Makoto Suzuki

Assoc. Prof. at ARC, Hiroshima Univ. Developmental biologist studying #morphogenesis and #NTDs using #xenopus and #zebrafish.

[Huiluo Cao 曹慧荦 @hlcao]

PlasmidGPT: A generative framework for plasmid analysis and generation | Science Advances https://t.co/QYCrX1g1t3

[三谷 純 Jun MITANI @jmitani]

Google DeepMind の研究者が筆頭の、AIを使った折紙設計の論文

https://t.co/SPtL0VSq97

[Science Magazine @ScienceMagazine]

As living fossils, lampreys, such as this Far Eastern brook, provide an irreplaceable model for reconstructing the ancestral vertebrate brain.

The first single-cell three-dimensional lamprey brain atlas reveals that the vertebrate common ancestor (~500 million years ago) already had a highly regionalized brain, and subsequent neuronal specialization likely drove vertebrate brain diversification.

Learn more this week in Science: https://t.co/a9LAa6GKBY

[Development @Dev_journal]

An essential role for actinotrichia in #zebrafish fin patterning and courtship behavior

Read this #OpenAccess Research Article from our special issue #DevSIextracellular by Paulina Hanzelova, Marie-Andrée Akimenko and colleagues.

https://t.co/zZ48qRv0aL

[Nature Japan @NatureJapan]

受精卵で父と母のゲノムはなぜ「別居」するのか 前核どうしの競合が発生能を支えていた
京極 博久、北島 智也 氏らの@Nature #OA #論文 #発生生物学 #細胞生物学
Cytoplasmic competition between separate parental pronuclei in zygotes
https://t.co/R0KVTysauS
#オープンアクセス
＠RIKEN_JP

[九州大学 @KyushuUniv_JP]

“ヤゲン軟骨の秘密”を解明
飛ぶ鳥と走る鳥で異なる胸骨の形はどう生まれるのか
#九州大学 #九大研究成果 #九大 #KyushuU
https://t.co/EL8T5fJAqE
📗 https://t.co/c9r8hyl21c

[ぜのぱす（初代_凍結から快復） @Xenopus007]

【高分子機能学】全ゲノム倍加の起こり方が細胞の運命を左右 ～発生・老化・がん・進化の理解に資する基盤原理～ https://t.co/Yz9hE5Jc0A

[Katie Galloway @GallowayLabMIT]

Could the folding of synthetic gene circuits in 3D shape how genes are expressed? Today @ScienceMagazine we report on the role of gene syntax in shaping feedback between transcriptional activity and genome folding for advanced circuit design🧵 (1/n)

[Breeding Science @Breed_Sci]

#DNAマーカー特集号 発刊！

DNAマーカー育種はどこまで現場を変えたのか？
基礎研究から実用化への道のりは想像以上に複雑で、挑戦の連続でした。本特集号では、その現在地を第一線の研究者が総括しました。

🌾 イネ・ダイズ・コムギ
🍓 イチゴ・トマト
🍵 チャ・カンキツ

https://t.co/5nbPvjngCg

[ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi]

プログラミング初心者な実験生物学者がVibe codingで研究加速するうえで知っておきたいコンピュータサイエンスやプログラミング、バイオインフォの基礎だけを抽出したドキュメントを公開しました 。「はじめに」だけでも読んでみてください。URLは次の投稿で

[Kanda S @ShinjiKanda]

https://t.co/pTWsjtvOiG　https://t.co/EfsiS14Chz

[Tohru Yano PhD @ToY_twittest]

Amniote traits and terrestriality in an early amphibian https://t.co/mfCeFU9QLL preprintはいつもツイートせずイイネ押すのみだけど、Ahlbergがコメント投稿してる様子が面白かったので

[Claire Bedbrook @clairebedbrook]

Aging may feel gradual… but what if it’s not?
In our paper out today, we tracked fish continuously from puberty until death.
This gave us a unique view of how aging unfolds across the adult lifespan.
🧵

[Takeshi Imai @TakeshiImaiLab]

機能を保ったまま生きた脳組織の透明化を実現した論文がNature Methods誌に掲載されました。
2013年に固定組織の透明化法を発表した当初、「いつか生きたまま透明にできますか？」という質問を幾度となくされて、常にNoと答えていたのですが、ついに実現しました！
https://t.co/joMB5odihK

[新村毅 Tsuyoshi Shimmura @shimmura_t]

動物の闘争戦略（攻撃的に戦うか防御しながら戦うか）を決めるメカニズムを明らかにした論文がMolecular Biology and Evolution @MolBioEvol に掲載されました！論文URLはこちら↓
https://t.co/WElsmu5dFS

[Makoto Suzuki @mako_bio]

@shimmura_t @MolBioEvol おめでとうございます！読んでみます！

[花田耕介 kousuke hanada @Hanada_Kyutech]

Scienceに、重複遺伝子の冗長性を保存する選択圧に関係しそうな論文が出ていたので、私見を書いてみます。

重複遺伝子を欠損させても、他に冗長なコピーがあるため表現型が出にくい。こうした重複遺伝子が遺伝的頑健性（genetic robustness）に貢献しているという考えは、私がお世話になったWen-Hsiung LiらがYeastで提唱しました(nature 2003)。その後、YeastだけでなくC. elegans、A. thaliana（これは私の論文, GBE 2009）でも見出されています。ただ　mouseは微妙です。

特に、重要な機能を持つ遺伝子ほど冗長性が高い傾向がある、ということも私は示しました(認められているかは知りません)。ただ一方で、「よほど遺伝子が機能するときにエラーする確率が高くない限り、冗長性を維持する選択圧は働きにくい」というシミュレーション研究もあり(nature 2007)、なぜ冗長な機能を持つ重複遺伝子が多数存在するのかは私の中では謎でした。

そんな中で今回のScience論文。重要な遺伝子に変異が入ると、そのmRNAをNMDなどで分解し、その配列に相同な遺伝子の発現を上げて補償する仕組みがあることを示しています。つまり、生物は「バックアップ」をメカニズムとして持っている可能性があります。

ただ、それでも「なぜ重要な遺伝子ほど冗長性が高いのか」という進化的な説明は、まだ完全にはついていない気がします。このあたりも含めて、バックアップ機構がなぜ存在するのかを進化の観点からスッキリ説明したいところです。私はできそうもないです。誰かやってください！

https://t.co/mzEl4VPwoP

[Nature Reviews Molecular Cell Biology @NatRevMCB]

New Online! Neural crest gene regulatory networks as drivers of development, diversification and disease https://t.co/1QzNXCOqg4

[内藤健 @drk0311]

知らん間に公開されてたポスドクさんの論文。Orthofinderは遅いので、miniprot + pangeneのCNV解析でシングルコピーと判定される遺伝子を使って系統樹を描くプログラムCUSCO（Curating Single-Copy Orthologs）を公開。爆速かつ正確、かつ倍数体も扱えるというスグレモノ。https://t.co/jumOynTkNW

[Tohru Yano PhD @ToY_twittest]

Dorsoventral limb patterning in paired appendages emerged via regulatory repurposing of an ancestral posterior fin module https://t.co/KG4e2thwoZ