Alex Lee

PhD student of the Department of Plant Pathology and Microbiology, National Taiwan University #Plantbiology #Populationgenetics #Plantpathology

[New Phytologist @NewPhyt]

Parent-of-origin specific allelic expression in outbreeding Arabidopsis arenosa identifies antagonistic parental enrichment in protein degradation pathways

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[ぴーちゃん @peechan1970]

動く遺伝子「転移因子（TE）」は、これまでゲノムの“厄介者”と考えられていた。シロイヌナズナで、TEが100種類以上のタンパク質を作り、DNAメチル化や転写因子に制御されながら、細胞の仕組みに組み込まれていることが判明。Nat. Commun
https://t.co/508d9yqMLB

[ぴーちゃん @peechan1970]

野菜や果物を腐らせる「灰色かび病」は、1400種以上の植物に広がる厄介な病気。微生物に病原菌の遺伝子を狙うRNAを作らせる技術を開発。トマトなどで病気を大幅に抑え、5日間で70％以上の効果を確認。環境にやさしい作物保護法として期待。J. Integr. Plant Biol.
https://t.co/yp4Ix79g7i

[Nature Microbiology @NatureMicrobiol]

Global microbial DNA signatures of temperature and nutrient limitation across ecosystems https://t.co/kRWA855mwm #MicroSky

[ぴーちゃん @peechan1970]

植物のゲノムを大きくする転移因子（TE）が増えると、遺伝子の働きを調節する仕組みも変わる。ウキクサで解明。TEが多い種ではDNAの化学修飾や制御RNAが増え、ゲノム全体の制御方法が変化。植物が進化の中で多様な性質を獲得する仕組みの理解に。the plant journal
https://t.co/E6kWGGXn1d

[ぴーちゃん @peechan1970]

「ストリゴラクトン」は、寄生雑草ストライガへの抵抗性を高める一方で、光合成や根の発達、土壌の有益な菌との共生を弱める可能性があることが、ソルガムで判明。病害虫への強さと生育の良さのバランスを探る成果で、環境に強い作物育種につながる。Plant Phisiology
https://t.co/QNcYxXEPVP

[Cell @CellCellPress]

Now online! Trichoderma swollenin activates AtABCB5-dependent auxin efflux to promote plant development https://t.co/t1ehy8SXD9

[ぴーちゃん @peechan1970]

植物は日々DNAの傷を修復して遺伝情報を守っている。この修復機能が壊れると、眠っていた「動く遺伝子（転移因子）」が活性化し、DNA修飾と損傷が互いに増幅し合う悪循環が起きることを発見。環境ストレスに強く安定した作物の開発につながる可能性がある。PNAS
https://t.co/y24uza5vvo

[Nature Microbiology @NatureMicrobiol]

Walk through our July issue!

Read about:

💊Microbiome and AMR
🧊Permafrost microbes
🦠Phages and flagella
⚕️Cholera protection
💉Poxvirus vaccine design
🍄Commensal skin yeast
and much more!

https://t.co/iQeeLmXHUQ

[Molecular Plant & Plant Communications @MPlantPCom]

Three-dimensional mesoporous graphene nanoparticle-mediated transient silencing of susceptibility genes confers broad-spectrum disease resistance in crops #resource #PlantCommunications https://t.co/2skFbAutZ2

[ぴーちゃん @peechan1970]

小麦や牧草に被害を与える黄さび病菌を41カ国で調査した結果、病原菌が大陸を越えて広がり、大流行を起こした事例が多数確認された。新たな病原菌タイプの誕生や拡散の仕組みも明らかになり、食料安全保障のためには国際的な病害監視と協力が重要。New Phytologist
https://t.co/2WALgwkIdV

[Gözde S. Demirer @Demirer_GozdeS]

Targeted DNA insertion remains a major bottleneck in plant engineering. We developed the R2 retrotransposon as an efficient plant genome editor to precisely insert large DNA payloads at targeted sites:
https://t.co/P0dB1cDn9W

Congratulations to @kimuchenje03 and the team!
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[Heng Li @lh3lh3]

Minibwa is a hybrid of bwa-mem and minimap2 and the successor of bwa-mem for short-read mapping. ~4X/2.5X as fast as bwa-mem/bwa-mem2 for WGS reads at comparable accuracy. Native support of directional bisulfite-seq. Applicable to long reads. Preprint at https://t.co/y5ZTr9btE6

[New Phytologist @NewPhyt]

Global distribution and biogeography of ericoid mycorrhizal fungi

https://t.co/iC6sPNDt6K

[Jason Chin @infoecho]

I enjoy using IGV, but I need a more efficient tool for analyzing diploid genomes. So, I developed one for myself. It provides exceptional GPU acceleration, allowing me to uncover all essential information spanning six orders of magnitude. #bioinformatics #genomics #visualization

[Cell Host & Microbe @cellhostmicrobe]

Epigenetic phase variation in microbiome

Epigenetic phase variation is prevalent in human gut microbiome & linked w/ fluctuating environments. In Akkermansia, an ePV upregulates gene expression, enhancing adaptation to antibiotics via bet-hedging
https://t.co/Waazf6W2tK

[Nature Microbiology @NatureMicrobiol]

Mitophagy steps into the spotlight of fungal virulence https://t.co/XBEAurwXDg #MicroSky

[Plant Science @sci_plant]

Make it grow: Pseudozyma aphidis extract promotes plant growth

https://t.co/yDP0xjyohl
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[Plant Science @sci_plant]

Stacking superior haplotypes to breed high-density planting-tolerant maize ideotypes

https://t.co/v6XC3ZGTT1
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[ぴーちゃん @peechan1970]

植物は干ばつにどう適応するのかを解明するため、シロイヌナズナを調査。成長や水の使い方など複数の特徴を分析し、関わる遺伝子を特定した。これにより、植物が環境変化に対応する仕組みや、将来の気候変動への反応予測に役立つ知見が得られた。New Phytologist https://t.co/o6Ftwfnaah