Samuel G. Huete

🧪 Molecular microbiologist 🧫 at @einlabryc
☣️ Infectious diseases and 🧬 evolution
🔬 PhD from @InstitutPasteur
🌐 Head of @JISEM_SEM
🎶 Composer & ⛰️hiker!

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

"Democracy cannot succeed unless those who express their choice are prepared to choose wisely..."

[Jiacheng Miao @Jiacheng_Miao]

🔥 Excited to share that #paper2agent is published in @Nature today!

Papers have long been the primary format for communicating scientific knowledge, but they remain static. Putting that knowledge to work requires connecting findings to data, navigating supplementary materials, and adapting methods to new questions - effort repeated by each new reader.

We introduce Paper2Agent, a multi-agent framework that automatically turns research papers into virtual authors. Paper2Agent turns a paper’s manuscript, code, data, and supplements into an MCP server that any AI agent can access, with automated testing and iterative refinement in an agentic loop. The paper then becomes a virtual author you can talk to: trace claims to evidence, analyze your own data, and collaborate with other papers’ virtual authors

Agentifying a paper turns it from something people read into something people and AI agents can discover and build on - providing the context needed to interpret its findings and reuse its methods reliably. We tested how reliably these agents put papers to use. Across multiple benchmarks, agents created by Paper2Agent outperformed baselines such as Claude Code working directly with papers' PDFs and code repositories.

Once papers become virtual authors, they can collaborate - much like human researchers do. In one case study, agents built from AlphaGenome and two large-scale genetic perturbation studies worked together to propose a new computational approach for integrating evidence across different perturbation datasets. By connecting predictions from one paper with experimental data from others, they helped pinpoint a likely causal gene for psoriasis.

We hope Paper2Agent makes scientific knowledge easier to access, reuse, and build on - a first step toward a future where millions of paper agents proactively collaborate with human researchers and one another to advance discovery.

🤖Talk to the virtual author for Paper2Agent itself: https://t.co/wCzxUS4alX
📎Paper: https://t.co/2EGOPUgirB
💻Code: https://t.co/290bZWDmRt

VERY grateful to work with this incredible team: @james_y_zou, @jkpritch, Yaohui, and Joe!

[Sebastián Puig ⚓ @Lentejitas]

I+D y PIB per cápita en Europa. Gráfico vía @XavierFerras

[Prof. Nikolai Slavov @slavov_n]

Paying peer reviewers led to faster first editorial decisions — an average of 5.5 working days, down from nearly 38 for unpaid reviews.

The review quality, as judged by handling editors on the basis of helpfulness in making an editorial decision, went up.

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[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

Thanks to all the team from @SEMicrobiologia @JISEM_SEM and the #JuniorHub of #ConexionMicrobioma that made this event possible! And thanks to @FEMSmicro for the financial support to this meeting!

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

Today we start #MICROPATHS2026, after months of hard work and strong collaboration between @JISEM_SEM and #ConexionMicrobiomaCSIC we ended up with a great programme and >150 attendees. We hope this will be an occasion for networking and great science at the very heart of #Madrid!

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

The full programme here!
👇👇👇
https://t.co/TDsODNTW8Z

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@LuengoGil @J_SaizPerez @RubCereijo @socramlop @OIntegridadEsp @AgEInves El cambio de paradigma, revolucionario por único y rompedor por sistémico, por tanto, sería: ¿realmente necesitamos las evaluaciones para hacer buena ciencia? ¿Estaba Newton acreditado por la ANECA? ¿Tuvo Ramón y Cajal una ERC? ¿Publicó algo Mendel en Science? Ahí lo dejo...

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@LuengoGil @J_SaizPerez @RubCereijo @socramlop @OIntegridadEsp @AgEInves Buen debate este: ¿cómo puedes valorar positivamente a los que han salido sin valorar (competitivamente) menos a los que no? En mi humilde opinión el problema es otro. En la Academia tenemos un problema estructural: no podemos pretender evaluar sin exigir más al que menos tiene

[JISEM-SEM @JISEM_SEM]

🦠 12 Becas Curso UIMP de Microbioma
📍 Santander | 27–30 julio
La Conexión MICROBIOMA ofrece becas de matrícula, alojamiento y manutención para el curso:
“Microbioma humano y ambiental: Ciencia, Emprendimiento y Sociedad”
📅 Deadline 5 junio!!
🔗 https://t.co/SMCA9BwIe5⁠�

[Víctor de Lorenzo @vdlorenzo_CNB]

Every hour spent on pointless bureaucracy is an hour not spent on discovery. Excessive paperwork slows research, weakens innovation & deprives society of the benefits of publicly funded science. Time for a reset. @KennethTimmis and colleagues show why 👇https://t.co/L4tQUBlIH4

[Kyle Siler (@kylesiler.bsky.social) @KyleSiler]

New article in @PNASNews:

We all know that ChatGPT loves to delve, bolster, leverage, encompass, showcase, underscore, et cetera. I analyzed full text of 7.3 million journal articles published 2020-2025, hunting for 228 words that spiked after ChatGPT launched in late 2022.

