Ryohei Kobayashi

Assistant Professor at The University of Tokyo
Single-molecule biophysics, Computational science, Protein Engineering, Protein allostery

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

Happy to share our recent article in JACS Au @ACSPublications !
We performed all-atom MD simulations to reveal the molecular basis of the rotation-direction-dependent mechanism of the inhibitor protein IF1 for mitochondrial ATP synthase.
https://t.co/gfaNipymDV

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

蛋白質科学会、「人工知能/機械学習で切り拓く蛋白質科学の新地平」で講演させていただきました。F1-ATPaseのエンジニアリングについて話すのは初めてで準備が大変でしたが、なんとかまとめられたかなと思います。オーガナイザーの木賀先生・井上先生、大会運営に尽力いただいた皆様に感謝いたします。

[Shingo Honda (本田 信吾) @akg_entrance]

明日からの蛋白質科学会にて、Baker研で進めてきたタンパク質版DNAオリガミのデザインについて話します！デザインに馴染みがない方もぜひお立ち寄りくださいー！

【日時】(Day2) 6/18木 16:00-
WS18『生体機能を超えるペプチド・タンパク質アセンブリー設計』
WS18-3『タンパク質でオリガミする』

[Noji Laboratory (東京大学 野地研究室) @Nojilab_UTokyo]

5/30、6/6、6/13の3日間、全学体験ゼミナール『応用化学の最先端研究を体験してみよう』を開催しました。野地研では11名の学生さんを受け入れ、F1の1分子計測に関する実験と解析を体験していただきました。皆さん、回転粒子を見つけようと粘り強く取り組んでくれました。

[原島崇徳 Takanori Harashima @TakanoriHarash1]

生物物理誌にて、DNA人工分子モーターの合理的性能向上に関する記事が出版されました！
原島 崇徳，大友 章裕，飯野 亮太
生物物理66（3），166-169（2026）
DOI: 10.2142/biophys.66.166
https://t.co/0ZEVRedEh4

[青木 航 / Wataru Aoki @mighty_tora]

クレイグ・ベンター研究所から、非生命から生命を合成する方法がプレプリントとして発表されました。人類がゼロから生命を創れるようなるための大きなマイルストーンです。
https://t.co/JpmPSVp1QV

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

関くん、おめでとうございます！

[Kei-ichi Okazaki @okapik]

Our paper on AlphaFold-facilitated Markov state modeling of Na+-Pumping NADH-Quinone Oxidoreductase is out. Congrats Seki-kun! He also submitted his PhD thesis today. https://t.co/YprxZBSWGm

[Kei-ichi Okazaki @okapik]

Our paper on AlphaFold-facilitated Markov state modeling of Na+-Pumping NADH-Quinone Oxidoreductase is out. Congrats Seki-kun! He also submitted his PhD thesis today. https://t.co/YprxZBSWGm

[YasuOkamoto @Okamoto_Yasu_CH]

リポスト協力お願いします🙇‍♂️🙇‍♂️🙇‍♂️
分子研を大学院の選択肢に入れてみませんか？ 全員に経済支援あり💰修士で年130万円～、博士で年180万円～。世界レベルの環境が岡崎にあります。名古屋へのアクセスも良く、生活費も抑えられます。
旅費出るので、まずはオープンキャンパスへ！https://t.co/SVNHF4Hrrx

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

以前submitしたbiorxivについて、出版済みJACS Au論文との紐付けがなされていなかったので、担当チームに連絡いたしました。
https://t.co/oxHDdsdDDq

タイトルや著者での紐付けを行なっているようで、変更点があると追跡できないとのことでした。
わずか1日で対応していただき大変助かりました。

[姫岡 優介 @yhimeoka]

論文が出版されました！
生化学反応は温度変化によってその速度が変化しますが、その遅くなり方は反応によってまちまちです
どのような調整を行えば、温度低下に対して代謝ネットワークを"機能したまま"の状態に保てるのかを調べました
https://t.co/aygoOL2jjJ

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

私も少しだけ講演させていただきました。
はじめての試みでしたが、自分の学生時代を思い出して、やってよかったこと・ぜひやってほしいことなどを紹介するよい機会になりました。

春日部高校の皆様、お越しいただきありがとうございました!

