Elad Barkan

Weizmann Institute of Science

[Eran Segal @segal_eran]

Our new preprint is a significant milestone for us

We built "HealthFormer" by training on our deeply phenotyped cohort from the Human Phenotype Project data. Healthformer is a multimodal generative transformer model that tokenizes each participant's physiological trajectory across 667 modalities (biomarkers, body comp, sleep, CGM, microbiome, wearables, meds) and is trained with a single objective: predict the next measurement

Forecasting, risk stratification, and intervention-conditioned simulation all arise as queries from one shared representation

Key findings:

→ Matches direction of effect in 41/41 published RCTs; 30/41 within the reported 95% CI

→ Reconstructs biomarkers at r > 0.9; forecasts 2 yrs ahead

→ Validation on external data from UK Biobank, NHANES, PNP3, Framingham

→ Outperforms Framingham CVD & PREVENT-ASCVD on 27/30 endpoints

→ Predicts individual 6-mo responses in a held-out RCT

Paper: https://t.co/Y82xI9U5hn

Great work by Guy Lutsker, Gal Sapir, Jordi Merino, Smadar Shilo, Anastasia Godneva, Eli Meirom, Shie Mannor, Hagai Rossman, Gal Chechik

[Liron Zahavi @ZahaviLiron]

ICYMI: We discovered intriguing links between bacterial SNPs and host BMI 🦠🧬.
Our findings (w/ @segal_eran) were published in @NatureMedicine last year (https://t.co/u11dMZQOfZ), and I'm excited to finally share them here >>

[Elad Barkan @ebarkan]

@KalksteinNir @eyalroz @BarakRaveh אם החיסון הפחית תמותה פי 5 באופן אחיד על כל קבוצת גיל שחוסנה, למה שיהיה שינוי בממוצע גיל המוות בין מחוסנים לבין לא? מה שקובע את הממוצע הוא הסיכון פר גיל ומבנה האוכלוסיה. למשל אחוז אחד של נפטרים מהנדבקים בגילאי 40-49 זה מטורף ומוריד ממוצע בכמעט כלום. ויש לונג קוביד.

[Elad Barkan @ebarkan]

@KalksteinNir @eyalroz @BarakRaveh איזה סיגנל היית מצפה לראות?
התמותה בקורונה עולה באקספוננט עם הגיל, ולכן השאלה על גיל ממוצע דיי מעלימה את הפגיעה בפחות מבוגרים. אין שום התייחסות ללונג קוביד, אין הבדלה בין תקופות, זנים ועוד. ואין להם נתונים על מחלות רקע. בלי קשר, ההחלטות לא היו אופטימליות. במיוחד במע החינוך.

[Jason Sheltzer @JSheltzer]

Fascinating new preprint on bioRxiv tackles a whale of a question:

Whales are huge. So why don’t they get a ton of cancers?

https://t.co/z0KjxPUebi

[Dvir Aran @dvir_a]

ראיתי פה ממש מעט על החדשות המדהימות שפורסמו בשבוע שעבר על הניסוי של GRAIL, וחשבתי שכדאי לכתוב על זה.
לפני שבוע פורסמו התוצאות הסופיות של ניסוי קליני ענק שכלל 6,662 איש מעל גיל 50 לגילוי מוקדם של סרטן. בניסוי, ביצעו בדיקת דם שבודקת סמנים אפיגנטיים על דנ״א חופשי, >>

[Elad Barkan @ebarkan]

Our ALS (Lou Gehrig's disease) paper is out in Nature Neuroscience.
Basically we discovered a new pathway that provides a five-fold protection against ALS.
Congrats to the entire team for years-long of efforts.

[Chen Eitan @Chen_Cep_Eitan]

Out @NatureNeuro!

Very excited to share our #ALS association within the non-coding genome:

“Whole-genome sequencing reveals that variants in the Interleukin 18 Receptor Accessory Protein 3′UTR protect against ALS”

https://t.co/UqkeFcNNby

#neurogenetics;#ALSresearch;#MND (1/n)

[Nir Kalkstein @KalksteinNir]

1. אתמול פורסם בג'ורנל המכובד JAMA Network Open, אחד המחקרים החשובים המעניינים והמחדשים בתחום של התפתחות הילד, בו היינו שותפים >>

Standardization of a Developmental Milestone Scale Using Data From Children in Israel

https://t.co/p5KTLYTsht

[Avishay Spitzer, MD, PhD 🎗️🧡 @AvishaySpitzer]

Proud to be a part of this organization 👇👇👇

[Noam Bar @NoamBar7]

So happy to have this one out @NatureMedicine with the great Yeela Talmor-Barkan and @segal_eran.
Metabolomic and microbiome profiling reveals personalized risk factors for coronary artery disease.
https://t.co/r5rRciHvmx
🧵

[Elad Barkan @ebarkan]

מצער, אבל תחלואה באומיקרון לא מונעת הידבקות חוזרת תוך זמן לא ארוך.

[Yaneer Bar-Yam @yaneerbaryam]

Merchants of herd death oversold immunity. People are being reinfected immediately again after Omicron infection.

We have the data: Both laboratory experiments and actual cases.

