Roy Ronen

Husband. Father. Bioinformatics Data Hacker. Tweets my own.

[Dvir Bashan @notevildvir]

לשני דברים המוח שלי לא מצליח להתרגל:
1. מה שדני אבדיה עושה השנה
2. זה

[𝄃𝄃𝄂𝄂𝄀𝄁𝄃𝄂𝄂𝄃-⚪ Yaniv Erlich יניב ארליך @the_yaniv]

פרופ׳ פאולה פקוצ׳יני הביטה במחשב. האיימיל שכל חוקר מייחל לו נחת שם בתיבה. זה היה יום קיץ נוח ושמשי בבוסטון ופאולה ידעה שזה הולך להיות קיץ מרגש. חצי שנה קודם לכן, רגע לפני חופשת הכריסטמס, היא הגישה מאמר ל Science, אחד משני כתבי העת המדעיים הטובים בעולם.
https://t.co/nOxWKSWl6g

[Eitan Chitayat @EitanChitayat]

No mobs. No hate. No screaming. Just facts.

The story of Israel in 3 minutes.

By @naftalibennett

[נדב איל Nadav Eyal @Nadav_Eyal]

1/הטור שלי הבוקר בידיעות אחרונות: "עבור הזכר המקודש של המתים, אני כותב את הדברים כפי שהם. ללא ניסיון לייפות, ובלי צנזורה עצמית. כך צריך כשאין מילים לתאר את ההפתעה, ואת הזוועה. בבוקר בו מאות משפחות בישראל איבדו את יקיריהן ומבכות את מה שהיה ולא ישוב.
לפני עריכת החשבון ותיאור המחדל, הנה אמיתה אחת: חמאס, ארגון טרור פונדמנטליסטי ורצחני, הוא האויב. אפילו טעויות רבות, קשות מנשוא, כאלה שעליהן שילמנו מחיר יקר, לא צריכה להסוות את האמת הזו. חמאס הוא האויב. הארגון הזה ניסה והצליח להרוס פה כל סיכוי לשלום, להסדר, או אפילו רגיעה במשך עשרות שנים. הוא התארגנות המבוססת על תאוות חיסול למדינת ישראל ורצח המוני של אזרחיה. היו שסברו שאפשר להשתמש בחמאס, לצורך הפיצול הפנים-פלסטיני וכדי למנוע מדינה פלסטינית. אחרים האמינו שהוא יתמתן עם השנים, או יבלום את עצמו אם החיים ברצועת עזה ישתפרו. ממשלות נתניהו, אחת אחרי השנייה, ניסו להתקיים לצד חמאס, עם "סבבים" ומלחמה בלתי נגמרת. הנה הדבר הראשון שגילינו אתמול: זה בלתי אפשרי. גם אם יש רגיעה, ויש פועלים פלסטינים שעובדים בישראל, חמאס ימתין לרגע המתאים כדי לחולל טבח המוני. קאטו הזקן, איש רומא, היה מסיים כל נאום שלו בציווי: ואת קרתגו צריך להשמיד. לפעמים אומות נתקלות באויב כה מר, שאי אפשר להתקיים לידו.
למרבה הצער, התגלו אתמול דברים רבים נוספים. על עצמנו.
גילינו שחיל המודיעין שלנו, שהושקעו בו מאות מיליארדי שקלים לאורך השנים, שנחשב לפאר השכל הישראלי, לזרע שממנו צמחה תעשיית ההייטק – לא הצליח לספק למדינת ישראל את הדבר החשוב והקריטי ביותר. התרעה. אזהרה מפני מהלומה אסטרטגית. 50 שנים אחרי הפתעת אוקטובר, אחרי הכישלון המחפיר של אגף המודיעין, הוא כשל שוב. אז, ערב מלחמת יום הכיפורים, התחולל ויכוח פנימי; הנושא הובא להכרעת הדרג המדיני, לאור ידיעות עקשניות על אפשרות למלחמה. ב-2023, עד כמה שידוע לנו הבוקר, לא התחולל כלל ויכוח כזה. מול זירה פשוטה יחסית, חשופה, קרובה וקריטית כמו רצועת עזה, ישראל התגלתה כעיוורת. סומא באפילה. כיצד יהיה ניתן לסמוך על הערכות המודיעין הבוקר – ביחס לאיראן, חיזבאללה וכל השאר – כאשר מוחמד דף, אויב מר אך מוכר, הצליח לשטות בהם ובמידה רבה בשירות הביטחון הכללי.
בניגוד למלחמת יום הכיפורים, כאן לא מדובר על קו גבול שמשתרע על כל תעלת סואץ ורמת הגולן. זו רצועת עזה. ובניגוד למלחמה ההיא, כאן אלה בעיקר אזרחים שנאלצו להילחם, לעתים קרובות לבדם, על חייהם. במלחמת 23' אזרחים נרצחו, נחטפו מביתם, הובלו לרצועת עזה כמו מטען אנושי, עם תמונות קורעות לב והופכות קרביים שלא חשבנו שייראו אי פעם בתולדות ישראל. נשים וילדים שנשבים באיומי רובה. גופות ישראליות שמועמסות על טנדרים ומובהלות לעזה לצהלת ההמון. טבח חפים מפשע במהירות ובהיקף שלא נראה כאן. חגיגות זדון ושידורים חיים מתוך יישובים ישראלים. ב-73' צה"ל ניהל קרבות קשים בכל נקודה, וכך ניצלו האזרחים. מלחמת יום כיפור? לא. מה שראינו אתמול היה פוגרום. אמיתי. ניסוי כלים לרצח עם. לא הקרב בחווה הסינית, אלא קישינב.
במלחמת יום הכיפורים, עיקר המחדל היה מודיעיני. ב-2023, היה מחדל ענק בכמעט כל רמה שאפשר לחשוב עליה. בעיקר ביכולת הביצוע והלחימה של מערכת הביטחון. ונניח שהמודיעין מעריך שחמאס לא יתקוף. האם מערכת הביטחון המפוארת שלנו, שבה הושקעו מיטב משאבינו, אומרת כי במצב כזה תושבי עוטף עזה מופקרים לגורלם? במשך כמעט יום שלם? אזרחיות ואזרחים מתקשרים, בוכים ומתחננים לעיתונאים ומבקשים שצה"ל יגיע אליהם, שעות ארוכות? יום של אימה? מסתירים את ילדיהם בשעה שהמחבלים מנסים לפרוץ לביתם או מעלה אותו באש?
האם צה"ל הגדול, אחד הצבאות החזקים בעולם לכאורה, לא יכול תוך שעתיים-שלוש להגיע לכל נקודה בישראל שיש בה השתלטות מחבלים, גם כאשר מדובר בחדירה נרחבת? אולי לא להכריע מייד בכל קרב, אולי לא לחסל את המחבלים – אבל לפחות ליזום מגע ולנהל אש? מעבר לאבדן הכבד בחיי אדם, אי אפשר שלא לחשוב עוד כמה ישראלים ימותו בגלל שאויבינו המרים, מטהרן ועד ביירות, זיהו חולשה. הריחו את דם אחינו ואחיותינו המתפשט במים.
אמש שוחחתי עם אדם עם ניסיון רב, ביטחוני וצבאי. הוא היה בהלם – המילה היא הלם - מההתנהלות של מערכת הביטחון והממשלה. "במצב כזה", הוא אמר, "מורידים לדרום כל מה שיורה. לא עושים תכנון מורכב. זה מצב חירום. חותרים למגע עם מחבלים בכל יישוב, בכל נקודה. במהירות. מבחינתי שיורידו פלוגת תותחנים מאימון בגולן. שיביאו פאקינג משמר אזרחי. מה שצריך. מה קרה להם? איך הם לא הבינו שהעיקר זה הפעלת כוח, מספרים, בעוצמות?".
לא הייתה לי תשובה. ואין לי תשובה גם כעת. יש רק דבר אחד שמשותף למה שהתרחש אתמול ול-1973: הנס של ישראל הוא אנשיה ונשותיה.

