Radoslaw Pluta

PhD, structural and molecular biology of gene regulation

[Patrick Hsu @pdhsu]

Today in @ScienceMagazine, we report a new DNA editing technology to seamlessly write massive changes into the right place in the human genome.

The reason gene editing hasn't transformed human health is that current gene editing technologies like CRISPR are very limited.

The problem with CRISPR is that it cuts up your DNA, and then hopes that unreliable cellular DNA repair will make the wanted edit. @geochurch famously called it genome vandalism. More precise versions of CRISPR only edit less than 100 bases - often only a single base. Therefore, it's not suited to make large changes safely.

However, most diseases are not the result of mutations in one location. Instead, their causes are spread all across the 3 billion base pairs in the genome.

We found bridge RNAs in bacterial “jumping genes” that allow us to make safe and arbitrary changes (insert, cut out, or flip) to every nucleotide within (up to) a 1 million bp sequence in your DNA.

In the paper, we show that we can correct the disease-causing DNA repeats that cause Friedreich's ataxia (which is a rare neurological disease). The same approach could be applied to Huntington’s and other repeat expansion disorders.
At @arcinstitute, we're working towards a full Turing machine for biology. Evo, our DNA foundation model, helps us design the optimal healthy DNA sequences. And Bridge recombination gives us the ability to seamlessly write these changes into the right place in the genome.
This work was a wonderful collaboration with my @arcinstitute cofounder @SKonermann and led by the indefatigable @ntperry13, alongside our amazing bridge editing team: @BartieLiam @dhruvakatrekar @Gabogonzalez515 @mgdurrant @james_jw_pai @AlisonFanton Juliana Martins Masa Hiraizumi @chiaroscurale @hnisimasu

[anna wittenberg @annawitten]

▶️Rok pracy i ponad 600 tys. zł - tyle kosztowało stworzenie zakładu obliczeń kwantowych w @NASK_pl. Kierował nim jeden z najlepszych polskich teoretyków młodego pokolenia.
▶️Po zmianie władzy, kurs się zmienił, pieniądze dla naukowców się skończyły, a rada naukowa rozwiązała zespół.
▶️W tle: niepewny los grantów i zawiedzione zaufanie naukowców, których najpierw ściągano (także z zagranicy), a potem gdy zrezygnowali z innych propozycji oznajmiono, że nic z tego nie będzie.

Zapraszam jutro do @DGPrawna. Link do tekstu w komentarzu👇

[Piotr Sankowski @piotrsankowski]

Przede wszystkim chcę zacząć od słowa: dziękuję. Tym, którzy tak licznie zaangażowali się we wsparcie dla mnie, mojego zespołu, tego co robiliśmy i bardzo chcemy robić nadal.

@IDEAS_NCBR to projekt, w który zaangażowałem się aby budować AI w Polsce. Po to aby kluczowe dla rozwoju nauki rzeczy działy się tutaj, a nie za “wielką wodą” i przy udziale wszystkich osób, mogących realnie wspierać aspiracje Polski w tym zakresie. Założeniem IDEAS było i jest tworzenie wspólnej płaszczyzny dla tych, którzy chcieli tworzyć polskie rozwiązania w obszarze AI i uczenia maszynowego oraz wspierać badaczy w tym obszarze. IDEAS wspólne z uczelniami kształci młodych naukowców: w uczelniach robią oni doktoraty, jednocześnie w ramach IDEAS pracują w zespołach nad dodatkowymi projektami badawczymi umotywanymi zastosowaniami, co miało ich zachęcić do pozostania w Polsce. IDEAS zachęciło i zachęca czołowe polskie i zagraniczne nazwiska do prowadzenia i pracowania w tych zespołach w Polsce, tworząc wzorowany na najlepszych wzorcach model komercjalizacji, przez spółki spin-off, z aktywnym udziałem twórców. Z biznesem rozpoczęło wzorcową pracę nad projektami zmieniającymi całe branże. Założenia te były wynikiem szerokich konsultacji, zaś ich realizacja spotykała się z aprobatą naszych interesariuszy: nauki i biznesu w kraju i za granicą.