1/

[Elad Barkan @ebarkan]

@KalksteinNir אחרי שבערך חצי מהאוכלוסיה נדבקה באומיקרון (לפי הערכות), ו-R באיזור 1 - אני מעריך שאכן הגענו לחסינות עדר לשלב זה לגבי האומיקרון. קרי מכאן תתחיל ירידה אמיתית. ולכן היה אפשר וראוי לשקול אמצעים להפיל את הגל ולחסוך הדבקות בירידה.

[Elad Barkan @ebarkan]

@KalksteinNir עליית גל R>1 שונה מירידת גל R<1. בעוד מגבלות בעלייה דוחות את ההגעה לשיא שאכן מחייב מספר נדבקים מסויים לחסינות עדר, מגבלות בירידת גל לאחר הגעה לחסינות עדר, מקטינות את המספר הכולל של הנדבקים בירידה.

[Elad Barkan @ebarkan]

@horowitz_b גל במגפה זה כמו מכונית שדורסת קהל ודוושת הגז לחוצה עד הסוף ותקועה. סגר בתחילת גל זה כמו ללחוץ קצת על הברקס - חורק, המכונית מאטה אבל שמרימים את הרגל מהברקס שוב טס קדימה. בשיא הגל כבר נגמר הדלק - אבל המכונית טסה הכי מהר. זה הזמן ללחוץ קצת על הברקס, האפקט משמעותי ובלי האצה אח״כ.

[Elad Barkan @ebarkan]

@calmrainyday @HillaLeon @MDCaspi @dvir_a @BarakRaveh @chapnick @kvatinsky @moranbar @_lewisy סגרים נוסו ועבדו בעבר, גם בדיקות אנטיגן לכל האוכלוסיה עבדו טוב. באיזור שיא גל - האפקט צפוי להיות יותר משמעותי בגלל ש-R כבר באיזור 1, ולכן אחרי המיקרו-סגר לא צפויה עליה משמעותית.

[Elad Barkan @ebarkan]

דעה לא פופולרית: יש מקום לשקול כעת סגר קצרצר על סופ״ש ארוך עם בדיקת אנטיגן ביציאה - גם יקל על המשק והתחלואה עם הורדה מהירה של הגל.

[כאן חדשות @kann_news]

פרופ' דורון גזית, חבר בצוות ניטור המגפות של האונ' העברית, ל-@kereneubach: "הצעדים שנוקטת הממשלה, כמו קיצור הבידוד למאומתים ומתווה החינוך החדש, מגבירים את ההדבקות כי הם חושפים יותר אנשים לכאלו שנדבקו. בתור מישהו שמסתכל מהצד גם על בתי החולים – זה מאוד קשה לראות"
#סדריום

[Elad Barkan @ebarkan]

מזעזע. מדובר בכלי שהשימוש בו צריך להיות במקרים חריגים שבחריגים, תחת פיקוח משפטי הדוק.

[נדב איל Nadav Eyal @Nadav_Eyal]

פשוט סיפור לא ייאמן של תומר גאון בכלכליסט.

[Elad Barkan @ebarkan]

שרשור מעולה לנקודה מאוד חשובה, ובשפה פשוטה: "בשיא המגפה צריך ללחוץ על הבלם הכי חזק"-כי בשיא אנחנו כבר ב"חסינות עדר"-בעוד ההדבקות ושיבוש החיים ממשיכים במקס' לגבות מחיר. סגר של סופ"ש עם בדיקות מהירות ביציאה יועיל מאוד. ובנתיים אפשר להאט בזול-למשל בדיקות אנטיגן יומיות במע החינוך

[𐤋𐤀 𐤄𐤁𐤍𐤕𐤉 Lo hevanti @Hopozitzia]

שרשור מעולה המסביר למה גם אם הולכים על "חסינות עדר" כדאי לצמצם מגעים לתקופה קצרה דווקא כשמגיעים לשיא התחלואה. שימו לב ששיא ההדבקה בגל קורה כשמגיעים לרף חסינות עדר ומקדם ההדבקה שווה 1 (כשמקדם ההדבקה יורד מ1, מספר ההדבקות יורד)

הגרף הזה בשרשור מסכם יפה את העניין
<

[Elad Barkan @ebarkan]

המלצות מצויינות! לעיניין הנק׳ של בדיקות נרחבות: בדיקות אנטיגן כל בוקר לתלמידים מתחת לגיל 12 וצוות שטרם נדבקו - עשוי להפחית הדבקות ובידודים איפה שיש הכי הרבה מגעים באוכלוסיה הכי פחות חסינה. בשיא הגל, מיקרו סגר לסופ״ש ארוך + בדיקה ביציאה יפחית מאוד את התחלואה בירידת הגל ויקצר הגל.

[יאיר קראוס @yair_kraus]

תחזית מעודכנת של חוקרי האונ' העברית: התחלואה תתחיל לרדת בסוף החודש, עם שיא נדבקים של עד 2 מיליון. תחזיקו חזק ותנסו להחזיק ראש מעל המים. בתוך כשבועיים נגיע לכאלף-אלפיים חולים קשים מאושפזים בו זמנית. 2-5% מהם ילדים עד גיל 11. אופטימיות: בלונדון התמותה וההתדרדרות בתחלואה נמוכה מדלתא