休職に入る際に、年次有給休暇を取得するか、という点は休職指示を出す前にご本人とも協議して決めたほうがいいです。
① 休職に入ると労働義務を免除しているため休業日に対しては年次有給休暇の取得ができないことになる。
② 休職に入る前に年次有給休暇を取得する場合、休職の起算日は年次有給休暇の取得後にする。
もちろん、恩恵的に休職期間中に年次有給休暇の取得を認めることはできるけれど、それが他の事例にも波及する可能性があることを前提に判断する必要があります。
また休職期間中に年次有給休暇の取得がある場合、そもそも就業規則上の休職期間を満たさない余地が発生し、結果として休職期間満了の当然退職が有効でないと考えられる懸念もあります。