Zawsze o tym mówiłem, że bardzo bym chciał, aby naukowcy mieli szansę pracować w Polsce nad pionierskimi badaniami i także przyjeżdżali do Polski w tym celu. Ten cel nigdy nie był łatwy, a nasza organizacja od początku mierzyła się z wieloma wyzwaniami. Mimo to udawało nam się żeglować w taki sposób, aby ten nasz wspólny okręt nie dał się sztormom i szkwałom. Przede wszystkim dlatego, że wspólnie wierzyliśmy i realizowaliśmy idee IDEAS. To ogromna praca, wiele nieprzespanych nocy oraz niezliczona liczba rozmów, a przede wszystkim zapewnień partnerów, że organizacja, którą tworzymy jest stabilna. Bez tego nie byłaby w ogóle możliwa współpraca badawcza z wiodącymi firmami technologicznymi, takimi jak Amazon, Snowflake, xAI, ani konstruktywnej współpracy edukacyjnej z 11 polskimi ośrodkami naukowymi.

IDEAS to naprawdę nie był łatwy projekt, ale się udało i osiągnęliśmy bardzo wiele. Przede wszystkim nasza instytucja została trwale wpisana w międzynarodową tkankę badawczą skupiającą najlepsze instytucje na świecie i w Europie, np. ELLIS, ADRA, projekt ELIAS, a także liczne inne projekty badawcze, np. NCN, czy ERC i to wszystko w zaledwie trzy lata od początku tej instytucji. Spływające ze świata głosy wsparcia nie są przypadkowe i wyraźnie potwierdzają jakość wykonywanej przez nas pracy.

Właśnie dlatego tak doskonali naukowcy zajmujący się AI i uczeniem maszynowym jak Marcin Moskalewicz, Bartłomiej Twardowski, czy Przemysław Musialski wrócili po wieloletnich pobytach za granicą do Polski wierząc, że jest długofalowa szansa na budowanie swojej kariery naukowej właśnie tutaj. Dla mnie osobiście najsmutniejszym momentem jest ten, gdy usłyszałem od nich, że ponownie rozważają wyjazd z Polski. Ostatnie miesiące naszej działalności nie należały do najłatwiejszych, choćby uniemożliwianie nam podpisana okupionych wielomiesięczną pracą i wynegocjowanych umów z wybitnymi badaczami zagranicznymi, posiadaczami prestiżowych grantów Europejskiej Rady Naukowej (ERC), którzy byli gotowi przyjechać do Polski.

Dlaczego poprzez niezrozumiałe i nagłe odchodzenie od działających strategii tak efektywnie zniechęcamy najlepszych badaczy do pracy w naszym kraju, który w tym samym czasie odnosi tak ogromne sukcesy ekonomiczne? Czy naprawdę w momencie gdy staliśmy się krajem wysoko rozwiniętym, nie stać nas na zatrudnianie najlepszych naukowców na świecie aby prowadzili badania dla nas? Tylko dzięki globalnym innowacjom, właśnie takim jakie robiliśmy w IDEAS NCBR, polska gospodarka będzie się dalej szybko rozwijać.

Wszystko w IDEAS NCBR robiliśmy zgodnie z przepisami, cała nasza działalność jest od samego początku transparentna i przemyślana. Przedsięwzięcie zostało przygotowane w uzgodnieniu z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju przy aktywnym głosie Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Zostało zaplanowane w perspektywie wieloletniej, a strategia została pozytywnie zaopiniowana przez Radę Narodowego Centrum Badań i Rozwoju, w której skład wchodzą przedstawiciele ministerstw i świata nauki. Realizacja i aktualizacja strategii oraz działania taktyczne były przygotowywane i realizowane pod nadzorem Narodowego Centrum Badań i Rozwoju i członków wybitnej Rady Naukowej IDEAS. Realizowane przez nas prace były zgodne z tymi planami i ramami, co widać po wynikach audytu przeprowadzonego na początku roku w spółce, czy wynikach innych zewnętrznych corocznych kontroli, jak również z corocznie udzielanymi absolutoriami z naszej działalności. Dbaliśmy o najwyższe standardy komunikacji, współpracy międzynarodowej i promocji nauki poprzez organizację wysokiej jakości eventów takich jak chociażby spotkanie z Samem Altmanem. Wszystko to robiliśmy z troską o Polską naukę i potencjał pracujących tu naukowców. Staraliśmy się również współtworzyć i wspierać scenę startupową. I pomimo trudności, czasem nawet wpadek, działaliśmy i zmienialiśmy oblicze polskiej nauki. To wszystko działo się dzięki niezwykłemu zaangażowaniu wszystkich pracowników, elastyczności organizacji i naszej wierze w to, że można zbudować w Polsce instytucję naukową na światowym poziomie. Jedyne czego potrzebujemy, to móc ten projekt kontynuować.

