Martin Lepsik

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Prof. Thierry Langer of University of Vienna opening 14th European Workshop in Drug Design near Siena

[IOCB Prague @IOCBPrague]

@madAniceP @Lepsik_science @RezacChem @Akademie_ved_CR "Naše metody jsou jedinečné v tom, že dokážou zpracovat velké molekulární systémy v řádu desítek minut, a přitom si zachovávají výhody mnohem náročnějších kvantově-mechanických výpočtů," říká @RezacChem.

Pův. článek: https://t.co/3DNydnRcjf

ℹ️ Více ⤵️

https://t.co/y1q4XbOi8k

[IOCB Prague @IOCBPrague]

Za novou metodou stojí Adam Pecina @madAniceP, Jindřich Fanfrlík, Martin Lepšík @Lepsik_science a Jan Řezáč @RezacChem z @IOCBPrague @Akademie_ved_CR. Oč jim šlo?

Když vědci hledají nový lék, cílí na určitý protein a hledají molekulu, která se na něj co nejsilněji váže. Hledají přitom ale jehlu v kupce sena, kdy musí otestovat velké množství molekul, aby mezi nimi našli takové, které mají zajímavý potenciál. To objevování nových léků výrazně zpomaluje a prodražuje. A naopak, pokud se podaří sílu vazby předpovědět a vytipovat tak molekuly, které nejlépe vyhovují zadání, pak výpočetní chemici ušetří experimentátorům práci, což vývoj léčiv významně urychluje.

Autoři studie svou metodou otestovali deset různých proteinů s velkým množstvím navázaných malých molekul (ligandů) a s různě složitou strukturou. Výsledky porovnali nejen s dalšími výpočetními metodami, ale také s laboratorním experimentem a z obojího srovnání vycházejí velmi dobře. ⤵️

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Základní výzkum na pomezí organické chemie, strukturní biologie a počítačových věd může pomoci zefektivnit vývoj nových léků.

[IOCB Prague @IOCBPrague]

Vědecký tým kolem Jana Řezáče z @IOCBPrague @Akademie_ved_CR vyvinul unikátní výpočetní metodu, která dokáže během pouhých několika desítek minut přesně popsat interakci proteinu s molekulou potenciálního léčiva. To může významně urychlit hledání nových léků. ⤵️

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@AnneImberty Thank you, @AnneImberty . There are neither glycomimetics, nor calcium yet but it is on my mind...

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Rational drug design finally (nearly) solved. 😀

[IOCB Prague @IOCBPrague]

A universal physics-based scoring function from @RezacChem @madAniceP @Lepsik_science & J.Fanfrlík now in @NatureComms:
SQM2.20: Semiempirical quantum-mechanical scoring function yields DFT-quality protein–ligand binding affinity predictions in minutes: https://t.co/PjhadwiLRf

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

...great course in Olomouc organized by @caco3cz from @prfupol and Pavlo Polishchuk from @IMTM_Olomouc. Besides giving a talk, I learnt about new developments in drug design...

[Karel Krápník Berka @caco3cz]

Second #7ADD lecture by @Lepsik_science was on QM in drug design

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@spiwokv @IOCBPrague @RezacChem @madAniceP @NatureComms dik, @spiwokv

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@konvalinka_jan @IOCBPrague @RezacChem @madAniceP @NatureComms diky moc, @konvalinka_jan

[IOCB Prague @IOCBPrague]

Barbora Švomová, původně studentka @gymjih, dnes @VSCHT, zvítězila v programu #OtevřenáVěda v kategorii Chemie a materiálové cykly s projektem „Výpočetní návrhy léků“, který zpracovávala pod vedením @Lepsik_science ve skupině Pavla Hobzy v ÚOCHB. 👏👏👏

https://t.co/gUJLqiJ5JR

[IOCB Prague @IOCBPrague]

#OTD | Today, we celebrate the remarkable life and contributions of Antonín Holý, a visionary scientist born on 1 September 1936. 🎂

His legacy continues to inspire generations and is still present in IOCB Prague.

This photo taken in his original office shows a recently discovered tin can that Prof. Holý used for adenosin storage during his research in 1983.

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@rabin_lo Thanks,@rabin_lo

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Wonder how to model intercalation of covalently linked dye to DNA? With @KhoroshyyP we used a combination of #docking and #quantum chemistry. Thanks to Tomas Kraus from @hocekm lab of @IOCBPrague for an interesting project

[Angewandte Chemie @angew_chem]

Real-time Imaging of Nascent DNA in Live Cells by Monitoring the Fluorescence Lifetime of DNA-Incorporated Thiazole Orange-Modified Nucleotides (Michal Hocek and co-workers) @IOCBPrague @hocekm @Lepsik_science #openaccess https://t.co/0UR9pdtauV

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@AnneImberty Beautiful mountains and plants, @AnneImberty

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

@AnneImberty @KhoroshyyP @hocekm @IOCBPrague Thanks, Anne.

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Universal QM-based scoring function is here! Plus publicly available dataset of protein-ligand structures and affinities. Explore, try it and come back with any comments, issues, suggestions,....

[Adam Pecina @madAniceP]

Do U trust your protein-ligand #affinity predictions?
If not, check out our universal QM-based scoring function yielding reliable DFT quality affinity predictions in minutes!
+ new high-quality benchmark #dataset available!

ChemRxiv https://t.co/jkEmXplXHE
#compchem #cadd #sbdd

[Adam Pecina @madAniceP]

Do U trust your protein-ligand #affinity predictions?
If not, check out our universal QM-based scoring function yielding reliable DFT quality affinity predictions in minutes!
+ new high-quality benchmark #dataset available!

ChemRxiv https://t.co/jkEmXplXHE
#compchem #cadd #sbdd

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Honoured that I was awarded a slot to talk about #quantum mechanical #scoring in drug design which we do at @IOCBPrague supported by @IOCBTech

[Pharmacoinformatics Research Group @PharminfoGroup]

#SSDD23 We look forward to seeing you all in Vienna. 🥳 After the last edition of our #SummerSchool on #DrugDesign 2021 unfortunately had to take place online, we can finally see each other again in person! September 10 - 15 #SaveTheDate #pharminfo
https://t.co/nco8xcL4ps

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

Honoured that our paper was selected for this "News and Views" editorial.

[IOCB Prague @IOCBPrague]

"First reaction" letter introducing the paper from Anna Bernardi of @lastatale & Franck Fieschi of @UGrenobleAlpes labs, with Martin Lepšík @lepsik_science of @IOCBPrague, in @ACSCentSci ⤵️
https://t.co/ArsWWmFUOd

[Martin Lepsik @Lepsik_science]

"Structural Conservation of Insulin/IGF Signalling Axis at the Insulin Receptors Level in Drosophila and Humans" — Read it on @ResearchGate: https://t.co/tjIEMrghQa