Yutaka Saito

bioinformatics, synthetic biology, biomolecule design, protein engineering, epigenome, RNA

[Yutaka Saito @ytksai]

本手法は、タンパク質の高機能化・設計に加え、ウイルス変異の適応度予測など、限られた実験データから変異効果を予測する多様な応用への展開が期待されます。

#Bioinformatics #ProteinEngineering #ProteinLanguageModel #VariantEffectPrediction

[Yutaka Saito @ytksai]

論文がBioinformatics誌に掲載されました。
既存の相同タンパク質の実験データを、大規模な追加実験なしに別のタンパク質の変異効果予測へ再利用する、新しいデータ拡張法を提案しました。
https://t.co/9iNEW1rBkp

[Yutaka Saito @ytksai]

酵素IGPS、蛍光タンパク質GFP、SARS-CoV-2 Spikeで評価したところ、特に学習データが少ない条件で変異効果予測が改善しました。
また、配列同一性が約35%の遠縁な相同タンパク質も、データ拡張に利用できることを示しました。

[でぐでぐち(Teppei Deguchi) @degu_komerice]

博士課程での研究内容がプレプリントになりました！
機械学習を用いたタンパク質変異効果予測に関する研究です。分子シミュレーションとタンパク質言語モデルの計算値で学習データを拡充することで、少数の実験データしか得られない条件においても高い予測精度を実現しました。https://t.co/NYyebcPZLT

[Jumpei Ito @jampei2]

昨年の日分子生物学会で開催した、「ウイルス進化予測」フォーラムの開催報告を寄稿しました！
ご講演頂いた斉藤先生@ytksai、芝井さん@atsushi_shibai、今野さん@utnk1、ご来場頂いた皆様、企画者の皆様@takamitchel @KawakuboShusuke @J_191206 @nishimura_luca ありがとうございました！🦠💻

[iMeta @iMetaScience]

We're thrilled to announce that iMeta has achieved its first Impact Factor: 23.7! 🎉👏
Huge thanks to our authors, reviewers, editors, and readers for their incredible contributions!

[Yutaka Saito @ytksai]

論文「機械学習によるフラビン含有モノオキシゲナーゼの機能向上」を発表しました。タンパク質言語モデルで酵素の機能改変を行っています。静岡県立大学・渡辺先生との共同研究です。筆頭の松下博士は当研究室に2ヶ月間インターンで参加され、本件の機械学習を行いました。https://t.co/oACvB3JJ6l

[Yutaka Saito @ytksai]

@rikkun39 ありがとうございます！

[Yutaka Saito @ytksai]

本日より北里大学に教授として着任しました。新設された未来工学部の立ち上げ教員の1人としてラボを主宰し、助教2名と一緒にバイオインフォマティクスの研究と教育を推進します。また産総研にはクロスアポイントとして残り、東大との連携大学院ラボも継続します。大学院生、学振PDを募集中です！

[Yutaka Saito @ytksai]

@sese_jun ありがとうございます！頑張ります！

[Yuichiro Hara @Amiacalva]

4/1付で北里大学未来工学部データサイエンス学科の准教授に着任しました。トランスオミクス研究室で教授の河野さんとともに、私はゲノム・トランスクリプトームからオミクス研究とバイオデータの目利きができる教育を推進します。

[Yutaka Saito @ytksai]

今や生物工学はAI全体で見ても最も競争の激しい領域の1つとなり、生体分子設計の技術は既に成熟した（そのうちする）とさえ思っています。これまでの方向性を深化させつつも、何か新しいことを始めたい気分です。新しい環境から沢山の影響を吸収して頑張りたいと思っています。

[Yutaka Saito @ytksai]

もともとゲノムを読み解きたいという理学的な興味でバイオインフォを始めた自分にとって、産総研での研究は生物工学や生体分子設計への応用展開を意識する転機となりました。これは自分の興味の変遷はもちろん、産総研という特殊な環境からの影響がとても大きかったと思っています。

[分子デザインはじめました (Podcast) @Biomol_Design]

分子デザインに関わる研究者が集まってPodcastを始めました！タンパク質デザイン、核酸 (DNA/RNA)デザインについての最新トピックや文献の紹介、デザイン関連研究者のインタビューなどを通して情報発信していきますので、フォロー & リポストよろしくお願いします！
https://t.co/kBHmnuxayc

[Dolphin7473 @Dolphin7473]

産総研のテニュア型研究員の公募が出た．160人はすごすぎる
> 全領域において合計約160名程度を採用予定です。
JREC-IN Portal : 産業技術総合研究所　研究職員（パーマネント型研究員（任期無））【材料・化学領域】 https://t.co/cv4HtvRvjB

[Yutaka Saito @ytksai]

多目的量子アニーリングを用いた抗体デザインの論文が出版されました。量子アニーリングによって配列空間の探索を効率化しつつ、予測値とその安定性の両方を考慮した多目的最適化を行っています。東京大学・津田先生、東北大学・梅津先生らとの共同研究です。https://t.co/5PBBHfirQG

[Yutaka Saito @ytksai]

河合塾が運営する中高生向けの研究紹介サイト「みらいぶっく」@MiraibookI にて、私たちの人工知能によるタンパク質デザインに関する研究を紹介していただきました。https://t.co/qXx1gcttpH

[北里大学 @KitasatoUniv]

【毎日新聞】3月21日（木）、朝刊、15面。未来工学部の斎藤裕特任教授（生物工学インフォマティクス）が、生成AIを用いてアミノ酸の配列候補を探索し、目的とする機能を持つ新しいたんぱく質を合成する研究をおこなっていることが紹介されました。
https://t.co/ja8LyXWBH3