TKS

[TKS @HomareZuki]

昨年出した論文がBiophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2023を受賞しました！
https://t.co/5p2cQVpHcp
Phenotypic systems biology for organisms:Concepts, methods and case studies
表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ
https://t.co/cuOpsBESp8
より一層励みます。

[TKS @HomareZuki]

論文が出ました
Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies
表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ
https://t.co/WAYmUQnYf3

遺伝子中心のシステム生物学を、表現型（形態、行動、生活史など）に拡張する野心的な試みです。新分野の創出を目論みます

[Yuki NISHIMURA @ynishimuraLv]

PhyloCNN: Improving Tree Representation and Neural Network Architecture for Deep Learning from Trees in Phylodynamics and Diversification Studies
https://t.co/vHIiXVeoq3

[UC San Diego Systems Biology @ucsd_sbrg]

The catabolite repression response has been considered to be the hallmark of E. coli’s substrate preferences. A detailed study including over 700 transcriptomes and 43 nutrients now shows, using iModulons, a 4 layered substrate selection logic in E. coli. https://t.co/ml1D6pO8Ha

[『動物系統分類学』 Systematic Zoology Comprehensive Guide t @nkymzd]

『動物系統分類学』のカバーデザインが決まりました。こんな立体イメージです♪

[Kazu Arakawa @gaou_ka]

最強生物クマムシの研究者が「日本酒のゲノム解析」に挑む理由とは？ https://t.co/b6L7EIcErw INNOVATIA - 知の共創コミュニティ

[学術変革領域研究（A）EPIC Assembly 進化情報アセンブリ @EpicAssemblyJp]

領域A02班による、果実食鳥類マイコドリの求愛行動の進化に関する研究が Current Biology誌に掲載されました。食性の変化が味覚や消化酵素の機能の変化を伴い、求愛行動の進化を駆動した可能性が示されました。

https://t.co/N0RxYZeny6

[ちくま新書 @ChikumaShinsho]

【７月新刊】
『昆虫はなぜ海にいないのか』
朝野維起 著

生命科学の成果から、地球最大の種の謎に迫る。
１００万種以上の存在が確認され、地球上で最も繁栄している生物ともいわれる昆虫。分子生物学・ゲノム科学を含む昆虫研究の成果から、海にいない理由に迫る。

[学術変革領域研究（A）EPIC Assembly 進化情報アセンブリ @EpicAssemblyJp]

領域のB02班(数理情報班)による論文がSpringer NatureのCognitive Neurodynamicsに公開されました。ヒト実験と同じ画像入力で、組み合わせをカオス探索し、ひらめくまでの時間の統計的特徴がヒトと似ることを示しました。ひらめくAIへの第一歩として期待されます。 https://t.co/GFGZuODVzY

[学術変革領域研究（A）EPIC Assembly 進化情報アセンブリ @EpicAssemblyJp]

B01班の研究がDevelopment（@Dev_journal）に掲載されました。動物組織において細胞サイズを精緻に調節する新たなメカニズムを発見しました。掲載号の「People behind the Paper」でも紹介されています。 @SugimuraLab
https://t.co/bdjMGxEBbs
https://t.co/eMsaPo0Bup

[Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC]

https://t.co/RziVIi90rk
スピングラス模型つかったscRNAseqがCell通ってる！
摂動条件に対応する埋め込みベクトルhを外部磁場に対応させてネットワークJは条件全体で共通にして、すべての摂動条件に対して同時に最尤推定でJ,hを決定→１つの条件hに対する条件付き分布P(s|J,h)でスピン状態をサンプル

[日本の研究.comニュース @rjp_news]

【注目プレスリリース】濡れると模様が消える？樹上性カタツムリの動的カモフラージュを解明 有機膜の微細構造によるカモフラージュと収斂進化の発見 / 東京大学 https://t.co/ECPii0jZzE

[thmonk @thmonk_pf]

