Qfunction@Stat & Bioinfo

DFT of biomolecule, Cu錯体
→Chemical Biology
→RNAseq
→ Diffusion Model, LLM
最近はSDEとOT触ってます

[Miroslav Lzicar @miroslavlzicar]

Introducing SynthonMap: a zoomable map of billion-to-trillion-scale chemical spaces, using factorized synthons and parametric UMAP density estimation.

Try at: https://t.co/FUkU3GVydu

Demo on @XtalPi VAST 👇

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

口座がZero~になりクレカ止まったせいでTimescarでドライブし損ねたんだが; ;タイムズカーPaypayくらい対応してくれ

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

https://t.co/PLc57Q4Y19
このUMAPで指定した点がクラスタ形成してますって流石に苦しくね?今月の遺伝子医学で紹介されてたけど。これ近傍グラフのedgeを可視化したら結論変わると思う。点少ないし近傍グラフを1つずつ追った方が何かわかりそう

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

メトホルミン、キレート剤みたいな形してて実際に生理的pHの範囲内でもnMレベルで錯体形成して化学量論的に金属イオン濃度減らせるっぽいのに、結局はミトコンドリアcomplexに結合してFeSクラスタとCoQ10を物理的にふさいで酸化還元を阻害するってメカニズムで決着なのか...
https://t.co/3xwf8ktisJ

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

https://t.co/lckPVxOn5c
これ完全にJEPAじゃね？
encoderで潜在空間にmapしてpredictorを学習。ただ用いてるデータがscRNAseqだからpredictorのinput, outputのペアを作る部分で一工夫して分布のマッチにした。この発想としてはOTが自然だけどイントロでOTをディスってるからGANにしたのかな

[antisense. @razoralign]

scMTG reconstructs single-cell temporal dynamics with Markov transition generators https://t.co/fwRGf3Fvet

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

内科、ファーマコフォアくらい教えて欲しい。ステロイド骨格のanalogならまんまだし、ペプチドならアミノ酸1置換で作用変えてて非自明だし、小分子ligandなら単純だが高分子の酵素は阻害薬もえぐい構造してるし、同じ作用機序の薬は置換基変えてるだけのこともままあるし横文字で捨象した情報が多すぎ

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

前から思ってるけど中心極限定理って母集団からサンプルした"標本平均"がgaussianに従うって話で、日常生活で見るように値が直接にそれに従うのって説明できてない。自然現象なら何らかの分子的なメカニズムだし、人間の意思決定過程を反映するなら人間は考えるといいつつほぼランダム

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

セルフサービスで均等に積まれた皿から客がそれを取っていくときに残る皿の数の分布は正規分布だけど、逆に食器を返却するときに積まれる数の分布は冪乗則なのおもろいな。ランダムか多数派に倣うか、生じる分布から過程の描像が得られるのSDEすぎる

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

“質問しよう”ってよく言われるけどchatGPTがある時代に何を質問すべきかって非常に難しいよな。単純に非公開情報について追加で解説させるとか手っ取り早く回答を得るという目的にしてしまうと人間を情報のinterfaceもしくはlatencyの良いbotとして扱ってることになり非人間的すぎる。

[k256 @kosaka256]

実は直近のkaggleコンペで、ハーネスには限界があることが示されていたりする
上位入賞者は軒並み、トークンをどう大量に燃やすかに焦点に当てていて、ハーネスの方はどういじくってもほとんど改善が見られなかった

[国立遺伝学研究所 @NIG_idenken]

【第8回 バイオ生成AI研究会】ゲノム言語モデル（gLM）などAIを活用した生命科学研究最前線や企業の取り組みを紹介。AIと生命科学の未来を議論します。
📅11月12日（木）13:00-16:35
📍トラストシティ カンファレンス・丸の内
🔗申込:https://t.co/QZEbFhGMaW
主催:情報・システム研究機構（ROIS）

[良性腫瘍 @Tsiolkovsky1961]

やはり計測　計測は制御をもたらすし、計画は計測に先立たない　計測があってこそすべてが始まる

[姫岡 優介 @yhimeoka]

この結果から遺伝子発現＋代謝のモデルで細胞死を考えないといけない、という話が出てきていま研究してます
微分包含式の前方不変集合を計算する、というテクい話でお知恵を借りたく、来週17日に東大数理情報学談話会で話させていただきます。Zoomもあるっぽいのでぜひ
https://t.co/3HdlPhIA92

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

scRNAseqの解析手法、一時期はどうやって欠損地埋めるかが話題になったのに今は
1. 臭い物に蓋をして0で埋める
2. けむに巻いてk近傍の重み付き平均
3. ベイズのご神託を信じて事前分布を仮定
のいずれかで誤魔化してる()

[タランチュラ | データサイエンティスト @tarantula_ds_]

【欠損値処理まとめ】
皆さんとりあえず平均とかで欠損値補完してないですか？
実は、大きくは以下の３つの方法が考えられるよ！
・欠損値削除
・統計量補完
・線形回帰補完
Iterative Imputerという線形回帰で補完する方法もあるので、１つのアプローチ法として覚えておいてください！

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

疾患名を使うと語弊かもだけど、現状のロボのぎこちなさって高次機能障害にしか見えんのよな。ダンスみたいな意味ない動きは流ちょうだが、タスクを解かせると全然ダメダメ。バランスあるし指鼻はできるから典型的な小脳失調では全くなく、その意味で研究の方向性が運動を滑らかにするって違和感ある

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

バイオインフォはデータがクソだって皆キレてるけど
(俺しかキレてないｗ)
唯一面白い点は分子メカニズムがゴミデータに埋め込まれているはずだっていう信念で、画像とか言語とかってなんか良い写像が得られたとしても、"そうなるように定義された"っていうsuch thatの呪いから永遠に逃げられない

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

Physical AIが取り組んでるBig Questionって、"掴む,置く"のような一連の行動が多様体仮説に沿う時系列データだとして、「複数の"場面"を跨ぐ行動は時系列なのか？」だと思ってて、WAMだろうがVLAだろうがdiffusion policyだろうがarchitectureの開発はYESを支持しagenticな開発はNoを支持してると思う

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

LLMがエロに厳しいのは俺が宝刀を納めれば解決するとして軍事に厳しすぎるのは普通に研究に支障が出るのでマジでこまる

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

物理、アプローチは好きなんだけど解こうとしてる根本的な問い(素粒子は何かとか)にあんま興味がわかんという

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

Heとか、水素原子の解析解もとめた後に電子間相互作用は解けないねっていうためだけの雑魚だと思ってた....
こんなおもろい物質あったんやね

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

https://t.co/84SN4wPIqE
Heliumはスピンが整数値しかとらないのでフェルミオンから構成されるのにボゾンとして振る舞い、超低温にすると10^23個のオーダーで全粒子が基底状態になるから特異的なふるまう。