はじめての環境DNA

#環境DNA 分析やゲノム解析に関する情報を発信しています🧬フォローやご質問はお気軽に🐟/ Tweets are my own, not views of my employer / #eDNA #はじ環 / bsky:

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

環境DNAのブログページを更新しました🎉
https://t.co/ENhdEp8E4b

情報集約ページが探しにくかったので、アクセスしやすいようにまとめました。

メタバプライマー 🧬
https://t.co/qiLPG6UJaJ

論文・プライマー検索 📖
https://t.co/35aFOCRBGu

よかったら見てみてください 。

#環境DNA #はじ環

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

【特集】自由テーマの研究が生徒の活動意欲を刺激する「探究部」…金蘭千里 : 読売新聞 https://t.co/1IGKKklomS

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

解析の際に実行フォルダ内にツールのインストールとか納めてしまって、要らなくなったらフォルダごと削除してクリーンにしてる🧹

https://t.co/ttjpBL0LnQ

上記だと別環境に間違ってインストールするミスも無いし、pixi使ってればpixi.toml にインストールツールや環境•チャネルなどの情報も記述されるので移管性や再現性もあっていい👌あと、決まったコマンドフレーズはalias登録しておくとなお良し。

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

ざっくり選ぶなら、、の所が私もお勧め。RT

pixiとapptainer で大体のことができて、パイプライン化したいならnextflow使ってる。Nixはちょっと手を出して私にはオーバーな感じがしたので後で勉強しよう程度に留めてる。

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

ざっくり選ぶなら、、の所が私もお勧め。RT

pixiとapptainer で大体のことができて、パイプライン化したいならnextflow使ってる。Nixはちょっと手を出して私にはオーバーな感じがしたので後で勉強しよう程度に留めてる。

[N283T @tbsng_ktkm0923]

バイオインフォの環境管理ツールまとめ！！
色々あるよ！

私は
dotfile＆パッケージマネージャー＆再現性確保したい実験にnix
python で完結するPJならuv
python以外（主にpostgresなど）も使うときはpixi
コンテナはpodman HPCはSingularity

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

Rocheのロングリードシーケンサー AXELIOS 1(アクセリオスワン)

・データ量は>1.8Tbp(最大4時間のシーケンスで16人分の全ゲノムデータ)
・シーケンス長は約200bp〜最大約1.5kbp
・シーケンス反応中にリアルタイムでデータが生成するので解析可能

https://t.co/j2JVL06vpF

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

こちらの共著論文も少し前にpublishされてました！RT

#環境DNA

[Mayϵ( 'Θ' )϶ @SatsukiTsuji]

📢プレプリで出していた「long-eDNAフクドジョウ系統地理」論文が正式公開されました！有難いことにOAです🎊

水試料からミトコン約1000bp複数領域を同時増幅し、詳細な系統地理推定+分岐年代推定まで出来ちゃう手法を開発しました！という内容です☺️
ちなみに→
https://t.co/43TKk5PD8m

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

共著論文出ました！RT #環境DNA

[Katsutoshi Watanabe @watanak_tweet]

TJ先生との共著、最新作が出版されました！
ドンコ属のeDNA+次世代系統地理

Tsuji et al. (2026) High-Resolution Insights Into the Geographic Differentiation and Hybridisation of Odontobutis Gobies Through Integrated eDNA and SNP Analyses. Freshw Biol

https://t.co/KmgURw0HjU

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

DwC-A zipにOccurrence core、MeasurementOrFact、DNA extension、meta.xml、EMLを同梱。IPTへ直接アップロードし、即時公開・管理者確認の運用にも対応できる。対話形式・Rスクリプトで実行可能で、中間データの出力・再読込も可能となっている。

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

eDNAbridge: #eDNA データをGBIFで公開するRパッケージ。

csvやWilderlab APIの出現記録をDarwin Core Archive形式へ整備し、IPT登録を支援する。

https://t.co/diA4bWOSSJ

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

Wilderlab API、複数csv、任意カラムの単一csvからeDNAで取得された出現データを取込み、既定/任意の対応表でDarwin Core用語へ変換し、必須項目・型・推奨項目・充足度を確認する。

分類名はGBIF backboneで標準化し、問題一覧を作成。公開前点検に有用。

[OpenAI @OpenAI]

Introducing a limited preview of GPT-5.6 Sol, our next generation frontier model, as well as GPT-5.6 Terra, a balanced model for efficient, everyday work, and GPT-5.6 Luna, a fast and affordable model for high-volume work.

https://t.co/OoM83SyISN

[Prof. Nikolai Slavov @slavov_n]

Since the 1960s, the genetic code has been used to predict protein sequences from DNA and mRNA sequences.  Our @Nature article demonstrates that these predictions miss thousands of protein sequences present in human tissues.

Across >1,000 human samples, we identified numerous abundant proteins whose amino acid sequences differ from those predicted by the genetic code.

These proteins are not rare translation byproducts. They accumulate to thousands of copies per cell. Some are more abundant than the proteins predicted by the genetic code from the same transcripts.

Their abundance reflects a combination of alternate RNA decoding mechanisms — including codon-anticodon mismatches, tRNA abundance, and RNA modifications — and selective stabilization of the resulting proteins. The last factor – protein stability – emerges as a major determinant of protein abundance across proteins, proteoforms and cell types: https://t.co/IzOfAZKnxT

Alternate RNA decoding is pervasive across functional groups of proteins, healthy and diseased tissues. It affects proteins playing key roles in neurodegeneration, and some alternately decoded proteins show strong enrichment in tumors compared to their surrounding tissues.

This discovery has been a long and exhilarating journey with Shira Tsour and the @slavovLab team. It started in 2019 and proceeded through many challenges and thrilling highs. A journey that has opened new perspectives that we long to explore!

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[Сергей Шедько @svshedko]

Hidden diversity of #Barbatula oreas フクドジョウ from Hokkaido: two species?

https://t.co/nhRZLzk1HU

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

GENATATORs: ab initio Gene Annotation With DNA Language Models https://t.co/Rn2GGv3oQn

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

対象生物が拡張されたTiberiusを使ってみた記事を作成しました🎉

Tiberiusはab initioな遺伝子予測が基本でしたが、nextflowで実装されている処理パイプラインでは、Protein配列とRNAseqのデータを外部情報として与えることができるようになっていました。

これにより、予測精度向上に加えてUTR領域の予測までできるます。

また、GPU実行できることもあり3時間半程度で予測が終了します。500M bp程度の真核生物の遺伝子予測であれば16GB VRAMで実行できることを確認しています。

興味があったら見てみてください。

#はじ環

https://t.co/lszhtLxu2H

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

bwa-mem2のforkとして開発中のbwa-mem3というのもあるんですね。

https://t.co/rzBFSY0ice

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

BWA-MEMとminimap2のいいとこ取りをしているアライナーのminibwaを実行してみた記事を作成しました🎉

論文中ではRocheのSBXも含めて包括的にテストされていますが、私の記事ではイルミナのショートリードのみです。

BWA-MEMEを普段使っていますが、minibwaは低メモリで実行できるので計算機リソースのハードルが下がって良いですね。
#はじ環

https://t.co/bQemXjWimu

[はじめての環境DNA @eDNA_startup]

1週間前にした作業の詳細なんてあまり覚えていないので、ターミナル上のどこでメモとっても1箇所に集約されて管理できるシステム良い。

https://t.co/gxv1hxy8zu

[M.Ushio @ong8181]

Our perspective paper about the potential of methylation signal detection in eDNA research has finally been published! Epi-eDNA is still technically challenging, but I think it has huge potential: https://t.co/7k1TqAtOiw