Jun Takayama

博士(理学)。ヒトのゲノム科学、遺伝学、AI、機械学習に興味があります。
著書『遺伝学のためのバイオインフォマティクス入門』

[Yuichiro Miyaoka @YuichiroMiyaoka]

成熟心筋細胞は４倍体ですが、iPS細胞由来心筋細胞は２倍体のまま。私達は「iPS細胞を４倍体にしてから心筋細胞に分化させる」という逆転の発想を実現。４倍体iPS細胞由来心筋細胞は、ミトコンドリア機能向上、より強く速い拍動など成熟した特徴を示しました。やっと出ました…https://t.co/etSmzjmGNu

[科学情報出版(株) @kagaku_book]

【7月17日発売】
遺伝学のためのバイオインフォマティクス入門－集団・進化からコアレセント理論まで－
集団の視点から遺伝学を学ぶ入門書。進化や遺伝統計学の基礎を、高校数学レベルから理解できる。
詳しい内容はこちら
HP: https://t.co/fTiB7bdG6y
Amazon:https://t.co/YSf9yEcb12

[Jun Takayama @jntkym]

教科書を書きました！
ヒトゲノムを扱う際に遺伝学の理論的背景があると随分違って見えると思います。仮説フリーももちろんよいですが、ヒトゲノムは複雑な進化の過程を経たものという、ちょっと違った見方の補助になれば。7/17発売予定です！
https://t.co/Z7X4w5QGIB

[Kento Sugimoto @knt_sugimoto]

富士フイルムとの共同研究の成果がプレスリリースされました！

読影レポートやカルテをAIで解析し、「重要所見の見落とし」や「患者対応漏れ」を検出する技術です。

自然言語処理の研究をこのような形で社会実装できたことを嬉しく思います。今後も研究から応用の取り組みを頑張りたいです！

https://t.co/5xw1Xhjz6C

[Jun Takayama @jntkym]

平均への回帰の話も通底しているかもしれない。しばしば親が外れ値だと子が平均に回帰すると言うが実は逆もまた然りで、子が外れ値だと親が平均に回帰するのだ。

[Jun Takayama @jntkym]

Neのように時間軸がなくなる感覚(?)が遺伝学にはしばしば現れる。例えばゲノムからの親子推定ではどちらが親でどちらが子かは分からない。ゲノム情報は、継承という時間の前後がある概念と同時に、共有という時間の前後がない概念でも理解する必要がある。

[Jun Takayama @jntkym]

この有効集団サイズというのが簡単に推定できるというのもポイント高いですね。2本1組のDNAのペアがあれば良い。その2本が集団からランダムに取得したとみなせる必要がありますが、それを仮定できるなら1個体のゲノムを読むだけで良い。

[Jun Takayama @jntkym]

この集団サイズでもあり世代数でもあるというのが堪らない。無次元量なので単位は匹でも世代でもよい。ちょっと飛躍した言葉遣いをすると空間でもあり時間でもある量という感じでしょうか。生物学にもこんな量があるというのがとても新鮮で驚きでした。

[Jun Takayama @jntkym]

遺伝学の理論で面白かったことシリーズ2. 有効集団サイズってのが堪らなく面白かったですね。実際の頭数ではなく繁殖に関わる個体数なのだけど、ある理想状態に規格化した時の数にしているので種間の比較ができる。しかもコアレセント理論で共通祖先までの世代数としても出てくる。

[Jun Takayama @jntkym]

教科書に必ず書こうと思ったことはいくつもありますが、まずはアリル頻度についてですかね。単純な定義なのですが、アリル頻度の変化が小進化であって、しかもそれはセンサス集団サイズの変化に依存しないので余りにも本質的な量であると。これがCrow & Kimuraを読んで最初に感じいったことでした。

[Jun Takayama @jntkym]

そんな感じなのですが有難いことに多分今年中に単著の教科書を出せることになりました。自分なりに大事だと思ったこととか遺伝学を学ぶ中で感動した部分を中心に書いているのであれもこれも書けてないとか色んな感情がありますがベストは尽くしたつもりです。それに関連したことをポストして行こうかな

[Jun Takayama @jntkym]

それでもやはりサイエンスという意味では共通部分も沢山あるので、これまで学んだことの応用を効かせながらなんとかやっているといったところでしょうか。

[Jun Takayama @jntkym]

ちょっと前までは自認赤魔道士とか言ってウェットもドライもレベル3まではできますが、れんぞくまも出来ますと嘯いていました。今やそれ以上にいろんな分野のつまみ食いになってます。

[Jun Takayama @jntkym]

なのでウェット生物学と集団遺伝学的な観点をもちつつバイオインフォマティクスのツールを使って何かするというのを長らくやってきております。

[Jun Takayama @jntkym]

私自身の経歴はウェットの分子生物学出身で、趣味でプログラミングを嗜む程度だったのですが、あるきっかけで集団遺伝学を知ってそれに傾倒するようになりました。そうしてある程度独学した後に今の師匠のところに拾ってもらって日本人参照ゲノム配列構築のプロジェクトに関わらせていただきました。

[Jun Takayama @jntkym]

一緒に仕事してくれる人が見つかる可能性を少しでも上げるため、私なりに有益と思った情報or自分語りをポストしていこうと思っています。ドキドキ。

[Jun Takayama @jntkym]

【拡散希望】スパコンを用いたヒトゲノムの解析やAIによる電子カルテの分析など、コンピュータを使って医学研究をやりたい方、大募集してます！ウェットからの転身も大歓迎です(私もそうでしたので)。条件など詳しくはDMにてお気軽にお問い合わせください。

[Yuta Suzuki🌻 @resnant]

GitHub Copilot Pro（月10$）を契約しようとしたところで、学生や教職員は無料と気づいて申請したら即承認された（某学研究員ﾜｲ）。この特典あまり知られてない気がするが...Codexとかほぼ使い放題なわけで研究めちゃ加速するのでは

[H_Shimizu @biomedicalhacks]

3/28 (土) に「バイオメディカルAI体験コース2026」というハイブリッドのハンズオン講習会を行います。プログラミング経験のない状態から、1日でバイオ・メディカルのデータを使いながら深層学習のさわりまで駆け抜けます。学生さんも社会人の方も無料です。https://t.co/ULncrgGORd

[Jun Takayama @jntkym]

JST次世代エッジAI半導体研究開発事業「AI for Science のためのエッジの知能化加速」のゲノム解析の分担に採択されました...!ご興味ある方ぜひご連絡ください！