八目鰻からの脳進化

脊椎動物の共通の祖先は既に明確な解剖学的領域と多様な細胞集団を持つ極て洗練された脳の設計図を備えていた

進化に於て脳の複雑性は単に新領域の追加だけでなく古くからの細胞の専門化/空間的再編成によっても増大

#phylogeny
#vertebrate
#papers
https://t.co/hR3ErB2DXd

[Evgenii Protasov @protasov_evgeni]

Histone diversity in the archaeal domain of life
#microbiology #archaea #histones
@NatureComms
https://t.co/R7GW3u3V5z

[YONEOKA🪴 @yoneoka1915hap]

植物–送粉者ネットワークを「送粉者種」単位ではなく、「個体」単位で解析すると、同じ送粉者種のなかにも強い採餌ニッチ分化が存在する可能性が示された。

https://t.co/IEC3YyHSWt

[evo-devo @Xiaojie_Qiu]

Preprint: https://t.co/KbRHMNx2WB
Package: https://t.co/IvpsmWnGng

[evo-devo @Xiaojie_Qiu]

Excited to share Navigo, our first step toward building an AI-powered Virtual Embryo!

By integrating flow matching at the population level with RNA kinetics modeling at the molecular level, and learning developmental dynamics from 12.4 million single cells across 43 embryonic time points, Navigo transforms static snapshots into a continuous, generative model of embryogenesis. The model enables:

1. 🧬 Predicting developmental trajectories across the entire mouse embryogenesis
2. 🫀 Enabling disease modeling by mechanistically resolving regulatory networks that distinguish congenital heart disease subtypes
3. 🧪 Zero-shot genetic perturbation prediction and uncovering lineage-specific gene-compensation mechanisms
4. 🔬 Rational cell-fate engineering, exemplified by fibroblast reprogramming analyses, including identifying pro-fibrotic barriers to cardiac fates and evaluating hundreds of pairwise transcription factor combinations for neuronal fate, each consisting of one bHLH factor and one POU factor

We hope this represents an important milestone toward predictive, in silico developmental biology, where virtual embryos can help us understand, simulate, and eventually engineer development.

A huge congrats to @YiminFanCUHK from Dr. Yu Li's group at CUHK on this awesome work and all members in my lab and collaborators who made this work possible, and especially to @LaudeInstitute for supporting our vision of building AI-native virtual embryos.

We also thank @JShendure @CXchengxiangQIU @junyue_cao @malte_spielmann @XingfanH Jana Henck and @coletrapnell for reporting the original studies and for producing the data we used for training and prediction!

[Mizushima Lab (UTokyo) @MizLabUT]

新しい論文が@ScienceMagazineに掲載されました！神経組織でオートファジーを自在にオン/オフできるマウスを開発し、一度抑制したオートファジーを再開することで、神経細胞の異常や脳機能障害の回復を実証しました。江口さん、おめでとうございます！https://t.co/kegmU08mcY

[Yuki NISHIMURA @ynishimuraLv]

Antibiotics stimulate protein transfer to persister cells
https://t.co/z8ZAXRvqDB

[Yuki NISHIMURA @ynishimuraLv]

Predicting optimal growth temperatures of bacteria using learned structural information from a single protein
https://t.co/lZgDmFL4or

[Hoyaboya @Hoyaboya11]

Wang et al. (2026-06, Proc Biol Sci)
「ゲノム系統学により100年来の『ジュズヒゲムシ問題』が解決される：ジュズヒゲムシ類は多新翅類の中で最初に分岐した系統である」
Phylogenomics resolves the century-old ‘Zoraptera problem’: Zoraptera as the earliest diverging lineage of Polyneoptera

[バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト @Bio_stations]

脳の進化基盤に迫る

生きた化石とも言われるヤツメウナギをモデルに、空間トランスクリプトームとシングルセル解析でアトラスを作成。主要な脳領域は既に形成されていること、遺伝子重複が脳進化のカギになった可能性などを発見
https://t.co/eO0pYgQUM7