[CIBER ISCIII @CIBER_ISCIII]

Sara Saiz, nos explica en qué consiste #MIMIC 👏

Info sobre el proyecto 👉https://t.co/lwivtAPBIY

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@Miss_Salmonella Entre bioinfos queda la cosa! ;)

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@Miss_Salmonella @MariadelMarTom @micromunidad @Pragmatech_AI @jdiegoarroyo Gran charla, @Miss_Salmonella !

[Evolutionary Genomics @evol_genomics]

IQ-TREE 3: phylogenomic inference software using complex evolutionary models https://t.co/zqO2JhnUzv @MolBioEvol

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

"El investigador contemporáneo no sólo debe pensar; debe producir métricas."

Duro, pero plenamente cierto. Y yo pertenezco a una generación de investigadores que cree firmemente que, aunque nosotros todavía tengamos que pasar por el aro, esto tiene que cambiar.

[Oscar Arias @OACerebro]

Peter Higgs no estaba hablando únicamente de física cuando confesó que hoy no conseguiría un puesto académico. Estaba describiendo la transformación silenciosa de la universidad contemporánea: de un espacio para pensar a una maquinaria obsesionada con medir.

La ironía es brutal. El hombre que ayudó a explicar por qué la materia tiene masa, uno de los descubrimientos intelectuales más importantes del último siglo, sospechaba que el sistema actual lo habría considerado “improductivo”. Publicó menos de diez artículos después de su trabajo mas importante en 1964, evitaba el espectáculo académico y desconfiaba profundamente de la cultura de la hiperactividad científica.

La ciencia moderna proclama que busca originalidad, pero sus incentivos premian otra cosa: velocidad, volumen y visibilidad. El investigador contemporáneo no sólo debe pensar; debe producir métricas. Publicar constantemente, acumular citas, gestionar redes, obtener financiamiento, alimentar algoritmos institucionales y demostrar impacto cuantificable en ciclos cada vez más cortos. El resultado no es necesariamente mala ciencia. Es, quizá, una ciencia incapaz de tolerar el tiempo lento que requieren las ideas verdaderamente disruptivas.

El problema no es únicamente administrativo; es epistemológico. Los grandes avances rara vez aparecen bajo condiciones de vigilancia permanente. La física teórica que condujo al bosón de Higgs necesitó décadas de especulación, errores y espacios intelectuales sin utilidad inmediata. Incluso el propio ecosistema que permitió confirmar experimentalmente el bosón dependió de generaciones enteras de trabajo acumulativo cuyo valor era incierto durante años.

Hoy, sin embargo, la academia funciona cada vez más como un mercado financiero del conocimiento: se privilegia lo que genera retornos rápidos y visibles. La curiosidad radical compite contra indicadores de desempeño. El investigador joven aprende pronto que sobrevivir puede ser más importante que arriesgarse intelectualmente.

Y aun así, la figura de Higgs tampoco debe romantizarse por completo. Parte de la reacción contemporánea ha señalado algo incómodo: el modelo del “genio solitario” también puede ocultar privilegios institucionales y exclusiones históricas. La ciencia siempre ha sido colaborativa. El problema no es la colaboración; es cuando la burocracia sustituye a la imaginación y la productividad reemplaza al pensamiento profundo como criterio de valor.

Quizá la advertencia de Higgs sea más relevante hoy que en 2013. Mientras múltiples sistemas universitarios enfrentan recortes, precarización y presión por resultados inmediatos, la pregunta no es si estamos produciendo más artículos científicos. Claramente lo estamos. La pregunta es más inquietante: ¿estamos construyendo un entorno capaz de producir el próximo cambio conceptual que transforme nuestra comprensión del universo? #ciencia

https://t.co/vHzVssbgNP

[A vivir @Avivir]

"Nosotros nos enfrentamos a una administración que es súper rigurosa en el gasto. Debe de haber otro nivel en el que estos controles no funcionan", @JuanLuisArsuaga compara las exigencias de la administración a investigadores y políticos.

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@pablo_artal @JotDownSpain Más detalles de mi análisis, del modelo y del razonamiento tras la propuesta aquí:
https://t.co/u0zahkHs5d

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

@pablo_artal @JotDownSpain Muy interesante, pero creo que sí que hay una solución a este sistema autopervertido, y pasa por lo que nadie quiere hacer: estabilizar los perfiles académicos convirtiendo la temporalidad estructural en estabilidad, eliminando así la presión por publicar de la ecuación.

[Samuel G. Huete @MicroBioMol]

Muy interesante 👇👇
"Detrás de esta transformación hay un factor muy claro: el dinero. Las publicaciones científicas se han convertido en un negocio extraordinariamente lucrativo"

[Pablo Artal @pablo_artal]

Vuelvo a publicar en @JotDownSpain  un artículo largo: “¿El fin de las publicaciones científicas?”

Es una reflexión sobre un asunto que me preocupa, escrita desde mi experiencia durante décadas como investigador y editor.

https://t.co/pPC5K24vlN