[Noji Laboratory (東京大学 野地研究室) @Nojilab_UTokyo]

昨年末の12月23日に、野地さんの母校・春日部高校の1年生29名がいらっしゃいました。野地さんによる研究についての講演、当研究室の大学院生との懇談・ラボツアーなどを行いました。またぜひお越しください!

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

蛋白質科学会で講演する機会をいただきました。学生さんや共同研究者のみなさんに助けていただきながら、F1をエンジニアリングしています。論文にしていない内容ばかりですのでぜひお越しください!

[Noji Laboratory (東京大学 野地研究室) @Nojilab_UTokyo]

3日目夕方のワークショップ WS30「人工知能/機械学習で切り拓く蛋白質科学の新地平」では、助教の小林@ry_kbysがF1-ATPaseのエンジニアリングについてお話しする予定です。学生さんと一緒にやってきて、面白いものが作れつつあります。成長途中の内容ですので、コメントいただけますと励みになります。

[Huang_Nanopore @Huang_Nanopore]

Invited by Prof. Taekjip Ha, we present core progress in nanopore single-molecule chemistry in Annual Review of Biophysics—covering pore engineering, modification techniques, and machine learning applications! Please share with anyone interested.https://t.co/FNMuv2daUV

[学術変革領域研究（A）超越分子システム @BottomUBiotech]

計画班・松浦グループの研究成果をプレスリリースしました。NTPを安価に高効率で合成する酵素を発見し、これをmRNA合成に応用できることを示しました。現在、木賀G,油谷Gと共同で、続きの研究成果に関する論文を用意しています。
https://t.co/wu1IwnidQV
https://t.co/KipSJlggaR

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

参加させていただきました!
素晴らしい結果・トークに圧倒されました。
ご紹介いただいたツールをColabで実際に使ってみようと思います。

[Kotaro Tsuboyama @KotaroTsuboyama]

1/15 (木) 13時より、東大・生研・大会議室（An棟 301・302) にて、MIT・Sergey研修室のYehlin Choさん @ChoYehlin にトークしていただきます!　タンパク質の構造安定性予測モデルからProtein Hunterなどのタンパク質設計法まで、お話頂く予定ですので、ぜひご参加ください!!
https://t.co/iL78nJWjKz

[澪乃ゆい@バイオインフォVTuber🧪🖥💊 @mionoyui]

Protein Hunter：拡散モデルの構造hallucination能力を活用したタンパク質設計手法。全X配列→構造生成→MPNN配列設計→再予測のmulti-step diffusionで配列と構造を共最適化。タンパク質・低分子・核酸binder、環状ペプチド、モチーフスキャフォールディング、抗体CDR最適化に対応。
ソースはリプ⬇️

[Alice Ting @aliceyting]

Can we design mutations that predictably bias proteins towards desired conformational states?

Today in @ScienceMagazine, we introduce Conformational Biasing (CB), a simple and scalable computational method that uses contrastive scoring by inverse folding models to identify conformation-biasing mutations.

https://t.co/lbWzHNdMRJ

[Kei-ichi Okazaki @okapik]

大貫さんのAlphaFold3 拡散生成モデルにおけるサンプリング促進についての論文を公開しました。

[Ryohei Kobayashi @ry_kbys]

Uncovering the link between ATP synthase and the TCA cycle by crosslinking mass spectrometry https://t.co/E5G1nCcEN1

[Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith]

12月10日、東京科学大学湯島キャンパス（旧東京医科歯科大学）のM&Dタワー4階にて、第1回生体分子設計研究会が開かれました。
https://t.co/D8LDy5Wx4v
100人を超える部屋一杯の学生・大学＆企業研究者が参加してくださいまして、大成功のうちに会を終えることができました。