vemos en Jaén!

#bioinformatics #JABI2026

[B.M. Tubamirum @BMTubamirum]

𝐂𝐎𝐍𝐂𝐈𝐄𝐑𝐓𝐎 𝐇𝐄𝐑𝐌𝐀𝐍𝐃𝐀𝐃 𝐌𝐄𝐑𝐂𝐄𝐃 |
𝐿𝑎 𝑀𝑖𝑠𝑖𝑜́𝑛 𝑑𝑒 𝑙𝑎 𝐸𝑠𝑝𝑒𝑟𝑎𝑛𝑧𝑎, de Rubén Jordán Flores, fue la marcha elegida para cerrar el concierto.

https://t.co/6bcCjyKumx

@rjordanflores
📹 @SangreYlaGloria

[B.M. Tubamirum @BMTubamirum]

𝐑𝐄𝐏𝐄𝐑𝐓𝐎𝐑𝐈𝐎 𝟐𝟎𝟐𝟔 |

𝑳𝒂 𝑴𝒊𝒔𝒊𝒐́𝒏 𝒅𝒆 𝒍𝒂 𝑬𝒔𝒑𝒆𝒓𝒂𝒏𝒛𝒂 pasa a formar parte de nuestro repertorio.
La marcha fue compuesta en 2024 por @rjordanflores, con motivo de la misión evangelizadora que realizó la Virgen de la Esperanza de Triana el pasado año.