[Pawel Pachniewski @pwlot]

Reminder: a list of "Nowhere near solved" issues in AI, from "A brief history of AI", published in January 2021.

[Paul Graham @paulg]

Oklahoma plans to kill Richard Glossip on May 18. The state's own attorney general has said that this would be a "grave injustice," but other people in Oklahoma are determined to go ahead and kill him. Sound crazy? Keep reading; it gets crazier.

[Data4Cure @Data4Cure]

We are at #AACR2023 today presenting our large scale integration and analysis of scRNA-seq data related to #immunotherapy response

LB176: Interrogating the single cell immune checkpoint inhibition atlas to decipher ICI response mechanisms

https://t.co/3yrqJ8i9v9

[David Chapman @Meaningness]

Prophesy: Leo Szilard—the physicist who first conceived of the nuclear chain reaction and who urged the US to undertake the Manhattan Project—explaining how science would stagnate, in 1948. https://t.co/0NCSFElvOg

[Tim Urban @waitbutwhy]

To understand why this is such a depressing development, watch this video:

https://t.co/koMMIwcmdj

[Jackie Singh @HackingButLegal]

This, out of #Ukraine, is 100% one of the most incredible videos I have ever seen.

This Russian POW has the heart of a lion 🦁

[Roy Ronen @roy_ronen]

@erlichya Phew. Thank the bench press gods!

[Roy Ronen @roy_ronen]

@erlichya @dinazielinski Congratulations Dina!

[Eran Segal @segal_eran]

Project 10K: Our large-scale 10,000 person cohort aimed at devising predictive models of disease onset & identifying novel diagnostic, prognostic and therapeutic markers

Preprint: https://t.co/u4r1RRU3eF

>5000 already profiled

In Israel? Join here: https://t.co/YY2AYbYdnd

[Eran Segal @segal_eran]

Israel: 63% of all 16 y/o and above vaccinated or recovered

Graphs of cases and severely ill in different age groups relative to their vaccination times

Major drops in the first vaccinated age groups: 60 y/o and above and 55-60

National pandemic numbers are gradually declining

[Eran Segal @segal_eran]

Israel: For the first time in the pandemic, there were fewer COVID-19 hospitalizations this week in the 60 y/o and older age group than in the 60 y/o and younger age group

The 60 y/o and older were first to vaccinate and 91% of them have been infected or vaccinated to date

[Eran Segal @segal_eran]

Israel: We say with caution, the magic has started

Note blue lines, of 60+ years old (first to vaccinate), in the past 2 weeks:

~35% drop in cases
~30% drop in hospitalizations
~20% drop in critically ill

Stronger than in younger people & not seen in previous lockdown

>>>

[Eran Segal @segal_eran]

Updated with another day: The trend continues

Blue lines, of 60+ years old (first to vaccinate), in the past 2 weeks:

~41% less cases
~32% less hospitalizations
~27% less critically ill

*** remember caveats and biases of real world data ***

[Eric Lander @eric_lander]

Humbled and excited to serve as WH science advisor for President-elect @JoeBiden. He has assembled a diverse team of brilliant scientists and is elevating the role of science. So much to be done, and it will take everyone working together. #Scienceisback!

[Yun S. Song @yun_s_song]

Here are my lecture notes on Computational and Mathematical Population Genetics that I have been sporadically working on for several years. I don't know whether I will ever be able to finish, so decided to release them now. Please share with your friends: https://t.co/MdyxtXoK31