@madAniceP@Lepsik_science@RezacChem@Akademie_ved_CR "Naše metody jsou jedinečné v tom, že dokážou zpracovat velké molekulární systémy v řádu desítek minut, a přitom si zachovávají výhody mnohem náročnějších kvantově-mechanických výpočtů," říká @RezacChem.
Pův. článek: https://t.co/3DNydnRcjf
ℹ️ Více ⤵️
https://t.co/y1q4XbOi8k
Za novou metodou stojí Adam Pecina @madAniceP, Jindřich Fanfrlík, Martin Lepšík @Lepsik_science a Jan Řezáč @RezacChem z @IOCBPrague@Akademie_ved_CR. Oč jim šlo?
Když vědci hledají nový lék, cílí na určitý protein a hledají molekulu, která se na něj co nejsilněji váže. Hledají přitom ale jehlu v kupce sena, kdy musí otestovat velké množství molekul, aby mezi nimi našli takové, které mají zajímavý potenciál. To objevování nových léků výrazně zpomaluje a prodražuje. A naopak, pokud se podaří sílu vazby předpovědět a vytipovat tak molekuly, které nejlépe vyhovují zadání, pak výpočetní chemici ušetří experimentátorům práci, což vývoj léčiv významně urychluje.
Autoři studie svou metodou otestovali deset různých proteinů s velkým množstvím navázaných malých molekul (ligandů) a s různě složitou strukturou. Výsledky porovnali nejen s dalšími výpočetními metodami, ale také s laboratorním experimentem a z obojího srovnání vycházejí velmi dobře. ⤵️
Vědecký tým kolem Jana Řezáče z @IOCBPrague@Akademie_ved_CR vyvinul unikátní výpočetní metodu, která dokáže během pouhých několika desítek minut přesně popsat interakci proteinu s molekulou potenciálního léčiva. To může významně urychlit hledání nových léků. ⤵️
A universal physics-based scoring function from @RezacChem@madAniceP@Lepsik_science & J.Fanfrlík now in @NatureComms:
SQM2.20: Semiempirical quantum-mechanical scoring function yields DFT-quality protein–ligand binding affinity predictions in minutes: https://t.co/PjhadwiLRf
...great course in Olomouc organized by @caco3cz from @prfupol and Pavlo Polishchuk from @IMTM_Olomouc. Besides giving a talk, I learnt about new developments in drug design...
Barbora Švomová, původně studentka @gymjih, dnes @VSCHT, zvítězila v programu #OtevřenáVěda v kategorii Chemie a materiálové cykly s projektem „Výpočetní návrhy léků“, který zpracovávala pod vedením @Lepsik_science ve skupině Pavla Hobzy v ÚOCHB. 👏👏👏
https://t.co/gUJLqiJ5JR
#OTD | Today, we celebrate the remarkable life and contributions of Antonín Holý, a visionary scientist born on 1 September 1936. 🎂
His legacy continues to inspire generations and is still present in IOCB Prague.
This photo taken in his original office shows a recently discovered tin can that Prof. Holý used for adenosin storage during his research in 1983.
Wonder how to model intercalation of covalently linked dye to DNA? With @KhoroshyyP we used a combination of #docking and #quantum chemistry. Thanks to Tomas Kraus from @hocekm lab of @IOCBPrague for an interesting project
Real-time Imaging of Nascent DNA in Live Cells by Monitoring the Fluorescence Lifetime of DNA-Incorporated Thiazole Orange-Modified Nucleotides (Michal Hocek and co-workers) @IOCBPrague@hocekm@Lepsik_science#openaccess https://t.co/0UR9pdtauV
Universal QM-based scoring function is here! Plus publicly available dataset of protein-ligand structures and affinities. Explore, try it and come back with any comments, issues, suggestions,....
Do U trust your protein-ligand #affinity predictions?
If not, check out our universal QM-based scoring function yielding reliable DFT quality affinity predictions in minutes!
+ new high-quality benchmark #dataset available!
ChemRxiv https://t.co/jkEmXplXHE
#compchem#cadd#sbdd
Do U trust your protein-ligand #affinity predictions?
If not, check out our universal QM-based scoring function yielding reliable DFT quality affinity predictions in minutes!
+ new high-quality benchmark #dataset available!
ChemRxiv https://t.co/jkEmXplXHE
#compchem#cadd#sbdd
#SSDD23 We look forward to seeing you all in Vienna. 🥳 After the last edition of our #SummerSchool on #DrugDesign 2021 unfortunately had to take place online, we can finally see each other again in person! September 10 - 15 #SaveTheDate#pharminfo
https://t.co/nco8xcL4ps
"Structural Conservation of Insulin/IGF Signalling Axis at the Insulin Receptors Level in Drosophila and Humans" — Read it on @ResearchGate: https://t.co/tjIEMrghQa