ひよこ🐣

Cloud Software Engineer┊︎ 生命情報学┊︎博士満期退学➤在野研究だけで論文博士取得に挑戦中！┊︎1報目accepted🎉 2報目accepted🎉 3報目研究開始🔬

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

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[ひよこ🐣 @bio_labcode]

前に「バイオインフォ教えさせてください！」という企画やったんだけど、今ってもしかして「AI使ったバイオインフォ教えさせてください！」企画にしたら需要ある？

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

@t_goto21 Opus5.5です！

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

「ブラウザだけでRNA-seqが完結するぞ！すげー！」ってなってたのがつい数年前なのに、今となってはfastqファイルAIにぶん投げて終了ですからね。より研究を深めたり結果を思考する時間が増えた。作業より思考したいタイプの研究者にとっては本当ありがたい世の中になった。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

@atariba_lab なんならもはや「〇〇薬剤で△△細胞に使ってるRNA-seqデータ探して解析してくれ」って言ってfastqファイルすら渡してもない‥

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

AI時代の研究に必要なのはAIが読めるように取得したデータをデジタルに変える作業なので、一度データになれば後はAIが解析して出力してくれる。なので、どんなデータを取るのかという戦略が大切で、より高度な課題に取り組んでいる研究者がより研究を加速させられるゲームになるなと感じる。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

@atsushi_ngs 前者は同意しますが、後者はAIを提供する会社が勝手に改善していくと思いますね。ユーザーはただ自然言語で問い合わせるだけで基本okでプロンプトとかスキルとかループエンジニアリングも勝手にAIが適切なの用意するようになると思います

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

AI時代のバイオインフォマティシャンの生き残り戦略知りたい。だってもうみんなsalmonとかDEseq2とか意識してなくて、もうAIで直接エンリッチメント解析とかボルケーノプロットまで出してもらってるでしょ？MLの予測精度の改善とかloop回して自動化してるでしょ？

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

これからは自分自身の中で持ってる「生命科学の問い」が重要で、それを紐解くのにAI使うのかウェット実験するのかというHowの話でしかない。だからいかに明らかにすべき問いを洗練させるかのゲームになる。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

こういうのはもうBLAST検索レベルの作業。ウェットの実験始める前にAIで作業仮説を整理してもらってから取り掛かる。故にもうこれからはウェット研究者の時代。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

「うおおお！すげー！AI便利すぎる！これまでできなかったあれもこれもできるぞ！」という全能感があったが、あまりに賢くなるのが早すぎて「あぁ、どうせすぐできるようになるんだろうなぁ...」という喪失感に変わった。ゲームでチート使い始めて面白くなくなる感覚に似てる

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

研究室に眠っているウェットの結果を見せてもらって「これ、ドライ解析で裏付けとって論文にしませんか？」みたいなことしたい。AI時代にウェットの結果は宝ですよ

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

おめでとうございます！これからはウェットの時代です！！AIが賢すぎてドライ研究の価値がどんどん陳腐化してて、自分がこれまで培ってきた技術はなんだったのかと思う。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

落とし所が見当たらなくて春先に塩漬けにしてた論文があるんだけど、今のAIに再解析させたら面白い結果出してくれた。もう何もしなくてもAIの進化待つだけでいいじゃん。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

最近、スマホで研究する割合の方が多くなってきた。基本的にClaude rcでPCに繋いでGitHub上で結果を確認する。mdファイルで論文書かせてpandocでwordなりにコンパイルしてる。これはちょっとしたコツだけど、結果をスリムにコンパクトにまとめるのがコツ。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

博士会、凄くいい取り組みだなと思う一方で、やむを得ず学位を諦めた私が会社でこれ主催されて排他されたらコンプ拗らせて死にそうになるな、、、

博士進学か、企業就職か。両方を選んだ「欲張りな私」をACESの博士会がお祝いしてくれた話
https://t.co/rTkZu5rzCX

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

@pharmacy721 過去の卒業証明書請求したときに満期退学選べずに理由聞いたら、「あなたはただの退学になってます」って言われましたね。
しかしもう指導教官とこじれにこじれてたので単位取得大学後の学位審査も難しかっただろうし私の中では整理ついてました。

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

私も単位取得退学した後にこれを利用しようと思ったのですが、教務の事務処理の手違いで、単位取得退学じゃなくてただの退学にされてたので利用できなかった経験がある

[トクロンティヌス @tokurontinus]

どの学科に通われたかにもよるんですが、6年間おられたということなので、すべての単位取得しているのであれば、3年以内に論文提出すれば課程博士取れるのではないですか？

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

辛い。読んでてほんと悲しい。
どっかでなんとかできたかもしれないという感覚はすごい分かる。
そして決して研究室を非難しない姿勢に大人を感じる。是非とももう一度チャレンジして欲しい。

[Keitaro Shimizu @Play Life Studio Inc. 代表取締役 @GIZAGIZAHEART]

6年通った博士課程を、退学しました。 --社会人博士を志すあなたに、先に渡しておきたいこと--｜清水 啓太郎 / Keitaro Shimizu @GIZAGIZAHEART https://t.co/II3ta85GFM

[ひよこ🐣 @bio_labcode]

例えば5年10年先でようやく博士号を手にしてなにかしらのポストにつけた頃にはすでに40代になっており、ようやく手にした研究者ポストも「若手に席譲れ」みたいに言われることになるの辛すぎだわ

[LabCode（ラボコード） @LabCodeBlog]

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