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@krolbijedame Pytanie czy to niewiedza czy manipulacja?
W Hiszpanii tak się (niestety) świętuje noc świętojańską
(San Juan w Maladze, Sant Joan w Barcelonie)
Tu oryginalne wideo https://t.co/bUvqWlWHFB
Tu np BCN https://t.co/TjFto9CpsI

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@Inwestomat_eu Profesjonalny i merytoryczny opis. Dzięki!
Jedynie bym uważał z twierdzeniem z pierwszego zdania, trochę kontrowersyjna teza, ale warto się z nią zapoznać: "There is no free will", Stanford professor Robert Topoolsky https://t.co/3EFyrhVLIi

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring my case?

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring my case?

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring my case?

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring my case?

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring me?

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 submitted on 25.09.2022. Flight canceled by TAP. This is my third reminder.
How long will you keep ignoring me?

[Soc Biofísica España @SBEsp]

...never three without four!😜
@maciaslab1
🎞️https://t.co/VStXXk7sZb

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@chaperones4life @maciaslab1 @David_Lab_MSK Thanks Ivan! Hope you are doing great! Happy New Year!

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

Here we @maciaslab1 @David_Lab_MSK show how FoxH1, an essential maternal pioneer factor involved in embryo development, autophagy, and tumorigenesis, binds with nanomolar affinity to both the FoxH1-specific and the canonical forkhead targets on linear and nucleosomal DNA.
1/3

[IRB Barcelona @IRBBarcelona]

🔬#IRBBarcelona scientists led by @icreacommunity researcher Dr. María Macías (@maciaslab1) detail the DNA binding mechanism of FoxH1, a protein involved in embryonic development & in some tumour processes.

📰@NatureComms

➡️https://t.co/3KILDKr4mP

#IRBScience #CancerResearch

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

The cherry on top of the cake: our 0.98 Å FoxH1 structure (https://t.co/9oebFK88P0) is the 2nd highest resolution Protein-DNA complex structure in the world 😊
#PioneerFactors #TFbinding #StructuralBiology
@IRBBarcelona @MSKCancerCenter
@NatureComms https://t.co/9SXbwLgqBG
3/3

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

We found 3 FoxH1 features, unique among 49 human FOX proteins, that enable both versatile (for repression) and specific (for activation) binding needed to avoid cross-regulation with other FOX proteins operating during embryonic genome activation and other cellular processes.
2/3

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

Great new fundraising campaign @IRBBarcelona
Research overcoming #cancer and #metastasis is a #MissionPossible! 💪🏼

Full video https://t.co/jDFbFhwDU6
Donations https://t.co/iuZm3Rx2iV

[IRB Barcelona @IRBBarcelona]

¡Vencer el cáncer es una Misión Posible! 💪🏼

🎥Descubre la nueva campaña protagonizada por investigadores e investigadoras del IRB Barcelona. 🧑🏼‍🔬👩🏾‍🔬

Vídeo completo ➡️https://t.co/G7XuumjS27

[Radoslaw Pluta @RadPluta]

@tapairportugal Case 2022-0002975731 (flight canceled by TAP), submitted on 25.09.2022.
I've been waiting for over a month for an answer and compensation for the flight canceled by TAP Air Portugal.
If you keep ignoring my case, I'll need to contact ES, PL, and PT European Consumer Centres

[BIST-Barcelona Institute of Science and Technology @_BIST]

Today #BISTCommunity #postdocs meet @UPFBarcelona for the #BIST_FutureLeadersF, a meeting organized by them and for them. After the openings by @evallory & Elena Redondo, the General Director of #KTT @recercat @XevialdeMed is giving the 1st keynote speech

[BIST-Barcelona Institute of Science and Technology @_BIST]

⌛️EXTENDED DEADLINE for the abstract submission! One abstract from each of the BIST centres will be selected for a 5-min FLASH research talk.

FLASH talk abstract submission will be open until October 7. So, hurry up!